Sarratea no tuvo tacto en su trato con Artigas; probablemente llevaba de Buenos Aires instrucciones para apoderarse de su persona. Artigas había ido elaborando una concepción política federativa, se consideraba jefe de los orientales y deseaba para su pueblo una existencia libre como miembro de una confederación. Rodríguez Peña y Larrea llegaron a expresar la conveniencia de que Sarratea y Viana fuesen retirados de la Banda Oriental y se diese el mando a Artigas. Pero Buenos Aires sostenía a Sarratea.
Cuando se emprendió la marcha hacia Montevideo, Sarratea necesitó el apoyo de Artigas y nombró una comisión para que se apersonara a él y aceptara cualquier transacción. Artigas exigió la separación del ejército de antiguos subordinados suyos que se pasaron a Sarratea y el de éste mismo.
La disputa entre Artigas y Sarratea recrudeció en enero de 1813; el jefe oriental exigió que Sarratea, Viana, Vázquez, Vieira, Figueredo y Valdenegro abandonaran la Banda Oriental; Sarratea en cambio exigía que Artigas se subordinara a su mando.
La disidencia subió de tono y el 21 de febrero los cuerpos del ejército sitiador, apoyados por una vanguardia artiguista a las órdenes de Otorgués, determinaron que Sarratea entregase el mando a Rondeau hasta que el gobierno de Buenos Aires resolviese. Entonces el jefe oriental reforzó con sus tropas a los sitiadores.
El resto del año transcurrió sin alternativas importantes. Los sitiadores fueron disminuidos por el regreso a Buenos Aires del regimiento de granaderos de infantería (antes Fernando VII). Faltaba artillería para preparar el asalto a la plaza.