El territorio perteneciente a la gobernación del Río de la Plata se fue perfilando desde fines del siglo XVI; su capital era Asunción y su extensión era tanta y tan imprecisa que pocos gobernadores visitaban los vastos dominios, gobernados por medio de tenientes de gobernador.
A partir de Hernando de Zárate (1593-1595), que fue simultáneamente gobernador del Tucumán, los gobernadores prefirieron instalarse en Buenos Aires, punto más estratégico para el comercio y para el tránsito hacia el Tucumán, Chile y Alto Perú. Además, el puerto permitía recursos legales e ilegales de vida que no ofrecía Asunción.
Se hicieron llegar al rey y al Consejo de Indias numerosos pedidos para que se contemplase la vastedad del territorio y para que se pusiese remedio, dados los escasos medios de comunicación de entonces.
El tesorero Hernando de Montalvo, en su informe de noviembre de 1579, en el que pedía la nueva fundación de Buenos Aires, proponía la división del territorio en tres distritos, criterio que volvió a reiterar en otras oportunidades hasta 1590; opinaba idénticamente el padre Juan de Rivadeneyra, que asistió a la fundación de Buenos Aires con Juan de Garay.
Martín del Barco Centenera fue un clérigo español activamente en la conquista y colonización de la región del Río de la Plata, siendo el primero que coloco la palabra Argentina Se le recuerda especialmente por ser el autor del "poema histórico" (como el mismo lo denomina) Argentina y conquista del Río de la Plata con otros acaecimientos de los reinos del Perú, Tucumán y el Estado del Brasil,.
En 1587 el arcediano Barco Centenera propuso dos gobernaciones: una con capital en Asunción y la otra en Buenos Aires. El gobernador Diego Marín de Negrón, en 1612, propiciaba tres: una compuesta por las ciudades de Buenos Aires, Santa Fe y Córdoba; otra que abarcase las ciudades del Tucumán, Santiago del Estero, San Miguel, Salta, La Rioja, etc.; la tercera debía comprender las ciudades de Corrientes, Asunción, Santiago de Jerez, Villa Rica y Ciudad Real. Este gobernante se inclinó luego por la división en dos gobernaciones, juzgando que el titular debía residir por lo menos ocho meses en Buenos Aires.
Manuel Frías, procurador general de la región del Plata, pidió en 1614, también que se resolviese el problema de la gran extensión territorial, basándose en el peligro de la destrucción por los indios de las ciudades fundadas y en la dificultad para acudir en seguida en su ayuda dadas las grandes distancias. Las provincias del Guayrá nunca habían sido visitadas por los gobernadores.
Hubo gobernadores que emitieron quejas sobre esa división, que disminuía sus medios de subsistencia y les restaba poder. Francisco de Céspedes argumentaba que con la división se habían envalentonado los indios. También el obispo Cristóbal de Aresti pidió al rey que volviese a agrupar las dos gobernaciones para su mejor defensa contra los ataques de los indios. Hubo efectivamente despoblación de núcleos de colonización en ambas gobernaciones, pero no sólo por causa de los ataques de los aborígenes, sino por causa de la política comercial que imponía España a sus colonias.