Luego de la revolución la relación entre Manuel Quintana y José Figueroa Alcorta quedo muy deteriorada por la comunicación telegráfica con el presidente Quintana en la comunicación los rebeldes pedían al presidente inmunidad para los jefes militares implicados, a lo que Quintana se negó, esto ocurrió cuando Figueroa Alcorta era prisionero por los revolucionarios
La represión se llevó a cabo contra los revolucionarios y simultáneamente contra el movimiento obrero y socialista y sus organizaciones, su prensa, etc., aunque ellos no había tenido ninguna vinculación con el movimiento del 4 de febrero. Por el contrario, el Partido Socialista acordó invitar a la clase obrera a mantenerse alejada de estas rencillas, que eran promovidas por la sed desmedida de mando y mezquinas ambiciones.
Fueron detenidos centenares de obreros agremiados, la prensa socialista y anarquista fue prohibida, se allanaron los locales de los periódicos La Vanguardia y La Protesta entre otros y los locales sindicales fueron clausurados. El Partido Socialista y las organizaciones obreras, la Unión General de Trabajadores y la Federación Obrera Regional Argentina, pidieron permiso para realizar una manifestación de protesta. El 21 de mayo de 1905 una manifestación compuesta por millares de trabajadores se reunieron en la plaza Constitución y desfilaron desde allí hasta la plaza Lavalle, donde la concentración fue atacada a tiros y sablazos, dejando como saldo dos muertos, veinte heridos y numerosos contusos en la plaza.
José Néstor Lencinas participó en las revoluciones radicales de 1893 y 1905, en la de 1905 dirigió exitosamente la insurrección en Mendoza llegando a tomar el poder como gobernador provisional, pero al ser derrotada Lencinas se fugó espectacularmente a Chile en una locomotora “expropiada” al Ferrocarril Trasandino.En la foto se lo ve en Valparaíso, en 1905, junto a sus compañeros de la asonada revolucionaria radical. José Néstor Lencinas aparece sentado en el sillón de brazos.
El 11 de agosto de 1905 se produjo un atentado contra Quintana, mientras se dirigía en su carruaje a la Casa de Gobierno, un hombre dispara varias veces contra el presidente sin lograr hacer fuego. El coche siguió su marcha, y los agentes de custodia detuvieron al agresor, que resultó ser un obrero catalán llamado Salvador Planas y Virella, simpatizante anarquista, que actuó por iniciativa propia.
La mayoría de los detenidos serían enviados a Ushuaia, hasta que meses mas tarde el gobierno nacional decretara una amnistía.
La revolución fue derrotada, pero desencadenaría una corriente de cambio institucional dentro del oficialismo que ya no podría ser detenida. El roquismo se había dividido, y tanto Carlos Pellegrini como Roque Sáenz Peña, principales referentes del nuevo autonomismo, comprendían la necesidad de realizar profundos cambios institucionales si se pretendía contener el creciente conflicto social y político.
En 1906 con la muerte del presidente Quintana asumen como presidente José Figueroa Alcorta, el nuevo presidente se apoyó inicialmente en el grupo roquista del PAN, alejándose definitivamente de los mitristas. Cuando asumió Figueroa Alcorta, Roca estaba prácticamente retirado de la acción política, por lo que el presidente creyó poder actuar con mayor libertad, pero ocurrió exactamente lo contrario: los dirigentes roquistas buscaban reorganizar su partido, y en lo único que se pusieron de acuerdo fue en obligar al presidente a someterse a esa reorganización; como éste quiso mantener su independencia, obstruyeron sistemáticamente todas sus acciones en el Congreso, entonces para congraciarse con los radicales envía al congreso una ley de anmistia y el congreso dicta la Ley n.º 4939 de amnistía general a todos los participantes de la revolución de 1905.
Los radicales marchan por las calles de Buenos Aires luego de que el congreso decretara una ley de anmistia con el n.º 4939 de amnistía general a todos los participantes de la revolución de 1905. , esto se pudo realiaza luego de la muerte de Quintana ya que el presidente fallecido estaba en contra de este tipo de medidas pero el nuevo mandatario perteneciente a una linea renovada del PAN envia la Ley de anmistia al congreso.