Valentín Alsina fue designado gobernador de Buenos Aires el 1 de noviembre, después de una votación laboriosa. Con ello se quería acelerar la expansión de la revolución a las provincias, incluso y sobre todo con la guerra civil. Mitre fue encargado del ministerio de gobierno y de las relaciones exteriores y desde entonces dirigió la política guerrera de Buenos Aires destinada a derrocar a Urquiza y a malograr sus planes. Si Buenos Aires no se anticipaba a la constitución del Congreso, su causa peligraba.
Al iniciar Alsina su gobierno se acordó el plan secreto de la acción a desarrollar:
1) estimular el pronunciamiento de Corrientes que, según los informes, era cosa decidida
2) seguir negociando con Santa Fe para agotar los medios de persuasión hasta que la obstinación de aquella provincia pusiese a Buenos Aires en la necesidad de buscar por otros medios el apoyo a su causa.
Eso equivalía a una política de guerra, después del manifiesto a las provincias hermanas, de las cartas, de los comisionados confidenciales, irían las tropas provinciales a romper el aislamiento y propagar con las armas los principios del 11 de setiembre.
Se daba por seguro el levantamiento de Corrientes; de San Juan se habían recibido informaciones según las cuales pronto caería Benavidez; en Córdoba, Mendoza y Santiago del Estero se procuraba contar con grupos adictos para entrar en acción cuando llegase el momento favorable; Buenos Aires calculaba así que no había de encontrarse sola en la lucha contra el vencedor de Caseros.
Un golpe audaz y repentino debía dar la posesión de la provincia de Entre Ríos y eso bastaría para quebrar en el país el prestigio militar de Urquiza y provocar la dispersión de los diputados reunidos en Santa Fe y la rebelión de los nucleos descontentos en las provincias interiores. Las tropas de Corrientes y Entre Ríos que participaron en el movimiento del 11 de setiembre serían las encargadas de llevar la invasión a Entre Ríos en tanto que los porteños quedaban a la expectativa para operar en Santa Fe.
El plan fue mantenido en absoluta reserva; el 15 de noviembre debía tener lugar el movimiento simultáneo de las fuerzas correntinas y porteñas contra Urquiza; las primeras, junto con tropas entrerrianas, fueron embarcadas el 10 a las órdenes de los generales Juan Madariaga y Manuel Hornos; la prensa guardó silencio sobre ese hecho.
Buenos Aires comunicó a Corrientes que cumplía el compromiso concertado con Méndez, "porque de este esfuerzo supremo y decisivo depende la suerte de la República". Se le informó también que las tropas partían con armamento y una caja de 10.000 pesos en metálico, pudiendo girar por 8.000 más sobre el tesoro de la provincia, sin perjuicio de aumentar la cantidad en el curso de la campaña.
Mientras se trabajaba por Buenos Aires en su ruina, Urquiza no descuidaba la reunión del Congreso, cuya instalación se fijó para el 20 de noviembre y seguía con atención las actividades de los porteños, pero no sospechó el golpe audaz que se estaba gestando contra su autoridad.
El 30 de octubre dirigió una proclama al pueblo de Buenos Aires reiterando sus deseos de unión y su condena de la discordia expresada el 11 de setiembre, que pretendía destruir los beneficios del 3 de febrero, exhortándole a permanecer impasible ante los gritos de guerra de los directores de la revolución.
El 13 de noviembre escribió desde Villaguay a Pujol, dándole la noticia del embarco
de las tropas correntinas en Buenos Aires y previniéndole para que tomase medidas a fin de impedir que, una vez en su provincia, la división de Corrientes se convirtiese en factor de desorden y anunciaba confiado y optimista que el 20 se instalaría en Santa Fe el Congreso nacional, un acontecimiento definitivo contra el alzamiento porteño.
Mientras se aguardaban con impaciencia los sucesos de Entre Ríos, que se habían imaginado victoriosos, en razón de la sorpresa, el gobierno de Buenos Aires continuaba sus planes y sus preparativos para lanzarse sobre Santa Fe.
El 16 de noviembre nombró al general Paz jefe del ejército; dividió en dos el departamento militar del Norte y confió el mando de las tropas del Centro al coronel Lagos.
El 27 partieron batallones de la guardia nacional hacia San Nicolás, después de haber sido revistados en la plaza de la Victoria.
Paz recibió instrucciones, como se ha dicho, para dar por terminada la misión pacífica y preparar la invasión a Santa Fe, resolución que el gran técnico militar consideró precipitada por carecer de elementos suficientes y de tropas disciplinadas. El general Flores, que había salido a campaña, se encontró en la guardia de Luján con las tropas de Lagos en rebelión y por buenas o por la fuerza quedó allí inmovilizado en los primeros tiempos, dando la impresión de que se había sumado a los rebeldes.