Los problemas que afectan a la región son múltiples: la explotación forestal de los montes de Ñandubay, y de los bosques mixtos; la expansión de la superficie dedicada a la agricultura y ganadería, ésta última afecta especialmente las orillas de los esteros; los incendios intencionales provocados para la captura de animales que destruye nidos, refugios y crías; la caza comercial y de subsistencia, que no reconoce vedas ni prohibiciones. Los cazadores de la zona, apodados "mariscadores", mal recompensados por los productos de sus cacerías, fueron obligados a la sobreexplotación de la fauna silvestre para poder subsistir. Ya no están en el Iberá el Yaguareté, el Oso Hormiguero ni el Tapir. Las disminución de las poblaciones de Yacarés ha provocado alteraciones en el equilibrio de otras poblaciones animales del sistema. Por ejemplo, se ha producido un incremento durante la última década, de las Palometas Bravas. Estos peces eliminan las crías de otros, como el Dorado. La Palometa es el principal ítem de la dieta de los Yacarés. Además, en algunas áreas del noroeste del país, se ha multiplicado un parásito del ganado y del hombre llamado Saguaipé cuyo huésped intermediario, un caracol de agua dulce, es uno de los bocados preferidos del Yacaré Overo. El establecimiento de un cuerpo de Guardafaunas provinciales integrado por baqueanos ex-cazadores de la zona, permitió incorporarlos a las tareas de conservación, sin necesidad de desplazarlos por la creación de la Reserva. Gracias a su accionar se oobtuvo una rápida recuperación de la fauna silvestre en los alrededores de Colonia Pellegrini y Laguna Iberá, donde los controles son más periódicos y efectivos  . Sería deseable que tal acción se extienda al resto de la Reserva, que en su mayoría está constituída por propiedades privadas, donde la caza furtiva aún atenta contra la fauna nativa.

YACIMIENTOS ARQUEOLOGICOS/PALEONTOLOGICOS: No registrados.

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