Pérez de Zorita se encontraba Pérez de Zorita en Chile en 1557, cuando fue comisionado para llevar un socorro de 60 ó 70 hombres a las provincias del Tucumán por orden del gobernador García de Mendoza y con el mandato de gobernar en calidad de teniente de gobernador y de justicia mayor. Pedro de Valdivia había muerto y la provincia de Chile quedó sin gobernador, el cabildo de Santiago nombró entretanto a Rodrigo Quiroga capitán general y justicia mayor, y los vecinos de La Imperial, Concepción, Valdivia, Villarica y Confines designaron a Francisco de Villagra; Francisco de Aguirre a su vez fue llamado por algunos encomenderos de La Serena. La audiencia de Lima desestimó las soluciones adoptadas por las ciudades chilenas y ordenó a los cabildos que atendiesen cada cual lo relativo a su distrito únicamente y así pasaron más de dos años.
Cuando llegó a Lima el virrey marqués de Cañete, al informarse de la situación de la provincia del sur, designó gobernador a su hijo García Hurtado de Mendoza, de 22 años, y éste llegó a Chile en 1557; entre sus primeras medidas figura el destierro a Lima de Francisco de Aguirre y de Francisco de Villagra.
Con el envío de Juan Pérez de Zorita, quería García Hurtado de Mendoza afirmar la expansión de Chile hacia oriente; deseaba también fundar asientos estratégicos en el Tucumán y facilitar así el comercio entre Chile, Tucumán y Charcas y defender a Santiago del Estero contra las excursiones de diaguitas y juries.
Juan Pérez de Zorita arribó a Santiago del Estero en mayo de 1558 e impuso la calma en la ciudad y en los indígenas. Fue recibido favorablemente por todos. Pérez de Zurita, por otra parte, estaba animado de un espíritu ajeno a los odios y rivalidades del mayor número de los capitanes, y llegó resuelto a hacer justicia por todos, a corregir los abusos y a consumar la sumisión de los indigenas
Pérez de Zorita llegó a la región de Catamarca y fundó la ciudad de Londres en 1558 ; un año después levantó entre los pueblos guerreros que obedecían a Juan Calchaquí, sobre las ruinas de Barco II, el pueblo de Córdoba del Calchaquí. En agosto de 1560 asentó la ciudad de Cañete sobre lo que había sido Barco I.
Londres estaba situada cerca de la actual Belén y era como un alto en el camino que va desde Chile por el cerro de San Francisco y los valles de Catamarca y Tucumán a Santiago del Estero. Servía para auxiliar a Cañete y a Córdoba del Calchaquí en caso de ataques de los indios y podía ser con el tiempo un punto de aprovisionamiento en el intercambio comercial de esos territorios.
Córdoba del Calchaquí estaba en uno de los centros diaguitas, en el camino de los valles que conducen a Charcas y a Lima y podía contribuir a la defensa de Chicoana, a la que hostigaban los indios pulares.
Se hicieron después otras fundaciones en los valles de Salta y Jujuy; la de Cañete, que ocupaba, como se ha dicho, el lugar de la primera Barco, servía para la protección de las caravanas comerciales y las expediciones que siguiesen desde el camino de Calchaquí a Santiago del Estero.
Con esas fundaciones, que no eran improvisadas, sino que obedecían a un plan premeditado, se disponía de un triángulo de poblaciones que podían protegerse mutuamente; desde entonces data el intercambio comercial entre el Tucumán, Chile y Potosí.
Cuando murió el marqués de Cañete, fue designado Francisco de Villagra gobernador de Chile, y García Hurtado de Mendoza cesó en el cargo en 1561.
El nuevo gobernador envió desde Charcas al Tucumán a su teniente Castañeda, pero éste no supo entenderse con los aborígenes.
Después de haber expulsado a Pérez de Zorita, provocó con su comportamiento autoritario un levantamiento general de los indios de la región, que dio como balance final la destrucción de las tres ciudades estratégicamente asentadas: Cañete, Córdoba del Calchaquí o del Tucumán y Londres.
La obra de pacificación iniciada por García Hurtado de Mendoza por medio de Pérez de Zorita quedó malograda a causa de los malos tratos que recibieron los aborígenes de parte de Castañeda.