En el Parque hallaremos distintos tipos de vegetación, según su posición en las islas. Sobre los bordes de las mismas, llamados albardones, se desarrollan las comunidades de bosque, que no son de gran desarrollo y sus árboles no superan los 10 metros de altura. Dependiendo de la altura del albardón, encontraremos distintos tipos de bosque. En los más altos ubicados sobre el Riacho Vapor Viejo se instalan densos sauzales de Sauce Criollo, Aliso de Río y el Sangre de Drago. Esta última especie resulta muy llamativa por poseer siempre algunas hojas secas de típico color castaño. En los más bajos de los riachos y arroyos interiores se observa al Curupí  , Ceibo  , Timbó Colorado (también llamado Oreja de Negro por la forma y color de su fruto), Timbó Blanco  , Laurel  , además de Sauce Criollo  . El sotobosque de esta formación está formada por una multitud de herbáceas, arbustos y pequeños arbolitos. Es frecuente hallar densas comunidades de la Serrucheta, o Falso Caraguatá cubriendo totalmente el suelo en algunos sectores. A medida que salimos del albardón y nos dirigimos hacia el centro de la isla, la vegetación cambia; el bosque se hace más abierto y empiezan a dominar otras especies, principalmente herbáceas. En este sector de transición se encuentran bosquecillos de Espinillo, y extensos pajonales compuestos por la Paja de Techar. Esta gramínea, cuyas matas llegan a los dos metros de altura, es muy usada en todo el Delta para confeccionar los techos de las viviendas, de ahí su nombre común. Cerca de las zonas más bajas del centro de las islas, se presentan los "varillales" de Duraznillo Blanco, junto a la Rosa de Río y el Rama Negra Ya en los bordes y cubriendo parte de las lagunas centrales hallaremos las comunidades vegetales netamente acuáticas, formadas por especies flotantes  y arraigadas como las Totoras, Juncos, Camalotes  , etc. Sin duda la que llamará intensamente nuestra atención, por sus grandes hojas circulares flotantes de borde elevados, y hermosas flores blancas, es el Irupé. Esta especie, de estirpe netamente tropical, ofrece en verano todo su pudiendo ser observada en una laguna vecina al Ao. de las Mangas. La zona de barrancas altas, vecinas al Arroyo La Azotea, está cubierta por un tipo de vegetación totalmente diferente a la de los bajos. Por su posición topográfica se encuentra a salvo de las inundaciones, hecho que permite la instalación de especies de ambientes más secos. Allí encontraremos, en su parte más alta, en contacto con las llanura entrerriana, Algarrobos, Quebrachos Blancos, Tala, Sombra de Toro, cactus como la Tuna o Penca, entre otras especies. A medida que descendemos hacia el arroyo nos internaremos en una densa vegetación de aspecto selvático. Una infinidad de lianas, epífitas y enredaderas tapizan árboles como el Canelón, Guaraniná y Ombú, que alcanzan alturas de hasta 15 o más metros de altura. Otros de menor porte acompañan a las anteriores: Anacahuita, Ñangapirí, Guayabo y Tembetarí.

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