El Congreso de Buenos Aires le dio el grado de general en las fuerzas argentinas en guerra con Brasil; en 1826, se dirigió a Buenos Aires pero se encontró con que sus ideas federales chocaban con las ideas políticas de los porteños; fue a Santa Fe donde permaneció por muchos años bajo la protección de Estanislao López; fue gobernador de Misiones y estableció su límite en el río Cuareim todavía vigente.
En 1830 Rivera fue elegido presidente constitucional del Uruguay; cumplió con sus cuatro años de mandato y entregó la presidencia a su sucesor elegido; Manuel Oribe; casi de inmediato, comenzaron los enfrentamientos militares a causa de las diferencias políticas que existían entre los partidarios de Oribe, conocidos como los Blancos y los de Rivera, conocidos como los Colorados; desde ese momento hasta su muerte, estuvo involucrado en este conflicto político del Uruguay; la Argentina fue afectada ya que Rosas apoyó firmemente a Oribe y luchó contra Rivera; Rivera, por su parte, se alió con todo aquél que lo ayudara a oponerse a Rosas, incluyendo los exiliados unitarios argentinos, los federales provinciales del interior y las fuerzas francesas que bloqueaban el Río de la Plata; en 1839 Rivera fue otra vez presidente del Uruguay; declaró la guerra contra Rosas que apoyaba a Oribe como presidente del Uruguay y que se servía de este último para conducir las fuerzas contra sus propios opositores en la Argentina; Rivera firmó un acuerdo con Berón de Astrada para unirse a sus fuerzas de Corrientes y de otras provincias ribereñas contra Rosas; a fines de la década de 1830 .y principios de la década de 1840, la lucha tuvo lugar tanto en el Uruguay, donde Oribe tomó posesión de gran parte de la región y la Guerra Grande comenzó con el sitio de Rosas a Montevideo en 1843, por mar y tierra, como en las provincias del litoral donde las fuerzas antirrosistas, con Rivera y Paz luchando por la comandancia, fueron atacados por los generales de Rosas, Urquiza y Echagüe.
La derrota de Rivera en India Muerta en 1845 lo obligó a exiliarse en el Brasil; regresó por poco tiempo en 1846 pero tuvo que volver al exilio.
En 1853 fue nombrado miembro del triunvirato junto con Lavalleja y Venancio Flores, en un intento de formar un nuevo gobierno uruguayo; murió cuando regresaba para asumir este cargo.
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