En las elecciones del 7 de julio de 1963 participaron varias decenas de partidos, pero hubo 20% de votos en blanco como consecuencia de la forzada abstención del peronismo. Se habló, entonces, de una carta de Perón fechada el 1 de julio en la que ordenaba a sus seguidores tomar esa actitud.

La UCRP (Unión Cívica Radical del Pueblo) obtuvo el mayor número de votos, pero éstos eran sólo el 25% del total; la UCRI (Unión Cívica Radical Intransigente) resultó tercera con 16% y el 40% restante se distribuyó entre 47 partidos menores (conservadores, socialistas, partidos provinciales de origen radical y grupos marginales de derecha e izquierda).

La fórmula Arturo H. Illia - Carlos H. Perette asumió el 12 de octubre de ese año. El nuevo gobierno resultaba muy poco representativo, sólo contaba con un tercio de los escaños en el Congreso, y debía enfrentar las presiones que las distintas tendencias internas del radicalismo del Pueblo ejercían para lograr puestos claves en el gabinete.

En su primer mensaje ante al Congreso el doctor Illia señaló algunos aspectos fundamentales de su programa de gobierno: respetar la independencia del Poder Judicial, respetar las autonomías provinciales, eliminar la desocupación obrera, aprovechar plenamente todos los factores productivos, defender el valor de nuestra moneda, anular los contratos petroleros con empresas extranjeras, mejorar el nivel tecnológico del campo, modificar el régimen de la tierra para facilitar el acceso a la propiedad de los auténticos productores por medio de un sistema de créditos adecuado, obtener mayores saldos exportables para completar nuestro desarrollo industrial, buscar nuevos mercados sin exclusiones ideológicas, fortalecer la acción gremial pero alejarla de su instrumentación política partidaria, ampliar las posibilidades en educación y cultura para la mayor cantidad de gente, reafirmar la política americanista del radicalismo, procurar la integración del territorio nacional, reclamando por el derecho sobre las Islas Malvinas y la Antártida Argentina y formular un llamamiento a las Fuerzas Armadas para su reinserción en el proceso democrático.

Una de las primeras medidas del gobierno fue la anulación de los contratos petroleros con las empresas extranjeras, firmados durante el gobierno de A. Frondizi. Esta decisión, que formaba parte de la plataforma electoral, provocó graves problemas de abastecimiento. Fue necesario importar combustible y el país sufrió una considerable pérdida de divisas en concepto de indemnizaciones por la forma indiscriminada en que se llevó a cabo la anulación. Además aumentó la desconfianza internacional por el no cumplimiento de los compromisos asumidos por la Argentina.

Cuando los radicales llegaron al gobierno el panorama económico era desalentador. Se vivía una gran recesión; la tasa de desempleo era del 8.8% y el conjunto de la capacidad productiva instalada estaba trabajando al 55%. Todo esto provocó una fuerte caída de los ingresos fiscales porque muchas empresas dejaron de pagar los impuestos y los aportes jubilatorios.

El sector bancario tenía una situación muy comprometida. Durante la época de Frondizi y después de Pinedo, Alsogaray, Méndez Delfino y Martínez de Hoz, en nombre de la libertad económica no se aplicaron desde el Banco Central las normas que existían para la vigilancia de los créditos que otorgan los bancos. Así, los bancos privados y del Estado, especialmente el Banco Nación, habían otorgado créditos por encima de la capacidad prestable de las empresas. Al contraerse la actividad en el año 1962, las empresas se encontraron imposibilitadas de pagarles a los bancos los créditos que les habían dado para importar maquinaria. En muchos casos esta se encontraba arrumbada en el puerto de Bs. As. El gobierno decidió aplicar una estrategia de corto plazo, basada en el estímulo de la demanda y elaboró un Plan Nacional de Desarrollo para el quinquenio 1965 - 1969. Una buena cosecha permitió elevar el nivel de las exportaciones con saldo positivo en la cuenta corriente del Balance de Pagos. Se logró incrementar el PBI en el orden del 8% entre 1964 - 1965 con el correspondiente efecto sobre el empleo. Sin embargo no se pudo controlar el alza de los precios internos que pasaron la barrera del 30% anual entre 1965 y 1966. El gobierno trató de reaccionar con controles de precios que fueron resistidos por los empresarios.

La deuda externa constituía otro problema serio. El 56.2% de ella vencía en los próximos tres años, es decir, en 1966 por lo cual se decidió renegociar la misma con el Club de París.

El 15 de enero de 1964 el Parlamento consideró el proyecto de Ley de Medicamentos que señalaba el carácter de bienes sociales al servicio de la salud pública de los medicamentos. En su articulado se facultaba al Poder Ejecutivo para la regulación de los precios ya que, por estar la venta de medicamentos condicionada por las necesidades de la población, su proceso económico escapaba a la ley de la oferta y la demanda, de la libre competencia y de la libertad contractual.

A pesar de las presiones internacionales la ley fue aprobada.

En marzo del mismo año de dio a conocer el nuevo Estatuto de los Partidos Políticos que posibilitaba la incorporación del peronismo a la vida cívica; establecía un control preciso sobre el patrimonio de los partidos; normas sobre proselitismo electoral y dejaba sin efecto las inhabilitaciones de los dirigentes gremiales, tanto obreros como empresarios.

El gobierno debió resolver con Chile un problema limítrofe conocido como "cuestión Palena" suscitada entre los hitos 16 y 17 de la frontera argentino-chilena. Como el país trasandino se negó a la solución bilateral se recurrió al arbitraje de la corona británica. Lo mismo sucedió con el paraje llamado Laguna del Desierto.

Las relaciones con EUA fueron buenas, a pesar de la anulación de los contratos petroleros. El 10 de mayo de 1964 la Argentina firmó un convenio de cooperación militar con los Estados Unidos. Este convenio se basaba en un nuevo concepto de la seguridad continental, cuyo núcleo consistía en reemplazar la doctrina del peligro extracontinental por otra que consideraba que la amenaza estaba dentro de América Latina. De acuerdo con esto las Fuerzas Armadas del continente cambiaban su rol de defensoras contra el enemigo exterior por el de fuerzas encargadas de la seguridad interna, destinadas a combatir la subversión y el comunismo.

En 1962 se había creado el Colegio Interamericano de Defensa que trató de vincular en forma regular a los oficiales de todas las fuerzas armadas del continente y difundió nuevas prácticas de "contrainsurgencia" para enfrentar la acción guerrillera, considerando necesario poner al día la doctrina, el armamento, el entrenamiento y la organización de los ejércitos.

Cuba constituía en esa época el factor desestabilizante de la política norteamericana. Se le acusaba de exportar la ideología marxista por medio de la acción guerrillera.

La IX Reunión de Consulta de Cancilleres de la O.E.A. estuvo destinada a tratar ese tema. Los EUA hicieron sentir su presión para que los países del continente aislaran diplomática y comercialmente a Cuba. Nuestro canciller, el doctor Zavala Ortiz, aceptó repudiar el régimen comunista cubano pero se pronunció en contra de una acción compulsiva inmediata.

En septiembre de 1964 comenzó una nueva ofensiva diplomática de la Argentina ante la ONU por el reconocimiento de su soberanía sobre la Islas Malvinas. El 08 de ese mes, el piloto civil argentino de ascendencia irlandesa, Miguel Fitzgerald, descendió en una pista de carreras cuadreras en las cercanías de Puerto Stanley con un avión monomotor. Una vez en tierra clavó una bandera argentina y emprendió el regreso. El 12 de septiembre una muchedumbre lo recibió en el Aeroparque de Bs. As. y lo acompañó con una caravana de automóviles hasta el centro de la ciudad. Esta acción simbólica no fue avalada por el gobierno nacional que continuó sus reclamos por la vía diplomática.

En abril de 1965, tropas de infantería de marina de los EUA desembarcaron en Santo Domingo con el objetivo de "restablecer el orden democrático". Nuestro país justificó la intervención y condenó las interferencias castrocomunistas en los asuntos internos de los países americanos.

Al poco tiempo de asumir, el gobierno llamó a colaborar a los partidos políticos opositores, pero el pedido se recibió con desconfianza, debido a que esta convocatoria se producía cuando ya todos los cargos importantes estaban cubiertos por el oficialismo. El peronismo, por su parte, inició una paulatina ofensiva para recuperar posiciones.

A fines de 1964 corrió la noticia de que Perón había abandonado Madrid por vía aérea rumbo a Lisboa, donde se embarcaría hacia Lima y de allí a Bs. As. en un "avión negro". El presidente y sus ministros se reunieron y dispusieron que los organismos de seguridad tomaran los recaudos necesarios para impedir desordenes. La noticia resultó falsa. Pocos meses después un avión de Iberia llegaba a Río de Janeiro con Perón con la intención de proseguir a Bs. As.. Fue declarado persona no grata por lo que debió abordar un avión de regreso a Madrid. Con estos episodios quedó claro que las F.F.A.A. estaban dominadas por los antiperonistas que no tolerarían el regreso del líder del Justicialismo.

Los rumores de posibles golpes de estado acosaron al gobierno radical durante toda su gestión. Las simpatías del vicepresidente Perette por los militares colorados no hacía más que complicar la situación, ya que el ascenso de J.C. Onganía a teniente general daba un resonante triunfo a los azules y desalentaba las intenciones de reincorporación de los colorados retirados.

Illia también chocó con organizaciones como la Sociedad Rural y la Unión Industrial que se habían unido en un asociación antiestatal llamada ACIEL (Acción Coordinada de las Institutos Empresarias Libres). Ambos atacaron persistentemente el déficit del Estado, la inclinación del gobierno por los controles de precios y de cambio, su proteccionismo a las empresas públicas como YPF y la decisión de mantener congelados los arrendamientos agrícolas impuestos bajo el gobierno de Ramírez en 1943.

La prensa nacional y extranjera colaboró en la campaña de desprestigio que se inició contra el presidente y los miembros de su gabinete acusados de lentitud e inactividad. Diarios como El Mundo y Crónica publicaban caricaturas en las que se veía a Illia representado como una tortuga. La CGT llevó a cabo el "operativo tortuga" que consistió en sembrar el centro de Bs. As. con esos animalitos que llevaban pintadas en su caparazón las palabras "Illia o gobierno".

La principal oposición provino precisamente de los sindicatos y de la CGT que a comienzos de 1964 adoptó el denominado Plan de Lucha.

La Ley de Asociaciones Profesionales aprobada durante el gobierno de Illia intentó quebrar la unidad sindical y lo que consiguió fue estimular la reacción de los sectores afectados.

Los reclamos sindicales consistieron en: actualización de los salarios, fijación de precios máximos en los productos de la canasta familiar, control de costos y participación de los trabajadores en los organismos que se crearían con ese propósito, plena ocupación, reincorporación de los cesantes por razones gremiales, actualización de jubilaciones y pensiones, defensa del sector agropecuario, jerarquización de la enseñanza pública y plan de construcción de viviendas.

El 16 de enero de 1964 la CGT, alegando que sus reclamos no eran atendidos por el Poder Ejecutivo, dio a conocer su Plan de Lucha. Este comprendía una primera etapa de preparación, organización y agitación a desarrollarse entre el 15/1 y el 28/2. Desde el 1 de marzo hasta el 31 del mismo mes se llevarían a cabo las medidas de acción directa: ocupación parcial, zonal y por grupos de los centros de producción (agropecuarios, industriales y comerciales) y finalmente ocupación simultánea y total, en todo el país, por el término de 24 horas.

La UCRP intentó defender los logros del gobierno. La Federación Argentina de Entidades Democráticas Anticomunistas (FAEDA), definió el Plan de Lucha como verdaderos delitos contra la seguridad de la Nación y acusó al Partido Comunista de actuar en forma indirecta a través del sector peronista. La UCRI, que respondía a Alende, acusó al gobierno de insensibilidad pero rechazó la forma de protesta elegida por la Central Obrera.

Mientras el Poder Ejecutivo enviaba al Congreso un proyecto de ley de abastecimiento, con el propósito de controlar el aumento del costo de vida, los empresarios y gremialistas coincidían en su crítica, al considerar que las medidas adoptadas no eran suficientes para solucionar la desocupación y la parálisis económica del país.

Entre tanto la sociedad argentina se polarizaba: la Democracia Cristiana apoyó el Plan de Lucha; la Unión Conservadora lo condenó; la Democracia Progresista intentó conciliar posiciones proponiendo una tregua; los 32 Gremios Democráticos se opusieron al plan cegetista; ACIEL pedía la adopción de medidas para garantizar la libertad de trabajo y el derecho de propiedad; la UIA se declaró en estado de asamblea permanente. El gral. Aramburu censuraba el accionar de la CGT y de algunos dirigentes políticos al tiempo que acusaba al gobierno de no tener una actitud clara. El diálogo entre la CGT y el gobierno quedó interrumpido y, después de éxitos parciales, el 1° de mayo la central obrera anunció la puesta en marcha de la segunda parte del Plan.

A la protesta se sumaron otros gremios, como el de los docentes que realizaron un paro total entre el 6 y 7 de mayo de 1964.Durante ese mes, superadas momentáneamente las diferencias internas en la CGT, fueron ocupados por su personal varios establecimientos.

Ni siquiera la promulgación de la Ley del Salario Mínimo, Vital y Móvil, las gestiones realizadas por el arzobispo de Bs. As. cardenal A. Caggiano y la fijación de precios máximos para algunos artículos de primera necesidad hicieron retroceder a los sindicalistas. Entre el 21 de mayo y el 24 de junio los obreros ocuparon más de 11.000 establecimientos industriales. En algunos círculos gubernamentales prevaleció la idea de que la CGT había combinado su Plan con la organización de un golpe militar. Illia, sin embargo, se negó sistemáticamente a proclamar el estado de sitio. Durante el año 1965 continuaron las huelgas y reclamos gremiales: ENTEL debió pedir protección policial por temor a los actos de sabotaje; los puertos y servicios aéreos se vieron interrumpidos en varias oportunidades, asimismo Correos y Telecomunicaciones, DGI, ferrocarriles, etc...

Durante la presidencia de Illia la opinión pública argentina se enteró de la existencia de campamentos castristas en el norte del país. Estos grupos, posiblemente financiados desde del exterior, estaban formados por jóvenes marxistas que adherían a la línea ideológica china. Algunos integrantes habían abandonado el Partido Comunista argentino o habían sido expulsados de él y uno de los temores que cundía entre el gobierno y otros partidos era que los sectores de izquierda del peronismo se unieran a ellos y lograran desarrollar actividades guerrilleras de carácter permanente.

En noviembre de 1963 se produjo una división dentro del Movimiento Nacionalista Tacuara. El sector tradicionalista continuó reconociendo la jefatura de Alberto Ezcurra, en tanto que el sector izquierdista siguió a su líder Joe Baxter. Este último logró unir a un número considerable de integrantes de Tacuara con grupos comunistas y miembros del Movimiento de Liberación Nacional. Pero también Baxter se proclamó peronista y su semanario Tacuara, reivindicaba al justicialismo.

En marzo y abril de 1964, la Gendarmería informó que había tenido enfrentamientos armados con guerrilleros en la provincia de Salta. El gobierno, consciente de la gravedad de estos hechos, comenzó a preparar un proyecto de reformas al Código Penal para adecuarlo a estas nuevas situaciones.

El 27 de junio por la mañana el comandante en jefe, General Pistarini, se comunicó con el Gral. Alsogaray y con Onganía para anunciarles que había llegado el momento de llevar a cabo el Golpe de Estado. Esa noche varios objetivos importantes quedaron bajo control militar: el edificio de Correos, las Centrales Telefónicas, radios y canales de TV.

Alrededor de las 21 hs. el presidente Illia, reunido con los comandantes en jefe de la Marina y de la Aeronáutica, ofreció su renuncia para evitar enfrentamientos. Hacia las 23 hs. regresaron pero Illia había cambiado de opinión y no estaba dispuesto a renunciar. Los representantes de las FFAA lo conminaron a abandonar la Casa de Gobierno antes de las 5 de la mañana del día siguiente. A las 7.25 hs., ante la negativa de Illia de dejar la Casa Rosada, el Coronel Perlinger al frente de la guardia de infantería de la Policía Federal armada con lanza-gases desalojó el despacho presidencial.

Los comandantes en jefe asumieron los poderes político y militar de la República, destituyeron a todas las autoridades nacionales, provinciales y municipales, a los miembros de la Corte Suprema de Justicia y al Procurador General de la Nación.

Además disolvieron los partidos políticos y pusieron el vigencia el Estatuto de la Revolución Argentina.

El golpe fue bien recibido en los sectores y financieros liberales, el optimismo se reflejó en la Bolsa donde algunos papeles subieron hasta 70 puntos. Las entidades empresarias ACIEL, UIA, CGE y la Sociedad Rural manifestaron su entusiasmo y sus representantes asistieron al acto de asunción de Onganía.

Los partidos políticos, con algunos matices y a excepción del radicalismo y la izquierda tradicional, aceptaron la nueva situación como algo lógico y razonable.

Los sectores políticos y sindicales del peronismo adhirieron unánimemente al Golpe de Estado, como así también lo expresó Perón desde el exilio.

El ex presidente Frondizi consideró una necesidad el derrocamiento de Illia y se identificó con la imagen "desarrollista" de tecnicismo y eficacia que pretendían las fuerzas armadas.