Fauna

Mamíferos

En la meseta abundan la liebre patagónica o mara, el puma, el gato montés, el zorro, el zorrino y el gato de los pajonales.
En la zona cordillerana todavía existen tropillas de guanacos y algunos huemules.

Aves

Hay una gran variedad de aves: desde avestruces petisos o choiques, hasta pájaros como jilgueros y chingolos.
Entre las aves rapaces figuran águilas, aguiluchos rojos, halcones de vientre blanco, gavilanes, lechuzas, búhos y cóndores

Costa y mar

En la región costera abundan los lobos marinos de uno y dos pelos.
Entre las especies de aves marinas se cuentan pingüinos, albatros, petreles, cormoranes y gaviotas.
Los peces más comunes son la trucha criolla, el pejerrey, el puye, el salmón y la lamprea del sur.

Otras especies

En la región se observa un alto número de roedores, murciélagos y unas veinte especies de arácnidos. Entre los reptiles, se encuentran lagartijas y lagartos.

Fauna de la ría Deseado

La ría Deseado constituye una reserva natural de envergadura, única en la costa Patagónica y Argentina. En ella es posible registrar al menos 34 especies de aves marinas y costeras que pueden ser observadas nidificando o utilizando como área de paso a la Ría Deseado, también se registran apostaderos de lobos marinos de un pelo (Otaria flavescens).

Varias islas se encuentran en el interior de la ría Deseado, las cuales sirven de refugio natural a aves marinas y lobos marinos que se alimentan de la abundante fauna marina que ingresa con las mareas en la ría. Existen colonias de nidificación de gaviota cocinera (Larus dominicanus), el ostrero negro y el pato vapor volador.

Otras especies presentes en los acantilados y costas de las distintas islas e islotes de la ría Deseado son:

• Cormorán imperial (Phalacrocorax atriceps) es un ave que puebla las costas antárticas, y el extremo sur de la Patagonia, mide entre 70 y 78 cm de longitud y pesa entre 1,8 y 3,5 kg. Los machos son más grandes que las hembras.​ Está dotado de brillantes plumas negras que cubren la mayor parte de su cuerpo, con el cuello y el vientre blancos. Posee alrededor de sus ojos, piel de un tono azul distintivo; presenta una perilla nasal de color amarillo anaranjado. Las patas son rosadas. Durante la temporada reproductiva presenta un penacho eréctil negro del que carece en época no reproductiva, cuando tiene un área opaca la cara.
• Cormorán gris (Phalacrocorax gaimardi) es una especie muy rara de observar en el norte de las zonas costeras  pero es común desde Cabo Blanco hasta Puerto San Julían donde se encuentran las mayores colonias nidificantes, mide 65 cm. y suele habitar y nidificar en acantilados rocosos. Se alimenta de peces e invertebrados marinos que los localiza muy cerca de la costa (generalmente pesca a 15 metros de la misma).Construye el nido con algas y detritos colocando hasta 4 huevos de color celeste blanquecino con cubierta calcárea.
• Cormorán de cuello negro (Phalacrocorax. magellanicus) es un ave que habita las costas de la Patagonia en América del Sur.Esta especie forma colonias de pequeño tamaño de entre 2 y casi 400 nidos, en cuyas cercanías permanece todo el año, a diferencia de otras especies de cormoranes como el Imperial. Construyen sus nidos en los acantilados rocosos de la costa marina, aprovechando pequeñas saliencias de la roca; tanto en la costa continental como en islas. 
• Garza bruja (Nycticorax nycticorax) es una garza rechoncha y de tamaño medio (entre 60 y 65 cm). Es notable la escasa longitud de su cuello, si lo comparamos con el de otras garzas, como la garza real o la garceta común. Se caracteriza por sus ojos de color rojo intenso. 
• Gaviotín sudamericano (Sterna hirundinacea) Gaviotín de tamaño mediano, mayormente restringido a áreas costeras. En el plumaje reproductivo, es notablemente gris pálido por arriba y por abajo con una extensa gorra negra y un pico y patas rojas. La cola se extiende más allá de las puntas de las alas cuando está en perchado. Las alas son uniformemente de color gris pálido sin negro. Las aves en plumaje no reproductivo tienen media capucha. Los juveniles son moteados de marrón en la espalda.
• Gaviotín de pico amarillo (Thalasseus sandvicensis eurygnatha) es de tamaño mediano con distintiva punta amarilla en el pico negro. Muestra una gorra negra desarreglada en plumaje reproductivo; Las aves en plumaje no reproductivo tienen la frente blanca. Estrictamente costera; más comúnmente encontrada en playas y estuarios, a menudo mezclada con bandadas de otros gaviotines. Las llamadas son gritos estridentes similares a otros gaviotines.
• Gaviotín real (Sterna maxima) Esta especie cría en colonias en la costa continental y en las islas. Su nido consiste en un hueco someramente escavado en e suelo en el que pone uno o dos huevos. Como los demás charranes defiende agresivamente sus nidos y sus polluelos. El charrán real se zambulle en picado para pescar, generalmente en medios salinos, como la mayoría de los charranes. Generalmente se sumergen directamente sin cernirse como el charrán ártico. Las ofrendas de pescado del macho a la hembra forman parte de su ritual de cortejo.
• Ostrero negro (Haematopus ater) es básicamente negro con algunos tonos marrones. Tiene los ojos amarillos con el borde rojo y las patas rosadas. El pico es largo y rojo anaranjado y achatado por los costados, característica de esta familia de aves que han desarrollado para poder abrir conchas o extraer crustáceos adheridos a las rocas. Se distribuye, con dos subespecies, en playas rocosas marinas del occidente y sur de América
• Gaviota cocinera (Larus dominicanus) es una gaviota principalmente costera. El nido es una depresión poco profunda en la tierra con vegetación y plumas. La hembra normalmente pone 2 o 3 huevos.2​ Ambos padres alimentan los polluelos jóvenes. Se encuentra en variadas zonas, desde costas hasta incluso la Patagonia y Antártida. Sus poblaciones se están expandiendo debido a la oferta alimenticia de los basurales a cielo abierto, ocupando ecosistemas de agua dulce
• Gaviota austral (Leucophaeus scoresbiii) construyen sus nidos con algas, pasto, plumas, pequeños palitos y huesos. Llegan a las colonias de nidificación entre octubre y noviembre. Ponen los huevos, generalmente entre 1 y 3, a fines de noviembre, incubándolos por 25 días. Los pichones a los pocos días de nacer ya son capaces de volar, aunque son alimentados por sus padres hasta fines de febrero.
• Pato vapor volador (Tachyeres patachonicus)  su distribución comprende el extremo sur del continente, Tierra del Fuego en Argentina y Chile, presente en las Islas Malvinas. Habita aguas costeras. Se le ve en las lagunas de agua dulce y ríos. Vive desde el nivel del mar hasta los 1.200 metros de altitud. Se alimenta de moluscos y crustáceos. La población de esta especie se estima en 11.000 y 26.000 individuos.
• Pato crestón (Lophonetta specularioides) la longitud total es de 51 a 61 cm. El macho, más grande que la hembra, pesa entre 1.100 y 1.200 g. Posee una cola aguda, aunque la hembra la tiene menos aguda que el macho. El pato crestón es de coloración parda ocrácea manchada, con rabadilla y vientre más claros. Presenta una amplia corona (salvo en la frente) y leve copete nucal oscuro. Es de tonos modestos, salvo en el vuelo, en el que puede observarse un espejo morado y blanco. El iris de los ojos es rojo.
• Skúa del sur (Catharacta antarctica). El skúa es un ave caracterizada por su gran tamaño y agresividad. Alcanza los 58 cm de longitud, 1,4 m de envergadura y 1,7 kg de peso. Su parte superior es marrón oscura, bandeada, con un pico recio, ganchudo, de color gris oscuro. Las patas son del mismo color. En vuelo, posee bajo las alas una mancha blanquecina, cerca del álula. Dicho atributo es exhibido en las zonas de cría durante el cortejo.