A lo largo del mes de mayo y junio navegaron entre las islas del Mar de China hasta que en el mes de julio llegaron a la isla de Borneo. Allí el rajá Siripada invitó a los extranjeros a un banquete en donde pudieron observar que los borneanos escribían y tenían costumbres refinadas y muy avanzadas. Pero no vieron nada más interesante a nivel comercial y decidieron continuar en busca de las islas Molucas que eran, al fin y al cabo, el objetivo de su viaje y lo que les sacaría de la inmundicia y pobreza en que se encontraban.
Por fin, el 8 de noviembre de 1521, arribaron a la isla de Tidore, una de las islas Molucas. Estas islas son un conjunto de unas treinta islas pequeñas de origen volcánico. El recibimiento fue muy grato y empezaron a negociar con el sultán Almansur ofreciendo utensilios castellanos a cambio de clavo y nuez moscada. Debían de actuar rápido porque estas islas estaban en zona portuguesa, no como prometió el astrónomo al rey Carlos.
Cargaron las dos naves con las riquezas asiáticas e intentaron partir pero en el mismo puerto la Trinidad comenzó a hacer aguas y tuvo que quedarse para ser reparada, esto aumentaba el riesgo de ser interceptada por los portugueses por lo que los capitanes de la expedición decidieron que la nao Victoria continuara el viaje a España hacia el oeste y no como se había programado de regresar por donde habían venido.
No se conoce con exactitud el motivo de esta decisión pero a mi parecer esto aumentaba la dificultad del viaje porque tendrían que atravesar por el centro del océano Índico, una ruta desconocida ya que no existían islas conocidas, aunque con ello disminuían la posibilidad de caer en manos portuguesas. La nao Trinidad, una vez reparada intentó el tornaviaje según lo previsto pero los continuos temporales la devolvieron a las islas Molucas y finalmente, como se temían, fue capturada por los portugueses. De sus 50 tripulantes 30 murieron mientras intentaban el tornaviaje por el Pacífico. Del resto solo cuatro lograron retornar a Europa.