La revolución radical de 1905 y el intento de asesinato por un militante anarquista influyeron en la salud de Manuela Quintana de mas de 70 años y como la salud de Quintana continuó empeorando.
El vicepresidente Figueroa Alcorta se hizo cargo permanentemente de la presidencia el 25 de enero de 1906. Quintana se retiró a una finca en el actual barrio de Belgrano
El doctor Manuel Quintana falleció durante la madrugada del doce de marzo de 1906, culminando así, un proceso de deterioro en su salud ya irreversible. Hasta su final y plenamente consciente, Quintana se despidió de su familia con tranquilizadoras palabras.
Sus exequias fueron grandiosas y majestuosas, como debían serlo, tratándose del presidente de la República. La capilla ardiente fue instalada en la Casa de Gobierno y de allí sus restos fueron trasladados hacia la Catedral Metropolitana donde se ofició una misa de cuerpo presente. Al concluir, el cortejo se dirigió finalmente, hacia el cementerio de la Recoleta, donde el vicepresidente Figueroa Alcorta rindió el último adiós al presidente de los argentinos.
Buenos Aires y el país entero se paralizaron, funcionarios, dignatarios eclesiásticos, diplomáticos y personalidades se movilizaron en masa para rendirle su postrer homenaje y reconocimiento
Las magníficas colgaduras del luto enmarcan un momento de gran solemnidad, todas las miradas de los presentes se dirigen hacia el lente de la cámara testimoniando su pesadumbre frente a la capilla ardiente en la sala de la Casa de Gobierno donde se rinde el último homenaje al presidente de la República, doctor Manuel Quintana
Las exequias fueron imponentes. El vicepresidente José Figueroa Alcorta se hizo cargo del poder ejecutivo y pudo expresar en el acto del juramento:
"El presidente Quintana no ha pasado estérilmente por la dirección suprema del Estado: la intensidad de su pensamiento y la firmeza de su actuación han compensado la brevedad del término en que ejerció su mandato".
Fue el de 1906 un año de pérdidas sensibles para el país en las filas de sus hombres representativos. A los 85 años falleció Bartolomé Mitre, y Carlos Pellegrini, los dos ex presidentes de la Nación, y Bernardo de Irigoyen, otro puntal y testimonio de medio siglo de vida política y de desarrollo del país.
El majestuoso cortejo inicia su marcha hacia el cementerio de la Recoleta, sede de la última morada en la tierra del presidente Quintana, En la Rcoleta el vicepresidente Figueroa Alcorta despide con un discurso al doctor Manuel Quintana