A pesar de ser una zona escasamente poblada, posee algunos problemas originados por la acción humana . Antes de la creación de la Reserva, la vegetación de las vegas era muy ramoneada por el ganado doméstico (vacas y caballos, principalmente). Una vez extraído el ganado la vegetación se recuperó notablemente cambiando el aspecto del paisaje . Los cazadores furtivos también asolaban la zona en busca de Guanacos y Suris. Hoy en día gracias los controles impuestos ya no se producen cacerías dentro del área. Los amantes del motociclismo aventura realizaban frecuentemente travesía dentro del área, aprovechando la existencia del Camino del Tontal que une la ciudad de Barreal con la de San Juan. La destrucción de la frágil flora y la erosión consecuente del suelo  motivaron a prohibir el ingreso de los motociclistas  .

YACIMIENTOS ARQUEOLÓGICOS/PALEONTOLÓGICOS: El Leoncito posee tres yacimientos paleontológicos y varios testimonios arqueológicos, como pinturas rupestres y tramos del famoso "Camino del Inca" de tiempos precolombinos. Este último puede verse desde las primeras estribaciones de la Sierra del Tontal, mirando al valle de Calingasta.

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