Nació en Sevilla en 1528 , fue soldado y conquistador del Perú, fundador de la ciudad de Córdoba. Vino a América en 1538 con su hermano Perro de Cabrera y Figueroa.
En 1549 se estableció en Cuzco con el rango de maestre de campo.
Conquistó las áreas de Ica, Nazca y fundó ciudades.
Designado gobernador de Tucumán (que entonces comprendía todo el noroeste argentino), llegó a su capital, Santiago del Estero.
Planificó llevar a cabo inmediatamente un proyecto, para establecer la ciudad más al sur a fin de que sirviera como base para abrir, desde Tucumán, una ruta de salida hacia España así como también hacia Perú; partió de Santiago en junio con un gran grupo (aproximadamente cien) de soldados-colonizadores, incluyendo miembros de su propia familia, además de cuarenta carretas de provisiones y grandes hatos de ganado y animales de hacienda.
Se trasladó al sur, a la tierra de los Comechigones (ya explorada durante el año anterior por su capitán Lorenzo Suárez de Figueroa); pacíficamente recorrió las tierras que encerraban más de seiscientas ciudades indígenas; convirtió y bautizó al cacique de la cuenca del río denominado Primero.
El 6 de julio de 1573 fundó la ciudad de Córdoba de la Nueva Andalucía en sus riberas, dotándola de un cabildo y realizando adecuadamente todas las gestiones necesarias a fin de asegurar su continua existencia; posteriormente, con cuarenta acompañantes a caballo, continuó adelante hacia el río Paraná, donde construyó un fuerte, denominado San Luis de Córdoba, sobre elevaciones que dominaban el viejo fondeadero de Sebastián Caboto.
Se reunió con Juan de Garay, que venía de Asunción para fundar Santa Fe. Un conflicto de autoridad amenazó con producirse con respecto a sí Santa Fe debiese pertenecer a la jurisdicción del gobernador de Tucumán o al de Asunción. Ambos jefes evitaron problemas al someter este asunto a consideración de las autoridades reales.
Cabrera regresó a Córdoba, donde encontró que había sido reemplazado en su carácter de gobernador por Gonzalo de Abreu, en razón de haber desobedecido órdenes al utilizar sus energías y recursos para buscar una salida al Atlántico (prohibida desde el establecimiento del sistema de convoy a través de Panamá), en lugar de seguir sus instrucciones de pacificar a los indios del área de Salta y de ocuparla a fin de salvaguardar las rutas comerciales y el camino real de Perú a Santiago del Estero.
Abreu hizo que Cabrera fuera en el acto arrestado, trasladado a Santiago e inmediatamente agarrotado; Córdoba, la ciudad que él había fundado, prosperó, y los miembros de la familia Cabrera continuaron durante siglos desempeñando papeles de importancia tanto allí como en la Nación entera.