El armisticio de octubre fue mal visto por todos los sectores desde la península Elío fue criticado por negociar, y fue relevado por la Junta de Cádiz. Gaspar de Vigodet se puso al frente del gobierno realista de la Banda Oriental y reforzó sus posiciones.
En los campamentos de Artigas en el territorio de la actual provincia de Entre Ríos, continuaba sus escaramuzas contra portugueses y realistas.
Los portugueses, que habían sido llamados y luego despedidos sin pena ni gloria, se negaron a evacuar el territorio oriental y permanecieron allí hasta julio de 1812.
El general Souza no testimonió el reconocimiento de las cláusulas del armisticio ni dispuso la evacuación consiguiente de la Banda Oriental; persiguió a los integrantes del éxodo que seguían a Artigas.
Carlota se irritó por el armisticio firmado y escribió a Goyeneche para que tratase de llegar lo antes posible a Buenos Aires para acabar con los pérfidos revolucionarios. El conde de Linhares instruyó a Souza para que se pusiese de acuerdo con Goyeneche y con Vigodet y demorase la salida de la Banda Oriental.
Entre 1808 y 1812, Carlota Joaquina pretendió reemplazar a su hermano Fernando VII como regente de España en tanto durara la prisión de este y la usurpación del trono español por parte de José Bonaparte. Alegaba Carlota ser la única integrante de la familia de Carlos IV que no estaba apresada por los franceses. Su cercanía al virreinato del Río de la Plata provocó la creación de un partido carlotista en Buenos Aires, el cual pretendía valerse de Carlota Joaquina para conseguir la independencia del territorio del Río de la Plata, más tarde la Argentina. En efecto, Carlota Joaquina aspiraba también a aprovechar la invasión napoleónica de España para asegurarse un trono para sí misma en América del Sur; una vez más alegaba la prisión de su padre y hermano en Francia y acariciaba la ambiciosa idea de escapar a las limitaciones que le imponía su esposo portugués
El armisticio había salvado de una situación comprometida, el gobierno patriota de Buenos Aires no se consideraba totalmente a salvo con Montevideo en manos del enemigo y las victorias de Tucumán y Salta lo hicieron pensar en una segunda campaña, pero el desastre de Huaqui hizo replantear la situación.