El 12 de marzo de 1891 hubo elecciones en la Capital Federal. Triunfó la Unión Cívica: Alem y Del Valle fueron elegidos senadores.
Cinco días después, Mitre regresaba de Europa, donde había permanecido casi un año, la imponente recepción que le brindaron permitió conjeturar un absoluto triunfo electoral. Sin embargo, el 21 del mismo mes se produjo un hecho inesperado: Roca visitó al candidato cívico con el fin de proponerle un acuerdo. Al día siguiente, una circular firmada por ambos personajes —hay que recordar la trayectoria de ambos— anunció su propósito de "suprimir la lucha electoral para la presidencia futura", con la intención le evitar enfrentamientos que, en el estado en que se encontraba el país, serían muy negativos.
El acuerdo suponía una fórmula única encabezada por Mitre e integrada por un amigo de Roca. Los partidarios de Alem interpretaron la decisión de Mitre como una actitud personalista e inconsulta, que tendía a apuntalar una modalidad de transmisión del poder cuyos vicios habían provocado la reacción cívica. Según los cívicos, el país necesitaba un enfrentamiento electoral libre y sin presiones como dijeron en un manifiesto, la agrupación "no se ha propuesto la elevación de un hombre al poder, sino cambiar el régimen imperante".
Destacaban, además, que el paso dado por Mitre desconocía la decisión de la convención de Rosario y constituía un desaire para Bernardo de Irigoyen, desplazado abruptamente de la fórmula presidencial cívica.
Entre marzo y julio de 1891 se produjeron declaraciones y pronunciamientos que anunciaban la división de los cívicos. Ésta se concretó con la fundación de la Unión Cívica Nacional, que ratificó el acuerdo y proclamó una fórmula en la que Mitre iba acompañado por José Evaristo Uriburu, un roquista de Salta.
Mitre tras la caída de Miguel Juárez Celman, forma con Alem la Union Cívica pero en 1891 una maniobra del expresidente Roca (al que llamaban el zorro) el cual prometió a Mitre apoyarlo en su candidatura presidencial permitió la división de la Unión Cívica entre la Unión Cívica Radical y la Unión Cívica Nacional, dirigida esta última por Mitre. Lograda esta división, finalmente la candidatura de Mitre fue dejada de lado.
Por su parte, la fracción de Alem reconstituyó los órganos partidarios raleados por el alejamiento de los mitristas y resolvió distinguirse con el aditamento de "radical". En agosto, la convención de la Unión Cívica Radical (UCR) eligió el binomio Bernardo de Irigoyen-Juan M. Garro, y Alem realizó una gira electoral por Rosario, Córdoba, Tucumán, Salta y Jujuy, enardeciendo a las multitudes con su prédica y reforzando la organización del partido.
Poco tiempo transcurriría antes de que la política del acuerdo tropezara con las primeras dificultades.
El Partido Autonomista Nacional (PAN), liderado por Roca, que había adherido a la fórmula Mitre-Uriburu, no lograba convivir con sus nuevos aliados; los desencuentros se hicieron tan profundos que finalmente terminaron por provocar en octubre no sólo la renuncia de Mitre a su postulación, sino también la de Roca a la jefatura de su partido.
Hacia fines de 1891 el acuerdo estaba quebrado, más por sus contradicciones internas que por la acción del radicalismo, que volvía a ser agitado por una nueva excursión de Alem, esta vez a Cuyo.
Roca tenia una interna en su partido de una linea llamada "modernista" encabezada por Roque Saenz Peña como ya se habia librado de Mitre en forma muy astuta eligio a al padre de Roque Saenz Peña que era un hombre de setenta años juez integrante de la corte suprema y sin experiencia política . Al ver es su hijo Roque se bajo de la interna del partido para no disputar el cargo con su padre .
El oficialismo se vio nuevamente puesto en aprietos cuando la hegemonía de Roca fue cuestionada por el surgimiento de una candidatura en el seno del PAN, bien acogida por varios gobiernos provinciales, entre ellos el bonaerense. Se trataba de Roque Sáenz Peña, figura joven y simpática que significaría una renovación en las filas del roquismo. Frente a este peligro, "el Zorro" (así se lo llamaba a Roca) urdiría otra de sus admirables maniobras. En una reunión de dirigentes del antiguo juarismo, mitristas, católicos y de su propio partido, propuso como candidato de unión nacional a Luis Sáenz Peña, un jurista de setenta años, acendradamente católico, que no despertaba resistencias ni tampoco entusiasmo.
Naturalmente, su hijo Roque declinó su postulación inmediatamente, cediendo el paso a su padre. El respeto filial era un arma que retrasaba la renovación política argentina. La decisión de "suprimir la lucha electoral", anunciada en marzo de 1891 por Mitre y Roca, fue ejecutada por el presidente Pellegrini en abril de 1892. Una semana antes de los comicios, la plana mayor del radicalismo fue detenida bajo la acusación de estar preparando una revolución. La desarticulación del partido opositor convirtió en canónicas las elecciones y Sáenz Peña y Uriburu fueron proclamados por la casi unanimidad de los electores, asumiendo sus cargos en octubre de 1892.
Alem mientras tanto reorganiza el partido que ahora se llamara Union Civica Radical con la ayuda su amigo Aristóbulo del Valle de su sobrino Hipólito Yrigoyen y de un santafesino llamado Lisandro de la Torre y atacan al gobierno de todas las manera posibles