En la convención de notables Triunfante la fórmula Quintana-Figueroa Alcorta, fue consagrado vicepresidente de la República y asumió la presidencia del Senado desde el 12 de octubre de 1904, al cual había sido enviado por su provincia. Pudo desde allí gravitar sobre la armonía en la gestión de ambos poderes: el ejecutivo y el legislativo.
Aprovechando un receso parlamentario, se trasladó a Córdoba en el verano de 1905 y se instaló con su familia en Capilla del Monte. La revolución del 4 de febrero de 1905 estalló en Córdoba bajo la dirección del coronel Daniel Fernández y del doctor Aníbal Pérez del Viso, que derrocaron a las autoridades constituidas. Al conocerse en Córdoba el fracaso de la revolución en Buenos Aires, cundió el desaliento y, para ampararse, los revolucionarios se apoderaron de la persona del vicepresidente y lo mantuvieron en rehén para presionar de ese modo sobre el ánimo del primer magistrado. Conducido de Capilla del Monte a Córdoba con fuerte vigilancia, se le facultó para que se comunicara telegráficamente con el doctor Quintana.
El general Winter avanzaba entonces sobre Córdoba para batir a los revolucionarios; considerándose éstos ya vencidos, el doctor Pérez del Viso tuvo la idea de sustituir a Figueroa Alcorta en la conferencia telegráfica con el presidente y pedir a Quintana garantías de vida para los rebeldes, el mantenimiento de éstos en sus grados militares y la supresión de todo proceso por sedición.
Gendarmería volante acantonada en la Plata camino a Retiro para embarcarse a Córdoba
Como se le quiere dar al alzamiento un carácter cívico militar se busca el apoyo de jefes militares y uno de ellos es el coronel Daniel Fernández, Jefe del Batallón de Telegrafistas, quien, convencido por el doctor Fernando Saguier, se hace cargo dc la jefatura de la revolución. Los otros ofíciales comprometidos pertenecen al mismo Batallón, al 100 de Caballería (encabezado por el Teniente Coronel Conesa); al Batallón 8° de Infantería, al 2°y 4° Batallones de Ingenieros ferrocarrileros y al Batallón 1° de Artillería.
El estallido se produjo el 4 de febrero dc 1905 en toda la República, pero triunfa solamente en Mendoza y en Córdoba. Aquí la Junta revolucionaria se hizo cargo del gobierno y se mantuvo hasta el día 7.
Los revolucionarios nombran gobernador al coronel Daniel Fernández y ministros a los doctores Abraham Molina y Aníbal Pérez del Viso y dan a conocer un Manifiesto que entre otras cosas dice:
"Por fin ha llegado el día que terminará el régimen oprobioso que ha dominado el país desde hace treinta años, cubriéndolo de ignominia ante propios y extraños. Desde hoy en adelantedesaparecerán para siempre las oligarquías, en virtud del esfuerzo viril que ha realizado este pueblo en unión de nuestro ejército valeroso para derribar los gobiernos corruptores que tentamos y dar la libertad y el orden como lo exige nuestra Constitución y las leyes fundamentales del país".
El que simulaba ser Figueroa Alcorta en la conversación telegráfica, dijo que se hallaba en poder de los revolucionarios y que estos lo amenazaban con ponerlo en la línea de fuego tan pronto como se aproximasen las tropas del general Winter.
Quintana creyó que era el vicepresidente el que le hacia aquella proposición y la desechó, manteniendo desde entonces un resentimiento contra Figueroa Alcorta por su acto de debilidad.
Sólo después autorizó a Figueroa Alcorta a revelar la verdad de lo ocurrido y aparecieron los testigos que la corroboraron.
Dominada la revuelta, Figueroa Alcorta recuperó la libertad y volvió a Buenos Aires, reanudando su labor en el Senado.