Los restos de Pterodaustro se encontraron en la provincia de San Luis, vivió en el Cretácico inferior hace unos 120 millones de años. Por las características de las rocas en que fue hallado se infiere que eran habitantes de lagunas de zonas áridas, no de la costa marina como la mayoría de los representantes de este grupo. Proceden de la región de Hualtarán (pueblo por donde se accede al Parque Nacional las Quijadas), en el noroeste de la provincia de San Luis, en donde fueron coleccionados más de un centenar de ejemplares incompletos.

De las tres especies identificadas de pterosaurios de la Argentina, dos proceden de los restos fósiles de las Quijadas, Hualtarán y el Potrero de la Aguada, ambos corresponden a la Familia Pterodaustriidae (hasta el presente exclusivo de las Quijadas), reconocida con la descripción del género Puntanipterus a partir de material de esta región. Todos los materiales proceden de la Formación Lagarcito, Cretácico inferior de la localidad de Hualtarán. Según Bonaparte (1971) "lo más notable del cráneo de Pterodaustro se encuentra en su especializada dentición que, formando una especie de canasto, retenía microorganismos permitiendo a la vez el libre escurrimiento del agua".

Un esqueleto completo se encuentra en exhibición en el Museo Educativo de la Universidad Nacional de Tucumán, institución que organizó los viajes paleontológicos en que fueron coleccionados, con el aporte financiero del CONICET. Trabajos de campo más recientes (1994-1998) realizados por la Universidad Nacional de San Luis han permitido recuperar gran cantidad de ejemplares incompletos de este reptil volador.