De
regreso en Buenos Aires, y a pesar de su juventud, Tomás Manuel pasó a
desempeñar el cargo de regidor mayor en el Cabildo de la ciudad. Desde
el seno de esta institución se opuso al reconocimiento del Consejo de
Regencia instalado en Cádiz, actitud que le valió el destierro. La
revolución de Mayo de 1810 lo contó entre sus partidarios y acompañó
a Belgrano en carácter de secretario cuando el general se hizo cargo
del ejército del norte. Realizó toda la campaña del Alto Perú de la
que dejó como testimonio sumamente ilustrativo la correspondencia
mantenida con su hermano, centrada en asuntos comerciales, pero con
abundantes referencias y observaciones
acerca de los hombres y los hechos que le tocó conocer y presenciar en
aquella fatigosa e Infructuosa expedición. En 1816 fue elegido diputado
por Buenos Aires al Congreso de Tucumán.
Su
militancia en el grupo antidirectorial no fue lo suficientemente clara
como para evitar su enjuiciamiento cuando, a raíz del triunfo de los
caudillos federales de 1820, todos los miembros del Congreso fueron
sometidos a proceso por traición por haber planeado establecer una
monarquía en el país. Apoyó posteriormente la instalación de Martín
Rodríguez en el gobierno de Buenos Aires, pero fue opositor de
Rivadavia cuando éste asumió la presidencia y puso en marcha la política
de centralización que culminó con la sanción de la Constitución
unitaria de 1826. Pese a su militancia federal, se distanció de Dorrego
a raíz de la decisión de éste de proseguir la guerra contra el
Brasil, que Tomás Manuel de Anchorena consideraba ruinosa para la
economía de la provincia. Triunfante el golpe unitario del 19 de
diciembre de 1828, el gobierno de Lavalle lo confinó con su hermano
Juan José Cristóbal en el bergantín Río Bomba,
que fue luego capturado con las restantes naves de la escuadra
argentina por la flota francesa al mando de Venancourt. Cuando el marino
francés desembarcó a los dirigentes federales recluidos en el Río
Bamba, Tomás Manuel y su hermano se negaron a aceptar la libertad,
y fueron trasladados a un buque de la flotilla inglesa estacionada en el
río de la Plata. Esta actitud de respeto de los Anchorena a la soberanía
del gobierno provincial fue altamente apreciada y elogiada por Lavalle.
Cuando Rosas se hizo cargo del gobierno de la provincia, Tomás Manuel
fue designado ministro de Relaciones Exteriores. En 1832 se retiró de
la vida política para retomar nuevamente la dirección de sus vastos
intereses.
Sustraído
por las actividades de su vida privada no aceptó el cargo de gobernador
y capitán general de la provincia para el
que fuera elegido en 1834. Falleció en Buenos Aires el 29 de
Abril de 1847.