Asumió el 10 de enero de 1815. Su primera medida fue confirmar a los ministros de Posadas en sus cargos. En todo el territorio estallaron manifestaciones de oposición y rebeldía. La Banda Oriental, Entre Ríos, Santa Fe, Corrientes, Córdoba y las provincias de Cuyo manifestaron su disconformidad con Alvear, al que le endilgaban representar al centralismo porteño. Ante el creciente descontento, Alvear  se propuso intimidar al espíritu público mediante un drástico bando por el cual se condena a muerte a quienes critiquen a su gobierno.

En cuanto el general San Martín se enteró del nombramiento de Alvear como Director Supremo renunció a su cargo de Gobernador Intendente, y éste resolvió reemplazarlo por el coronel Gregorio Perdriel. Al enterarse, el pueblo cuyano pidió un Cabildo Abierto en el que resolvió exigir la continuidad de San Martín en el Gobierno, lo que equivalía al desconocimiento de la autoridad del Director Supremo. El libertador no se negó al pedido del pueblo y retiró su renuncia, permaneciendo en el cargo.

A fines de febrero de 1815, las tropas de Buenos Aires abandonaron Montevideo y Alvear le ofreció a Artigas la total independencia de la Banda Oriental con la condición de que deje libres de influencias a Entre Ríos y Corrientes, a lo que el caudillo se opuso. Entonces, el Director Supremo dispuso derrotarlo. Parte de su ejército avanzaría sobre Entre Ríos y parte sobre Santa Fe. Luego, él mismo atacaría la Banda Oriental. Para esto contaba con el ejército de la capital y con el que había formado en Olivos. Pero este regimiento, que estaba a las ordenes de Ignacio Álvarez Thomas, se sublevó en Fontezuelas (cerca de Arrecifes) en abierta oposición al gobierno. Alvear intentó resistir pero su lucha fue inútil, debió presentar la renuncia ante la Asamblea y le fue aceptada el 17 de abril. El Cabildo se hizo cargo de la situación y disolvió la Asamblea y se abocó a formar un nuevo gobierno.

Tras la caída de Alvear, el Cabildo asumió el mando y el 20 de abril, junto a un grupo de vecinos, designó Director de Estado a José Rondeau, quien se encontraba al frente del Ejército del Norte. Interinamente, el cargo fue ocupado por el coronel Ignacio Álvarez Thomas. También, el Cabildo nombró a Esteban Gascón, Tomás Manuel de Anchorena, Pedro Medrano, Mariano Serrano y al Presbítero Antonio Sáenz como miembros de la Junta de Observación, que debía convocar a las provincias a un Congreso General.

La Junta redactó un Estatuto Provisorio que regiría hasta la reunión de un Congreso General Constituyente. Este Estatuto, promulgado el 5 de mayo de 1815, se basó en el proyecto presentado en la Asamblea de 1813 pero con un contenido centralista. Constaba de siete capítulos y en la sección III del capítulo I, autoriza al Director de Estado a convocar "con particular esmero y eficacia", a todas las ciudades y villas para elegir y enviar diputados a un Congreso Constituyente que se reuniría en Tucumán; esta cláusula fue aceptada por casi todas las provincias. En este glorioso Congreso se declaró nuestra independencia.

Al Teniente Gobernador de la Ciudad de Jujuy:"...Como las circunstancias actuales son tan urgentes, y tan graves, parece que es de necesidad apurar sin consideración alguna, todos los recursos y arbitrios capaces de reparar algún tanto nuestras quiebras en el Perú. Con este conocimiento, dije a Ud., en mi oficio del 16, que se acercaba la división auxiliar que comanda el señor coronel M. French, y que era preciso aprestarle ganados vacunos y caballares para que no demoren en ésa; ... no deje Ud. de poner en ejercicio a este intento todos los resortes de su poder.Los gauchos son destinados para la guerra, y son los primeros con que debemos contar en los casos más desgraciados. No son para leñateros, arrieros o carboneros; pero tampoco se les debe tolerar el vicio de insubordinación o falta de respeto a las autoridades: Ud. es una de ellas, y debe ser obedecido y respetado: Así lo he prevenido a los gauchos y a los jefes, y Ud. es testigo de esta verdad.

Luego que me desembarace algún tanto de las vastas y graves atenciones con que hoy me hallo, pasaré a esa ciudad con sólo el objeto de acabar de arreglar su División, cortando las diferencias que tanto nos perjudican...

Salta, Diciembre 21 de 1815 - Martín Güemes.

Archivo Capitular de Jujuy, cit. T. IV, p. 457

En mayo de 1810, los hombres de Buenos Aires consideraron que no había autoridad legítima en España. Esta fue la semilla de libertad que germinó el 9 de julio de 1816.

La revolución federal del 15 de abril de 1815 destituyó al Director Supremo Alvear, disolvió la Asamblea de 1813 y dio nuevos impulsos a la idea de convocar a un "Congreso Constituyente". El Estatuto Provisional determinó que los diputados se reunirían en la ciudad de San Miguel de Tucumán. Esta fue una decisión acertada: si la convocación hubiera sido en Buenos Aires, difícilmente las provincias hubieran aceptado concurrir de buen grado.
Para elegir a los diputados, el Estatuto Provisional determinó el método de elección indirecta:

Los ciudadanos de cada ciudad designarían una Junta Electoral. Esta Junta procedería luego a nombrar un diputado por cada 15.000 habitantes o fracción superior a los 7.500.

La Junta Electoral estaba facultada para dictar "instrucciones" a sus diputados, trazándoles la línea de conducta que debían mantener durante el Congreso. Estas instrucciones se referían generalmente a la "declaración de la Independencia" y a la adopción de una Constitución que organizara el Estado.