Nació en Buenos Aires en 1809. Investigador de la historia, crítico literario, novelista, poeta, antologista, polemista, narrador, erudito, bibliófilo, hombre de letras al fin; funcionario, ministro, constituyente, diputado, Rector de la Universidad de Buenos Aires, Presidente del Consejo de Instrucción Pública, Jefe del Departamento de Escuelas, hombre público en diversas facetas, Juan María Gutiérrez es considerado uno de los más grandes promotores de la cultura argentina desde los comienzos de la Nación y durante buena parte del siglo XIX.

Nacido en los años en que la gesta de Mayo estaba a punto de suceder, Gutiérrez se encargó de luchar por la grandeza de la patria desde la pluma. Decidido anticolonialista sus escritos rescataron del olvido la labor de numerosos personajes que, desde los tiempos coloniales, defendieron, desde las armas o desde la literatura, la idea de la emancipación americana. Fue uno de los "hombres de Mayo": creció y maduró con la Revolución, sufrió con sus eclipses y vivió lo suficiente para ser uno de los constructores de la organización nacional.

Su vocación por las letras comienza siendo muy joven: realiza críticas literarias, poesía, historia, y algunos trabajos científicos, en especial matemáticos (Gutiérrez dará, junto con Belgrano, impulso a la matemática en el país en la segunda mitad del siglo XIX, como disciplina que impulsaría el desarrollo material de la Nación.). A los 27 años, en 1836, se recibe de abogado, con una tesis Sobre los tres poderes públicos. No ejercerá esa profesión, y, como medio de vida, utiliza sus conocimientos matemáticos trabajando en el Departamento topográfico como ingeniero y agrimensor. Un año después participa del Salón Literario de Marcos Sastre (dedicado a estudios sociales e históricos), el antecedente inmediato de la Asociación de la Joven Argentina (o Asociación de Mayo), que promovió el desarrollo de la cultura nacional y que Gutiérrez fundaría junto con Juan B. Alberdi y Esteban Echeverría.

Durante el gobierno de Rosas, Gutiérrez emigró, primero a Montevideo, y luego a Europa, Brasil, Chile y Ecuador. En Chile, además de desarrollar su tarea publicística en contra de Rosas (como hacían también los demás exiliados), crea la Escuela de Naútica Nacional.

Con la caída de Rosas, Gutiérrez regresa al país y comienza a desarrollar la actividad política, primero como miembro del Congreso Constituyente de 1853 (donde defiende el Acuerdo de San Nicolás) y, más tarde, como ministro de relaciones exteriores de la Confederación. Posteriormente, Mitre lo designa para dirigir la Universidad de Buenos Aires, de la que sería Rector entre 1861 y 1874. Aún en esa tarea directiva, Gutiérrez continúa con su obra literaria. Su libro Noticias históricas sobre el origen y desarrollo de la Enseñanza Superior en Buenos Aires, que data de 1868, se convertirá en un clásico. 

Fue un prolífico escritor. Como biógrafo, por ejemplo, rescató del olvido a una serie de poetas nativos de la época de la colonia, como Manuel José de Lavarden o Sor Juana Inés de la Cruz (en la obra Estudios biográficos y críticos de algunos poetas sudamericanos anteriores al siglo XIX). Escritos similares son Apuntes biográficos de escritores, oradores y hombres de Estado de la República Argentina, La Sociedad Literaria y sus obras, La Literatura de Mayo, La revolución de Cuba y sus poetas y los estudios sobre Echeverría, Juan Ramón Rojas y otros literatos americanos. Como investigador histórico, produjo vibrantes biografías sobre San Martín y Rivadavia , el primer cronista del Río de la Plata Ulrico Schmidl, Barco Centenera, el virrey Vértiz, el naturalista Azara, etc. En todos estos trabajos presentó un estilo claro, limpio, despojado de toda pompa verbal, que sorprende por su modernidad. Poeta también, escribió obras como A mi caballo, El árbol de la llanura, La flor del aire, entre otras. Además, realizó estudios sobre el folclore y las culturas indígenas (Mitología de las naciones de raza guaraní, Observaciones sobre las lenguas guaraní y araucana, La quichua de Santiago, La capacidad industrial del indígena argentino, etc.) e incluso algunos trabajos de corte netamente científico, como Los estudios actuales del hombre prehistórico en la República Argentina. En el aspecto científico, Gutiérrez tuvo también una labor importante: fue presidente de la Sociedad Paleontológica, creada por él y Burmeister en 1866, y tuvo una notable influencia sobre algunos jóvenes científicos de la época, como Francisco Moreno.  

Como Rector de la Universidad, Gutiérrez creó en 1865 el Departamento de Ciencias Exactas, antecedente de la Facultad del mismo nombre. Albergaba la enseñanza de la matemática y de la historia natural y su finalidad era, según palabras de Gutiérrez, "formar en su seno ingenieros y profesores, fomentando la inclinación a estas carreras de tanto porvenir e importancia para el país." Entre los primeros egresados del Departamento se encontrarían los que a la sazón serían importantes ingenieros y científicos, como Luis Huergo, Guillermo White, Francisco Lavalle, etc. En 1865, Gutiérrez preside la comisión que debía redactar el proyecto de un plan de instrucción general y universitaria. En 1872, impulsando el respectivo proyecto de ley, propugna una enseñanza superior libre y gratuita, y la autonomía universitaria. No tuvo éxito con su prédica, aunque estos logros llegaron con la nacionalización de la Universidad, en 1881. En sus últimos años, Gutiérrez proyectó escuelas de agricultura, comercio y náutica, y se esforzó en fundar una Facultad de Química y Farmacia.

Falleció en 1878. Uno de sus primeros biógrafos, Juan Bautista Alberdi, escribió una líneas que resumen cabalmente la infatigable labor de Gutiérrez en pro de la cultura nacional: "Si no hizo libros, al menos hizo autores. Estimuló, inspiró, puso en camino a los talentos, con la generosidad del talento real que no conoce la envidia. Bueno o malo, yo soy una de sus obras." "El que escribe estas líneas, debió a sus conversaciones continuas la inoculación gradual del americanismo que ha distinguido sus escritos y la conducta de su vida. Gutiérrez le comunicó su amor a la Europa y a los encantos de la civilización europea. El fue, en más de un sentido, el autor indirecto de las Bases de la organización americana." Murió en Buenos Aires en 1878.