El 13 de julio Cisneros recibió en Colonia las diputaciones del Cabildo. Real Audiencia. Tribunales de Cuentas y otros cuerpos antes quienes prestó juramento tomando posesión del mando.
Vicente Nieto pasó a Buenos Aires asumiendo interinamente el mando político y militar del Virreinato, relevando así a Liniers.
¿Por qué no llegó directamente el nuevo virrey a la capital? La confusa situación antes descripta hacia temer que su arribo fuese resistido.
Como hemos visto, el plan de la emancipación estaba en marcha. ya fuera bajo la forma de protectorado inglés o con la candidatura de Carlota.
En julio de 1809 se realizaron reuniones secretas en Buenos Aires que preparaban el golpe destinado a evitar la entrada de Cisneros .

En Chuquisaca (Charcas, hoy Sucre) se cumplía el mismo fenómeno de descomposición política e institucional que cundía por todo el Virreinato.
Desde 1808 se anunciaba un choque entre las distintas autoridades de la región, y la llegada de José Manuel de Goyeneche comisionado de la Junta de Sevilla. precipitó los acontecimientos. Era portador de pliegos del Brasil en los que se ofrecía el protectorado del príncipe regente y de Carlota.
Los patriotas explotaron estas noticias en contra de la autoridad real.

El presidente de la Audiencia ordenó el 25 de mayo de 1809 la prisión de los doctores Manuel y Jaime Zudáñez que iniciaron la agitación. pero el pueblo no quiso tolerar este golpe de autoridad.

Los revolucionarios, entre ellos Bernardo Monteagudo, estaban en contacto con los patriotas de Buenos Aires.
Los rebeldes confiaron el gobierno civil al oidor decano de la Real Audiencia y el militar al coronel Juan Antonio Álvarez de Arenales.

Movimeintos en La Paz.

En la Intendencia de La Paz el movimiento estaba preparado para el 30 de marzo. Habían llegado noticias del golpe bonaerense del 1ro. de enero de 1809 y de que se constituirían juntas independientes, pero su fracaso aplazó el intento altoperuano.
El 16 de julio Pedro Domingo Murillo se hacía cargo de la comandancia de la plaza y Juan Pedro Indaburu de la Intendencia.
Habiendo renunciado el gobernador y el obispo, el Cabildo asumió el mando constituyéndose después la Junta con carácter consultivo.
El 22 de julio quedó aprobado el “plan de gobierno” donde en 10 artículos se reglamenta el funcionamiento de la “Junta representativa y tuitiva de los derechos del pueblo”.
El 27 ésta lanzó una proclama donde se anunciaba que “ya es tiempo, en fin, de levantar el estandarte de libertad de estas desgraciadas colonias”.
José Manuel Goyeneche, que se encontraba en el Cuzco, fue encargado por el virrey del Perú, Abascal, de terminar con la revolución de La Paz.
Los jefes insurrectos fueron ahorcados y sus cuerpos exhibidos para escarmiento. Cisneros, inmediatamente, equipó una columna de 1000 hombres que marchó sobre Chuquisaca a las órdenes de Nieto. El 21 de diciembre de 1809 ocupaba la ciudad; los revolucionarios se rindieron sin combatir. Los vencedores se manifestaron más indulgentes que las fuerzas provenientes del Perú.

El 2 de agosto suprimió el impuesto de contribución al comercio: el trato debía hacerse a través de Comerciantes mayoristas hispanos, se prohibía la introducción de ciertos productos (vinos. por ejemplo) que pudieran competir con los peninsulares. etc. Pese a todo significó una brecha en el sistema monopolista y un anticipo de los cambios que Buenos Aires necesitaba y que mas adelante se impusieron por la fuerza patriótica congraciándose así con la población.

Hizo levantar un censo de extranjeros de la capital que no prestaran servicio militar para su expulsión.

Se estableció que había más de 400 sin contar los franceses.
La presencia de Liniers molestaba su gestión de gobierno; de acuerdo con la Audiencia, Cisneros lo obligó a que saliera para Mendoza.
La Junta Central había concedido a Liniers, por su acción en las Invasiones, el titulo de conde y pensión anual sobre la hacienda del Virreinato. El ex virrey tomó la denominación de conde de Buenos Aires.
Elio había sido nombrado inspector general de armas, lo que ocasionó la protesta de los cuerpos armados.

Ante ese hecho el virrey reasumió en su persona este cargo, amnistió a los complotados del 1 de enero de 1809. pero se estipulo que fueron los sostenedores de Liniers los que habían estado dentro de la ley.

A esta política de contemporización respondió el decreto del 6 de noviembre abriendo el puerto de Buenos Aires, mediante permisos a buques extranjeros neutrales o amigos. Este decreto surgió tras un largo proceso a raíz del pedido de comerciantes ingleses para desembarcar sus mercaderías en la capital.
Las distintas autoridades locales dieron su parecer y en el expediente abierto con tal motivo se incluyó una Representación de hacendados y labradores presentada por Mariano Moreno, cuyas ideas respondían a las corrientes liberales que influyeron posteriormente en los gobiernos revolucionarios.
Para algunos investigadores modernos los principios de Belgrano gravitaron poderosamente en la redacción de este escrito, en el que se señalaban los beneficios del comercio con el exterior.

La situación internacional, los apuros económicos y el descontento local provocaron, finalmente, el decreto citado este no cubría todas las aspiraciones de los partidarios del libre comercio el trato debía hacerse a través de Comerciantes mayoristas hispanos, se prohibía la introducción de ciertos productos (vinos, por ejemplo) que pudieran competir con los peninsulares. etc.

Pese a todo significó una brecha en el sistema monopolista y un anticipo de los cambios que Buenos Aires necesitaba y que. mas adelante se impusieron por la fuerza.