Desde el punto de vista de la vegetación , el sistema de Iberá posee peculiaridades. Dada su ubicación geográfica se produce una superposición de tres grandes biomas que ocupan el litoral argentino: la Selva Paranaense, el Chaco Oriental y el Espinal. Los biomas mencionados ocupan sectores determinados dentro del paisaje, puediéndoselos diferenciar según el tipo de vegetación predominante. En los sectores altos, como pequeñas elevaciones y barrancas naturales, se instalan los bosques húmedos  . Estos tienen el aspecto de una selva subtropical, dada la abundancia de estratos de vegetación, lianas y epífitas. Allí abundan las especies de estirpe misionera, aunque los árboles no alcanzan los gigantescos portes de sus congéneres más norteños. Densos tacuarales de la robusta Caña Tacuaruzú, Palmera Pindó, Lapacho, Higuerón, Viraró, Ambay, Espina Corona, Ombú, Timbó, y muchas otras especies conforman este ambiente. La parte sur de Iberá se encuentra mayormente cubierta de vegetación herbácea, donde domina el Espartillo. También se presentan bosquecillos aislados de Ñandubay y Espinillo, característicos del Espinal. Al Chaco Oriental lo representan, cerca de las costas de la lagunas u ocupando terrenos más bajos e inundables, los palmares de Palma Blanca   o Caranday. Pero el principal rasgo de este bioma es la vegetación acuática y palustre que ocupa las lagunas y su orillas, y conforma los esteros y los embalsados. Los esteros propiamente dichos son extensas planicies anegadas cubiertas de vegetación acuática  y palustre. Sobre las aguas profundas crecen numerosas plantas flotantes entre las que se destacan los Camalotes de hermosas flores azules  , cuyos tallos y pecíolos foliares poseen abundante tejidos esponjosos para sustentarse en el agua. Otras plantas flotantes  son los Repollitos, Lentejas y Helechitos de Agua. El Irupé es quizás el vegetal más llamativo, por sus enormes hojas en forma de plato que alcanza el metro y medio de diámetro, están cubiertas de espinas en su cara inferior como defensa contra los herbívoros. Sobre sus hojas es frecuente ver caminando algunas aves acuáticas en busca de alimento. En los bordes de las lagunas, en tierra firme, o zonas poco profundas la vegetación está formada por altas plantas acuáticas como el Pirí, la Paja Brava, la Totora  , el Pehuajó  (de grandes hojas  y flores blancas en racimos). El denso agrupamiento y la acumulación de vegetación acuática origina la formación de los llamados "embalsados". Se trata de islas flotantes sobre la cuales se va depositando tierra, se compactan las raíces y pueden presentar vegetación arbustiva e inclusive arbórea (como los Sangres de Drago, Ceibos, etc.).

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