Es en los esteros y lagunas donde habita la mayoría de la especies animales de la región. La abundancia de nutrientes, unida al calor y humedad permiten que el desarrollo de los vegetales alcance una magnitud asombrosa constituyendo uno de los ecosistemas más productivos del mundo, y por lo tanto un inagotable recurso alimenticio para la fauna. Para la zona se conocen 18 especies de Mamíferos (12 tienen valor comercial), 114 de Aves, 11 de Reptiles, varios Anfibios y una gran cantidad de Peces Entre los Peces pueden citarse Dorados, Surubíes, Sábalos, Palometas y Patíes. El mayor predador es la voraz Tararira que caza al acecho disimulada entre la vegetación del fondo, arremetiendo de imprevisto sobre sus presas. Este pez está bien preparado para resistir la desecación de los ambientes en que vive, ya que puede respirar aire atmosférico y subsistir en lugares de muy poca agua hasta las nuevas lluvias. Otras especies se trasladan de un charco a otro reptando, como las Anguilas, o utilizando las aletas pectorales y movimientos caudales como los Tamboatas. El mamífero más común en la zona es el Carpincho  . Este roedor, es el más grande del mundo y llega a pesar 65 kilogramos. Es gregario y forma grupos de hasta 20 individuos que se desplazan tanto de día como de noche, en las orillas o en el agua mientras ramonean plantas acuáticas. A la menor alarma emiten un sonido fuerte, semejante a un corto ladrido, y corren al agua donde se zambullen con gran estrépito. Los altos Pirizales y Pajonales inundables son los ambientes donde vive una de las especies más típicas de la zona y más amenazada de Argentina: el Ciervo de los Pantanos  . Los machos, que pueden alcanzar los 100 kg. de peso y superar el metro de altura, poseen una gruesa cornamenta de cuatro puntas en cada asta. De día permanecen ocultos en isletas boscosas y salen a pastar al atardecer, caminando sin dificultad por los terrenos anegados y sobre los embalsados gracias a sus anchas y separadas pezuñas que contribuyen a repartir su peso. El curioso Aguará-Guazú, especie en peligro de extinción, también está adaptado a la vida en los esteros: pelaje rojizo y largas patas negras que le permiten caminar por la alta vegetación. Su alimentación es muy amplia, ya que está compuesta por animales (cuises, ranas, insectos, etc.) y vegetales (frutos, raíces, etc.). Dado que es de hábitos nocturnos es muy difícil observarlo. El Lobito de Río  puede verse aún en las lagunas, en parejas, desplazándose velozmente. En los montes de las zonas altas habita el Gato Montés, el ya escasísimo Gato Onza u Ocelote, el Mono Aullador  y el Zorro de Monte, entre otras especies. El Yaguareté y la Nutria Gigante desaparecieron de la zona hace tiempo, presionados por caza y la modificación de sus ambientes. Los Reptiles están representados por tortugas acuáticas, grandes culebras inofensivas como la Ñacaniná y la llamativa Boa Curiyú. Esta boa está perfectamente adaptada al ambiente acuático, poseyendo sus ojos y narinas en el extremo superior de la cabeza, lo que le permite acechar a sus presas casi totalmente sumergida. Los Yacarés Negro  y Overo,son fáciles de observar flotando en las lagunas y esteros, o tomando sol sobre los embalsados y orillas de los cuerpos de agua. Las Aves por su abundancia y colorido son las que atraen inmediatamente la atención de quien visita esta región. En las lagunas y esteros se ven Garzas, Espátulas, Patos, Gallaretas, Chajáes, Cigüeñas, Gallinetas, Anhingas , etc. Sobre los largos tallos de las Totoras y Pehuajó se posan los Federales , de llamativo plumaje negro y cabeza anaranjada, y la Lavandera  , cuyo macho posee la cabeza blanca y el resto del cuerpo negro. Sobre la vegtación acuática, gracias a la sustentación que le ofrecen los largos dedos de sus patas, se desplaza la Jacana o Gallito de agua, en busca de insectos y crustáceos.

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