Huergo nació en Buenos Aires el 1º de noviembre de 1837. A los 15 años de edad, viajó a los Estados Unidos de Norteamérica para cursar estudios en el Colegio de Santa María de Maryland, en el cual la enseñanza estaba a cargo de sacerdotes jesuitas. De regresó en el país, cinco años después, prosiguió su formación en el Departamento Topográfico de Buenos Aires, donde se graduó como agrimensor en 1862. En 1866, cuando el rector Juan María Gutiérrez creó la carrera de ingeniería civil en la Universidad de Buenos Aires, Huergo decidió seguirla y, cuatro años más tarde, con una tesis sobre Vías de comunicación, se transformó en el primer egresado.

Actuó en política desde muy joven: política: fue diputado primero y luego senador provincial. Entre sus primeros trabajos como ingeniero, puede contarse el proyecto y la construcción del llamado Camino Blanco a Ensenada, que concretó con la quinta parte del presupuesto que se había destinado a ella.

A principios de 1876 fue nombrado, por concurso, director de las Obras del Riachuelo. Este era, en ese entonces, un precario arroyo precario surcado por pequeñas embarcaciones, pero él lo transformó en un puerto cuya capacidad de anclaje fue creciendo hasta poder recibir barcos de gran tamaño, que antes debían fondear a varios kilómetros de la costa.

En 1881 presentó su obra maestra: un proyecto integral para un puerto capitalino. Consistía en un canal de entrada de 200 metros de ancho y 7 de profundidad (que sería el mismo canal de acceso al puerto del Riachuelo y cuyo comienzo eran las aguas más profundas del Río de la Plata), con los diques dispuestos en forma de peine. Entre las ventajas del proyecto podía contarse la posibilidad de realizarlo paulatinamente, a medida que las necesidades lo exigieran: bastaba, cuando el tráfico así lo requiriera, construir a bajo costo otro dique o diente, sin interrumpir la actividad de los que ya estaban funcionando. Además, al tener una sola boca de entrada de dimensiones reducidas en comparación con el volumen de agua encerrada, hubiera sido muy reducido su oleaje.

Pero en 1882, Eduardo Madero presentó un proyecto alternativo que proponía la construcción de dos canales de acceso en lugar de uno y ubicaba los diques en forma paralela a la costa de la ciudad. El proyecto de Madero, con sus diques paralelos a la costa, imposibilitaba futuros desarrollos, tornaba extremadamente dificultosa las maniobras de amarre, entorpecía el acceso de los ferrocarriles y hacía muy costosa la explotación y el mantenimiento de las obras. La propuesta de Madero pretendía justificar el segundo canal, que encarecía el funcionamiento del puerto, argumentando que era una medida de seguridad para casos en los que fuera imposible navegar el primero. Después de una serie de modificaciones criticables en los presupuestos y condiciones de la obra, en diciembre de 1884, se firmó el contrato entre el Ministro del Interior y Eduardo Madero y la obra se llevó a cabo. Los ingenieros de la empresa Madero, Hawkshawson & Aiter reprobaron el trazado del canal del Riachuelo que Huergo había realizado, éste solicitó al gobierno autorización para revisar el proyecto Madero, y no se lo permitieron. Entonces, el 5 de enero de 1886, Huergo renunció a su cargo de Director Técnico de las Obras del Riachuelo.

Inmediatamente emprendió la tarea de ilustrar a los profesionales por medio de conferencias, artículos periodísticos y folletos, sobre las desventajas del proyecto de Madero. Los años fueron demostrando lo acertado de las opiniones de Huergo: todos los desarrollos posteriores del puerto han sido construidos con los diques en forma de peine y se ha adoptado este sistema para otros casos similares al del puerto de Buenos Aires.

Pero la obra de Huergo no se agota con el proyecto del puerto de Buenos Aires. En 1870, por encargo del Gobierno viajó a Inglaterra para contratar la construcción de 120 puentes, cuyo armado en nuestro país él mismo dirigió. En 1874 ideó, para la localidad bonaerense de San Fernando, el primer dique seco construido en Argentina. También participó en el proyecto del ramal inicial del Ferrocarril Pacífico, entre Buenos Aires y Villa Mercedes, San Luis. En 1888 fue consultado por el Ministro de Gobierno de Córdoba con motivo de la construcción del dique de San Roque. Diseñó y construyó, con Guillermo Villanueva y el ingeniero Luis Luiggi, el puerto militar conocido luego como Puerto Belgrano. En el exterior, proyectó las obras del puerto y de salubridad de Asunción, Paraguay.

Ocupó, entre otros cargos, el de ministro de Obras Públicas de la Provincia de Buenos Aires; profesor y decano, por tres períodos, de la Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales de la Universidad de Buenos Aires y cofundador y presidente de la Sociedad Científica Argentina.

Dedicando los últimos esfuerzos de su vida a la función de Presidente Honorario de la Comisión Administrativa de los Yacimientos de Petróleo de Comodoro Rivadavia, el ingeniero Luis Huergo murió en Buenos Aires el 4 de noviembre de 1913. Hoy un colegio industrial lleva su nombre, al igual que una de las avenidas de mayor tráfico de camiones y vehículos que traen y sacan mercaderías del puerto de Buenos Aires.