La Iglesia

Gran parte de los nuevos funcionarios -especialmente en el área de Educación- provenía de las filas católicas, o bien de aquellas organizaciones nacionalistas, a menudo surgidas a la sombra de la Iglesia, que habían hecho del catolicismo el nervio de su ideología.​ Fue así que en los meses que siguieron a la revolución de junio, la relación entre la Iglesia y el Ejército fue casi simbiótica. En el clima enfervorizado de la restauración argentinista de aquellos días, era prácticamente imposible distinguir entre el clericalismo de los militares y el militarismo de los ambientes católicos.


El 31 de diciembre de 1943 el gobierno militar emitió dos decretos: por uno disolvió los partidos políticos y por otro estableció la enseñanza religiosa en las escuelas públicas, medida esta última que fue aplaudida tanto por el episcopado como por los católicos recibiendo de parte de una ínfima minoría de estos últimos tan solo la objeción -prontamente olvidada- de que esa medida no proviniera de un gobierno constitucional.
En enero de 1944 Argentina rompió relaciones con los países del Eje y dentro del G.O.U. Perón se pronunció inequívocamente contra esa medida​ y si bien algunos nacionalistas abandonaron las filas del gobierno, la decisión no afectó las relaciones con la Iglesia quien consideró que dada la situación internacional, con el Eje prácticamente derrotado, se había optado por el "mal menor" la estrecha viñculación entre los gobiernos militares y la Iglesia ha suscitado co¬mentarios como los del jesuita Leonardo Castellani: "El caso de la Iglesia argentina puesto en dos palabras es el siguiente: está atada con vendaje de oro a un Estado que ha dejado de ser católico, o va por ese camino; y con la mayor buena voluntad de que no deje de ser católico, tiene que agarrarse de los colores de la bandera, del Preámbulo de la Constitución, del catolicismo de nuestros próceres, del clero de la independencia, del catecismo de Sarmiento y de los Tedeums y bendiciones de piedras fundamentales. Esto constituye una dificultad seria y un problema que no es para broma y que nos atormenta desde Estrada. Los socialistas dicen que la solución es la ruptura o separación violenta de la Iglesia y el Estado. Los católicos dicen que el remedio es un Concordato". . . (Epílogo al libro La revolución que anunciamos, de Marcelo Sánchez Sorondo).

El parlamentarismo había ido decayendo en su prestigio a través de los años, y aunque para muchos era prefe¬rible un Congreso con todos sus defectos, vicios y errores que la mejor dictadura, en el sentir general, tanto en el pueblo como en las capas superiores, por razones muy variadas y por intereses muy dispares, el parlamentarismo no inspiraba la fe y la confianza que pudo merecer algún día. Debates como el de Mario Bravo sobre el problema de los armamentos, o el de Lisandro de la Torre sobre el problema de las carnes, despertaban un interés pasajero y eran seguidos con atención, pero como se comprobaba siempre la ineficacia y la esterilidad de esos esfuerzos, el poder legislativo. fue quedando en la sombra y en el olvido. No fue difícil cerrar sus puertas en más de úna ocasión, sin producir por ello una revalorización de su vigencia institucional.