Un manifiesto de la Unión Cívica Radical, redactado por Hipólito Yrigoyen y dado a conocer con su firma y las de Pedro C. Molina, José Crotto, Pablo Schickedantz y Vicente Gallo, explicó el sentido de la lucha que se iniciaba y que debió postergarse por diversas causas desde el mes de setiembre de 1904.
"Ante la evidencia de una insólita agresión que, después de veinticinco años de transgresiones a todas las instituciones morales, políticas y administrativas, amenaza retardar indefinidamente el restablecimiento de la vida nacional; ante la ineficacia comprobada de la labor cívica electoral porque la lucha es de opinión contra gobiernos rebeldes, alzados sobre las leyes y los respetos públicos; y cuando no hay en la visión nacional ninguna esperanza de teacción espontánea, ni posibilidad de alcanzarla normalmente, es sagrado deber de patriotismo ejercitar el supremo recurso de la protesta armada a que han acudido casi todos los pueblos del mundo, en el continuo batallar por la reparación de los males y el respeto de sus derechos.. . Los partidos políticos son meras agrupaciones transitorias, sin consistencia en la opinión, sin principios ni propósitos de gobierno. Desprendidos los unos del régimen que domina al país, procedentes los otros de defecciones a la causa de su reparación, el anhelo común es la posesión de los puestos públicos. El tono de su propaganda se ajusta a la posibilidad de obtenerlos, a las promesas hechas o a las esperanzas desvanecidas, incurriendo en la incongruencia de las críticas y de los aplausos, en la confusión de la protesta y de la alabanza por los mismos actos y hacia los mismos hombres en igualdad de situaciones y procedimientos. La oposición pierde así sus condiciones esenciales para el bien público, se convierte en escuela perniciosa y perturbadora y es un exponente de la depresión general"... Y continúa: "Se han anticipado los vicios y complicaciones de las sociedades viejas; la clase obrera, desatendida hasta en las más justas peticiones, forma con sus reclamos un elemento de perturbación económica y genera graves problemas, que el gobierno ha debido prever y resolver oportunamente; en el orden intelectual se comprueba la ausencia de hombres de ciencia, jurisconsultos, oradores, y, si existen, es para extinguirse en silencio, faltos de escenario y de estímulos; se han subvertido, en fin, los conceptos del honor nacional, de dignidad personal, de cuanto hay de grande y de noble, en las sociedades que conservan el culto por los ideales que ensanchan los horizontes de su existencia. Es un caso en que cada día la regeneración moral retrocede y se aleja"...
Señala la responsabilidad que corresponde al "acuerdo" en la evolución histórica del país:
"El régimen ha subsistido consolidándose al amparo de la política del "acuerdo", que fue una defección a terminantes promesas reaccionarias y malogró la reivindicación a punto ya de conseguirse, traicionando deberes patrióticos, en cambio de posiciones oficiales. Nunca pensamiento más pernicioso penetró en causa más santa; disgregó las fuerzas de la Unión Cívica, llevó a los unos a solidarizarse y a coparticipar en la obra oprobiosa del pasado, e impulsó, en los otros, el deber de la actitud inquebrantable y digna, en que hasta el presente se mantiene, defendiendo la integridad de la causa"...
Después de referirse a las promesas constantes, siempre incumplidas, acentúa:
"La República no podrá olvidar que los ciudadanos que hoy dirigen sus destinos, son los mismos que, en 1893, avasallaron las cuatro provincias que habían reasumido su autonomía, ahogaron sus libertades, próximas ya a alcanzar su dominio, encarcelaron y desterraron a los más distinguidos ciudadanos del país, con lujo odioso de arbitrariedad y de vejámenes. Connaturalizados con el teatro en que se han desenvuelto, no es posible esperar de ellos severos conceptos morales y altas inspiraciones cívicas. No se efectúan en el espíritu humano cambios tan radicales, que permitan pasar del escepticismo, del descreimiento y de la corrupción política en que se ha vivido, a una acción reparadora, destinada, precisamente, a destruir el sistema de que se ha sido instrumento o servidor. La hipótesis de que pueda hacerse en esa forma y por esos medios, supondría la relajación y la rendición de las fuerzas morales de la República.
Yrigoyen se había mantenido en el anonimato durante las últimas semanas de la sublevación. Se anunció que a fines de febrero se presentaría en el Juzgado Federal, el 28 de febrero una gran multitud lo espero en el lugar, bajo una gran presencia policial, pero no apareció, y el Gobierno lo terminó exonerando por "razones de mejor servicio".
Yrigoyen auxilió económicamente a los exiliados gracias al loteo y venta de sus estancias, unos meses después de terminada la revolución apareció una asociación cívica llamada "Asociación de Mayo" que inició un movimiento pro-amnistía que tuvo el apoyo del Partido Nacional de Uruguay, Yrigoyen inicio gestiones para que las personas apresadas fueran liberadas, pero se chocó con la inflexibilidad de Quintana. Pero en marzo de 1906 muere Quintana, asumiendo la presidencia José Figueroa Alcorta perteneciente a la corriente modernista del PAN, quien promulgó una ley de amnistía, propuesta entre otros por el expresidente Carlos Pellegrini. Yrigoyen se entrevistó entonces con el presidente Figueroa Alcorta en 1907 y 1908 para decidirlo a brindar comicios limpios de los vicios de antaño, pero con poco éxito. Yrigoyen reveló estas conversaciones en la Convención de 1909.
Para las elecciones presidenciales de 1910 el Partido Autonomista Nacional eligió como candidato para presidente al líder de la corriente modernista, Roque Sáenz Peña. Sáenz Peña era partidario de establecer un régimen electoral que impidiera el fraude, y no solo era amigo de Yrigoyen, sino que, treinta años atrás, ambos habían sido parte del grupo que fundó el fugaz Partido Republicano.
"Pregonarlo, no es sino estimular la lucha de veleidades y tendencias personales, encaminada a dar preponderancia, dentro del régimen, a los que suben sobre los que bajan: Esta lucha de predominios es el drama eterno de la vida de las sociedades, pero, arriba de ella, están los intereses de la República, qué debe hacer efectivas las responsabilidades, como una concepción absoluta de justicia. Entre el último día del oprobio y el primero del digno despertar, debe haber una solución de continuidad, una claridad radiante, que lo anuncie al mundo y lo fije eternamente en la historia. Esperar la regeneración del país de los mismos que lo han corrompido; pensar que tan magna tarea pueda ser la obra de los gobernantes actuales de la República y de la presidencia surgida de su seno, sería sellar ante la historia y sancionar ante el mundo veinticinco años de vergüenza con una infamación, haciendo del delito un factor reparador, el medio único de redimir el presente y salvar el futuro de la Nación ... La Unión Cívica Radical va a la protesta armada, venciendo las naturales vacilaciones que han trabajado el espíritu de sus miembros, porque contrista e indigna, sin duda, el hecho de que un pueblo, vejado en sus más caros atributos e intensamente lesionado en su vitalidad, tenga aún que derramar su sangre para conseguir su justa y legítima reparación. Pero el sacrificio ha sido prometido a la Nación: lo reclaman su honor y su grandeza y lo obligan la temeraria persistencia del régimen y la amenaza de su agravación. Se efectúa sin prevenciones personales, inconcebibles dentro del carácter del movimiento y extrañas a la índole moral de los que lo dirigen, con derecho a substraerse a esas agitaciones, escudados en el antecedente de una larga y fatigosa labor cívica. Los principios y la bandera del movimiento son los del Parque, mantenidos inmaculados por la Unión Cívica Radical, la que, bajo sus auspicios, promete a la República su rápida reorganización, su libre contienda de opinión ampliamente garantizada, a fin de que sean investidos con los cargos públicos los ciudadanos que la soberanía nacional designe, sean quienes fueren. Los únicos que no podrán serlo, en ningún caso, son los directores del movimiento, porque así lo imponen la rectitud de sus propósitos y la austeridad de sus enseñanzas".