Caudillo andino de Catamarca; condujo las montoneras de la década de 1860. 
Nació en Catamarca; a principios de la década de 1840 Varela lucha contra Rosas. Fue a Chile, en donde se incorporó al ejército chileno; luego de la caída de Rosas en 1852, regresó a la Argentina y se unió al ejército de la Confederación; luchó bajo las órdenes de Urquiza en Pavón; en 1862, se unió al Chacho Peñalosa en su sublevación contra las autoridades nacionales de Buenos Aires. 
Como protegido de El Chacho, lo nombraron jefe de policía en La Rioja; en 1863 invadió Catamarca y combatió en varias batallas tales como Las Playas y Lomas Blancas; luego del asesinato de El Chacho, Varela se refugió en Entre Ríos, sirviendo nuevamente a las órdenes de Urquiza; más tarde volvió a Chile. 

Varela se había convertido en un federal convencido y en opositor del gobierno de Buenos Aires, entonces en manos del presidente Bartolomé Mitre y de la Constitución reformada de 1853.
Fue el sucesor de El Chacho y líder del alzamiento de las provincias andinas contra el gobierno de Mitre que consideraban amenazaba sus derechos provinciales tradicionales y los nuevos constitucionales.
De 1867 a 1869 Varela, ayudado por caudillos tales como los Saá de San Luis, Videla de Mendoza y otros, mantuvo el noroeste en rebelión, sus tropas estaban integradas por montoneros chilenos y argentinos. 
Entre 1867 y 1868 Varela fue gobernador de Catamarca y tuvo influencia en las políticas de las provincias vecinas, en especial en Salta y Jujuy.
Tanto él y sus montoneros han sido acusados históricamente, en especial por sus enemigos de la costa, de haber cometido todo tipo de atrocidades; a esta acusación se le sumó la de traición, ya que Varela aumentó sus actividades contra el gobierno durante la Guerra con el Paraguay, a la que él y sus seguidores se oponían fervientemente. 
Mitre se vio obligado a desviar los soldados del Paraguay y a regresar para sofocar la amenaza de Varela a la seguridad nacional y a la autoridad. 
Las "picas y lanzas" de Valera no fueron amenaza alguna para el equipamiento militar más moderno y para la potencia de fuego de Mitre. La revolución fue vencida; Varela perdió la batalla de Salinas contra Pedro Corvalán, el 12 de enero de 1869 y, ya enfermo, regresó al exilio chileno por última vez.
Murió allí, en 1870. Felipe Varela fue el último de los montoneros.
Los historiadores argentinos modernos suelen considerar a Varela un líder político -el último del grupo de Artigas, Ramírez, Quiroga, Chacho Peñaloza, quienes se opusieron a que la organización política de la Nación se hiciera desde la Capital Federal en Buenos Aires.