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Se puede considerar que
la fauna de la región es homogénea y no es muy distinta a la de otros
parques que se sitúen en los bosques subantárticos. Entre los mamíferos
sobresale la figura del Huemul, uno de los dos ciervos nativos de este
bioma. Muy buen nadador, de constitución robusta, orejas grandes y
anchas, y con pelaje de color pardo, algo más oscuro en invierno que en
verano. Si bien en cierta época del año ocupa zonas bajas, el Huemul
hace intenso uso de los ambientes de montaña. Se dispersa en verano por
las zonas mas altas, donde se alimenta de los pastos de los mallines y
praderas, como así también de arbustos, árboles jóvenes, y varias
herbáceas, siempre cerca del bosque, donde busca refugio de predadores
como el Puma. Cuando llega el invierno el Huemul baja a los valles
buscando alimento y es aquí donde corre riesgo su preservación ya que
esas áreas han sido modificadas por el hombre, por lo tanto le resulta
más difícil alimentarse. El Gato Huiña, otro morador de estos
ambientes, es un félido pequeño que mide 45 cm. de largo, de pelaje
bastante largo, con manchas compactas negras. Habita en los bosques húmedos
de la región andino patagónica, se alimenta básicamente de roedores y
aves, dada la habilidad que posee de trepar árboles. Entre las aves se
destaca el Pato de los Torrentes , que captura larvas e insectos
buceando en los ríos con rápidos turbulentos. Los Cauquenes o
Avutardas, Macá Común y Biguás son otras aves acuáticas abundantes.
Los distintos estratos del bosque, por su lado, cobijan Picaflores,
especies terrícolas como el esquivo Chucao y el Tapacola. En los
troncos de los árboles encontramos a los vistosos Carpinteros Patagónicos.
Entre las rapaces, son muy comunes los Halconcitos, Águilas, Lechuzas,
Jotes de Cabeza Negra y Cóndores, que sobrevuelan el área a grandes
alturas en busca de sus presas. La fauna ictícola nativa la integran el
Puyén, las Peladillas, el Pejerrey Patagónico, el Bagre Aterciopelado
y los diminutos bagrecitos de arroyo. La introducción de los Salmones y
Truchas exóticas no se produjo en este parque. Entre la fauna de Estepa
se destacan los Guanacos , estos se encuentran íntimamente
ligados a la disponibilidad de vegetales. Por consiguiente, existen años
con abundantes lluvias que resultan prósperos y otros de sequía que
causan una gran mortandad en sus poblaciones. Este animal es perseguido
por muchos estancieros de la zona, ya que suponen que compiten con el
ganado doméstico por el agua y las pasturas . Representando otros
mamíferos herbívoros encontramos a la Mara o Liebre Patagónica que en
cierta manera ha sido desplazada por la Liebre Europea que también se
halla distribuida en el Parque. Entre los felinos encontramos al Gato
Montés, el Gato del Pajonal y el Puma, al que los hacendados han
declarado la guerra en base a una exagerada valoración de su impacto
sobre el ganado. Los carnívoros menores están representados por el
Zorro Gris y el Colorado, ambos muy codiciados por sus pieles. El Parque
alberga una gran variedad de aves de ambientes abiertos como el
Carancho, el Águila Mora, Jote de Cabeza Roja y el Choique o Ñandú
Petiso . Entre las aves acuáticas que pueblan los cuerpos de agua
de la estepa, se destacan los Cauquenes o Avutardas, los Cisnes de
Cuello Negro y distintos tipos de Patos.
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