La derrota ante el Reino Unido en la guerra de las Malvinas de 1982 sumada a las crecientes dificultades económicas provocó una crisis política y la renuncia del presidente Leopoldo Fortunato Galtieri. Su distanciamiento con las cúpulas militares de los Gobiernos de Viola y Galtieri lo hizo un candidato ideal para asumir la presidencia el 1.º de julio de 1982, tras la decisión del Ejército de responsabilizarse de la conducción política; el conflicto con los titulares de las dos fuerzas restantes, Jorge Isaac Anaya y Basilio Lami Dozo —que habían tomado la decisión de retirarse de la Junta Militar— imponía una renovación, y para ello los militares —en especial el nuevo jefe del Ejército Cristino Nicolaides— eligieron al general Bignone. El coronel Bernardo José Menéndez dijo que la designación de Bignone devenía de una decisión cuyo objetivo fue restringir el número de retiros de militares porque «Bignone era una persona que no representaba el sentir del Ejército».
Durante su presidencia, el ministro de Economía, José Dagnino Pastore, declaró el «estado de emergencia» frente a los cierres de fábricas, la inflación —que superaría el 200 % en el año— y la constante devaluación del peso. El 13 de septiembre de 1982, el ministro de Economía Jorge Wehbe lanzó un «control de precios» que «puso bajo control del Gobierno los productos de 675 empresas», debido a «la necesidad de “resguardar el salario real,” amenazado por una “estructura industrial monopólica”». En noviembre de 1982 el titular del Banco Central, Julio González del Solar, dispone la estatización de la deuda de empresas privadas mediante la circular 251.
En 1982, mediante un decreto, aprobó la delimitación internacional de los límites entre la Argentina y el Paraguay, de acuerdo a los borradores realizados por la Entidad Binacional Yacyretá (EBY), organismo creado para planear y ejecutar la obra de la represa hidroeléctrica, por la que los brazos norte y sur del río Paraná que rodean la isla argentina Apipé pasaron a ser de jurisdicción paraguaya. El 13 de septiembre de 1983 Bignone promulgó el decreto ley 22909, conocida como la «Ley de Vacunación Obligatoria», que creaba el calendario oficial de vacunación obligatoria.
Transición a la democracia
Pese a la intención del comandante en jefe del Ejército Cristino Nicolaides de demorar lo máximo posible la entrega del poder, Bignone anunció desde su primer discurso público que su intención era convocar las elecciones el 30 de enero de 1984. El Presidente de facto Bignone, mientras tanto, intentaba negociar con la Multipartidaria (creada por Ricardo Balbín, a mediados de 1981 antes de su fallecimiento, para negociar con Viola). El 5 de diciembre Pérez Esquivel, premio Novel de la Paz en 1980, encabezó una importante marcha contra la amnistía planeada desde el gobierno. La CGT llamó a una huelga general para el mismo día.
El día 16 de diciembre de 1982 unas 100.000 personas fueron movilizadas por la Multipartidaria. La represión fue brutal y muere asesinado de un balazo (en la plazoleta ubicada en la intersección de Bolívar e Hipólito Irigoyen), un joven peronista, llamado Dalmiro Flores. Para esa época varios países europeos reclamaron, vía diplomática, por ciudadanos oriundos de ese continente, que figuraban en las listas de los detenidos-desaparecidos. El exfiscal Luis Moreno Ocampo afirmó que Bignone intentó condicionar el traspaso del poder con una serie de puntos que quiso imponer a los políticos por aquel entonces agrupados en la Multipartidaria: la no investigación de ilícitos figuró, junto a la no revisión de lo actuado en la lucha antiterrorista, como un pacto en ciernes que luego no cuajó.
Informe Rattenbach
Al mismo tiempo, los cuestionamientos de la Armada y la Fuerza Aérea, al mando respectivamente del almirante Rubén Franco y el brigadier general Augusto Hughes, llevaron al Ejército a nombrar al teniente general (R) Benjamín Rattenbach para investigar las responsabilidades de la anterior Junta Militar de Gobierno durante la guerra de las Malvinas. Tras la guerra de las Malvinas y en diciembre de 1982, la Junta Militar de Gobierno integrada por el teniente general Cristino Nicolaides, el almirante Rubén Oscar Franco y el brigadier general Augusto Jorge Hughes, ordenó la creación y constitución de una comisión con el objeto de evaluar las responsabilidades militares, políticas y estratégicas en la guerra del Atlántico Sur.
Este informe ha sido catalogado como "el documento más objetivo y fidedigno sobre la responsabilidad de los jefes militares y subalternos, que podría ser la base para un futuro juicio por la verdad sobre este conflicto bélico". La comisión se creó por decreto secreto el 2 de diciembre de 1982 (resolución nro. 15/82) durante el periodo en que el gobierno nacional estuvo a manos del general Reynaldo Bignone y llevó el nombre oficial de Comisión de análisis y evaluación de las responsabilidades políticas y estratégico militares en el conflicto del Atlántico Sur.
Autoamnistía y Documento Final
Documento Final de la Junta Militar sobre la Guerra contra la Subversion y el Terrorismo, emitido por Cadena Nacional en 1983, antes de que la dictadura militar entregase el poder al gobierno democrático. El 28 de abril de 1983, tras haberse fijado para el mes de octubre la fecha de las elecciones, Bignone dictó el decreto confidencial 2726/83, ordenando la destrucción de la documentación existente sobre la detención, tortura y asesinato de los desaparecidos y la emisión del Documento Final de la Junta Militar sobre la Guerra contra la Subversión y el Terrorismo, que entre sus conceptos afirmaba:
Se habla asimismo de personas «desaparecidas» que se encontrarían detenidas por el gobierno argentino en los más ignotos lugares del país. Todo esto no es sino una falsedad utilizada con fines políticos ya que en la República no existen lugares secretos de detención, ni hay en los establecimientos carcelarios personas detenidas clandestinamente. En consecuencia debe quedar definitivamente claro que quienes figuran en nóminas de desaparecidos y que no se encuentran exiliados o en la clandestinidad, a los efectos jurídicos y administrativos se consideran muertos, aun cuando no pueda precisarse hasta el momento la causa y oportunidad del eventual deceso, ni la ubicación de sus sepulturas.
El 23 de septiembre el gobierno dictó la ley 22 924, llamada de «Amnistía», «de Autoamnistía» o de «Pacificación Nacional» para los miembros de las Fuerzas Armadas sobre todos los actos cometidos en la «guerra contra la subversión»; más adelante, ya en democracia, la misma fue declarada nula por el Congreso. Por otra parte, la pérdida de los registros militares sobre la represión privó de información valiosa, aunque algunos archivos parciales fueron encontrados.
Traspaso del mando
El presidente de facto Bignone entrega el mando al presidente democráticamente elegido Raúl Alfonsín, marcando así el ansiado regreso a la democracia.
El 12 de julio de 1983, Bignone y su ministro del Interior Llamil Reston promulgaron el decreto-ley 22.847, que convocaba a elecciones presidenciales, legislativas, y provinciales para el domingo 30 de octubre de 1983. La fecha originalmente barajada para el traspaso de mando era el 25 de mayo de 1984, más de siete meses después de los comicios, con el objetivo de negociar con el presidente electo y asegurar la inmunidad judicial para la cúpula militar por los crímenes de lesa humanidad cometidos durante la dictadura. Finalmente, la imposibilidad en la práctica de que este plazo, demasiado largo, entre la elección y la jura de las autoridades electas llevó a que la ley fijara el 30 de enero de 1984 como fecha para su salida del poder. El día antes de las elecciones, Bignone emitió un mensaje en Cadena Nacional, afirmando que: "Las elecciones generales que se llevarán a cabo en pocas horas más entrañan un verdadero desafío cívico que la Historia nos plantea a todos los argentinos. Que las raíces de la democracia sean cada vez más sólidas y profundas en nuestra sociedad" y afirmó que los comicios se realizarían alejadas de "toda sospecha de parcialidad o favoritismo hacia los protagonistas de nuestro futuro institucional, los partidos políticos".
En los comicios triunfó Raúl Alfonsín, candidato de la Unión Cívica Radical, con el 51,75 % de los votos. Para entonces, el gobierno militar sufría un masivo desprestigio público y la situación económica había descalabrado visiblemente, con una deuda externa de 45000 millones de dólares y reservas insuficientes en el Banco Central para sustentarla. En este contexto, se consideraba poco probable que el gobierno militar lograra llegar a la fecha estipulada en enero. Tras ponerse al corriente de la situación económica que su gobierno heredaría, Alfonsín exigió al régimen de Bignone que adelantara la entrega de mando. El gobierno de facto no puso reparos y el 16 de noviembre promulgó la ley 22.972 que modificaba la anterior ley electoral y fijaba el 10 de diciembre de 1983 como fecha del traspaso, escogida por el propio Alfonsín por ser el Día Internacional de los Derechos Humanos.
La ceremonia de traspaso de mando tuvo lugar al mediodía del mencionado día en la Casa Rosada. Bignone hizo entrega a Alfonsín de los atributos de la presidencia: el bastón de mando y la banda presidencial.Culminada la ceremonia, el dictador se retiró de la Casa Rosada por la entrada trasera y vestido de civil, con el objetivo de evadir a los manifestantes que se agolpaban en la Plaza de Mayo.