Asumió el 10 de enero de 1815. Su primera medida fue confirmar a los ministros de Posadas en sus cargos. En todo el territorio estallaron manifestaciones de oposición y rebeldía. La Banda Oriental, Entre Ríos, Santa Fe, Corrientes, Córdoba y las provincias de Cuyo manifestaron su disconformidad con Alvear, al que le endilgaban representar al centralismo porteño. Ante el creciente descontento, Alvear  se propuso intimidar al espíritu público mediante un drástico bando por el cual se condena a muerte a quienes critiquen a su gobierno.

Rebelión del pueblo cuyano

En cuanto el general San Martín se enteró del nombramiento de Alvear como Director Supremo renunció a su cargo de Gobernador Intendente, y éste resolvió reemplazarlo por el coronel Gregorio Perdriel. Al enterarse, el pueblo cuyano pidió un Cabildo Abierto en el que resolvió exigir la continuidad de San Martín en el Gobierno, lo que equivalía al desconocimiento de la autoridad del Director Supremo. El libertador no se negó al pedido del pueblo y retiró su renuncia, permaneciendo en el cargo.

Artigas y la caída de Alvear

A fines de febrero de 1815, las tropas de Buenos Aires abandonaron Montevideo y Alvear le ofreció a Artigas la total independencia de la Banda Oriental con la condición de que deje libres de influencias a Entre Ríos y Corrientes, a lo que el caudillo se opuso. Entonces, el Director Supremo dispuso derrotarlo. Parte de su ejército avanzaría sobre Entre Ríos y parte sobre Santa Fe. Luego, él mismo atacaría la Banda Oriental. Para esto contaba con el ejército de la capital y con el que había formado en Olivos. Pero este regimiento, que estaba a las ordenes de Ignacio Álvarez Thomas, se sublevó en Fontezuelas (cerca de Arrecifes) en abierta oposición al gobierno. Alvear intentó resistir pero su lucha fue inútil, debió presentar la renuncia ante la Asamblea y le fue aceptada el 17 de abril. El Cabildo se hizo cargo de la situación y disolvió la Asamblea y se abocó a formar un nuevo gobierno.