La primera preocupación del Congreso fue designar un Director Supremo con autoridad nacional. Se necesitaba en esos momentos un hombre a la vez enérgico y conciliador, no comprometido con las facciones en pugna, que fuera aceptable a las provincias interiores y a Buenos Aires.
Los diputados cordobeses presentaron la candidatura del salteño José Moldes, hombre de pasiones violentas y representante de un localismo extremista, o sea la antítesis de aquella necesidad.
San Martín había entrado en relación con Pueyrredón -diputado ahora por San Luis- en 1814 y había descubierto las cualidades de éste. Los diputados de Cuyo apoyaron su candidatura a la que adhirió Güemes y rápidamente los diputados porteños y altoperuanos.
Nacido en Buenos Aires, héroe de la Reconquista y de la retirada de Potosí, uno de los primeros en abrazar la causa de la Independencia, vinculado a los intereses de San Luis durante tres años de destierro, Juan Martín de Pueyrredón había transitado por el escenario político sin embanderarse en ninguna de las facciones en pugna.
Aparecía así como un hombre singularmente apto para lograr la conciliación y obtener la unidad necesaria para afianzar la independencia. El 2 de Mayo se conoció en Tucumán el Pacto de Santo Tomé y la renuncia de Alvarez Thomas. La noticia favoreció la candidatura de Pueyrredón como hombre de orden. Al día siguiente se realizó la elección, siendo designado por 23 votos contra dos, favorables a Moldes.
Cuando en 1814 José de San Martín pasaba por la provincia de San Luis con destino a Mendoza, para hacerse cargo del Gobierno, visitó en el mes de Agosto a Pueyrredón, quien se encontraba en las afueras de la ciudad, en su hacienda de la “Aguadita”. Allí ambos coincidieron en sus ideales con respecto a la lucha por la Independencia. Puede afirmarse que el nombramiento de Pueyrredón en el cargo de Director se debió en gran parte a la influencia de San Martín.
La destitución de Alvarez Thomas y la designación interina de Balcarce motivaron que el Congreso resolviera enseguida el nombramiento de un Director titular. Con este propósito los diputados se reunieron en Sesión extraordinaria en la mañana del 3 de Mayo de 1816, bajo la presidencia del canónigo Ignacio Castro Barros y ante numeroso público.
Acto seguido se procedió a la votación y de los veinticuatro diputados presentes veintitrés lo hicieron en favor de Juan Martín de Pueyrredón, representante por San Luis.
En esos momentos el país estaba dividido por las rencillas interiores, el Gobierno porteño había perdido autoridad ante las provincias rebeladas y los enemigos del exterior amenazaban la integridad territorial.
En tales circunstancias, la designación de Pueyrredón fue un acierto, porque dio estabilidad a su alto cargo -cumplió el período completo de tres años- y en la medida de sus posibilidades contuvo la anarquía política que se insinuaba amenazante. Contó con el apoyo de San Martín y colaboró eficazmente con los planes del Libertador