Flora

En San Juan, según los dominios y áreas mencionadas, se encuentran formaciones arbóreas como algarrobo y chañar; arbustivas como jarilla, chilca, alpataco y retamo; palustre como el junco y la totora o herbáceas como el junquillo. La aridez es el factor climático que ha generado en la flora y fauna autóctona una imprescindible adaptación al ambiente. 
En la provincia hay tres zonas biogeográficas, con sus climas característicos, siendo todas ellas áridas o semiáridas, llamadas altoandina, puneña y monte, corresponden aproximadamente a las unidades geográficas de San Juan cordillera frontal, precordillera y sierras pampeanas, donde se distribuyen vegetales propios de cada lugar.

Las zonas fitogeográficas de San Juan son :

• Altoandina
• Puneña
• Monte

Zona Alto Andina

En la región alto andina que comprende las montañas andinas y precordilleranas como las de La Punilla y El Total, así como las partes altas de las Sierras Pampeanas, como Pie de Palo; entre los 2.300 y los 5.000 metros sobre el nivel del mar, el suelo es pedregoso y el clima es frío y seco. Tales condiciones solo permiten el desarrollo de una vegetación variada pero pobre. En esas zonas se encuentran plantas achaparradas, espinosas y de escasa o nula foliación.
Es una formación vegetal propia de la estepa arbustiva, con intercalado de hierbas, cactáceas, musgos y líquenes que adoptan forma de alfombra. Las especies más comunes como el coirón, pasto vicuña, cuerno, ademia, juncáceas y gramíneas. También hay presencia de chachacoma, ajenjo, tomillo, pastos punzantes y gran variedad de cactus que, en época de floración le confieren una singular belleza al paisaje. Las xerófilas se caracterizan por ser vegetación de raíces bien extendidas y profundas a fin de poder capturar la mayor cantidad posible de humedad del suelo. Este tipo de plantas además, crecen muy separadas entre sí para no competir por la humedad.
Por otra parte y para evitar la pérdida de humedad por evapotranspiración, las xerófilas no poseen hojas y cuando las tienen las pierden al llegar la estación seca. Las hojas son poco desarrolladas y están cubiertas por una gruesa capa de resina para evitar la salida de agua. Un ejemplo de adaptación al medio lo constituye la tolilla, un arbusto característico de la región andina, que alcanza 20 centímetros de altura. Para captar la reducida cantidad de agua disponible en el medio, las matas de tolilla extienden sus raíces hasta 2 metros de profundidad. Los musgos en cambio forman tupidas alfombras, con lo cual se protegen de los fuertes vientos de montaña que, a ras del suelo son menos intensos, y de ese modo mantienen la humedad. Otras especies como los cactus almacenan agua en sus carnosos tejidos que están protegidos por una gruesa epidermis y cubierta de resina.

Zona Puneña

Esta zona esta ubicada más abajo del área alto andina y precordillerana, la andino puneña es una zona de transición con el monte. El clima adverso, el suelo rocoso, las escasas lluvias y las marcadas diferencias diarias de temperatura, son factores que no favorecen el óptimo desarrollo de la vegetación. Por esa razón, el paisaje presenta un aspecto desolado, con vastas extensiones de territorios lisos y laderas de cerros desnudas, arenosas, pedregosas o bien con salinas, casi sin plantas.
Las excepciones se producen en los bajos, depresiones, valles o cerca de algún curso de agua donde crecen discretas praderas o vegas. En esta zona predomina la estepa arbustiva, con plantas tipo alfombra, perfectamente adaptadas al medio como la yareta. Pastos duros de gramíneas, arbustos raquíticos, por lo general espinosos, de hojas pequeñas y resinosas para evitar la evapotranspiración.
En este medio crecen el pasto puno o “ichu”, de hojas rígidas y puntiagudas, la rica-rica, tola o “chacha”, cuerno de cabra y magua. Con bolsones, travesías, depresiones, desiertos de arena y las porciones bajas del dorsal andino, la precordillera y las Sierras Pampeanas, el monte abarca gran parte del territorio sanjuanino. La vegetación xerófila domina también este paisaje con formaciones de matorral o estepa arbustiva.

Zona de Monte

El paisaje del monte si bien aparenta cierta monotonía, es sin embargo uno de los ambientes que encierra una gran riqueza de plantas y animales adaptados a la aridez. En esas rigurosas condiciones crece el piquillín, un arbusto espinoso que sin embargo con sus jugosos frutos rojos alimenta a la fauna herbívora del monte.
Los arbustos no superan los 3 metros de altura y presentan ramificaciones desde la base en algunos casos, o con troncos cortos, en otros. Los más comunes son la jarilla, brea, retama, molle, piquillín, atamisqui, pichana, algarrobo arbustivo, caldén, retortuño, chañar y una gran variedad de cactáceas.
Entre los árboles, que se localizan juntos a los ríos o bordes de salares, crecen algarrobos, sauces y maitenes; mientras que en los suelos medanosos cobran altura tupes, olivillos, alpatacos, etc. El área geográfica chaco serrana ocupa solo algunas quebradas orientales de la parte central de las sierras de Valle Fértil y de La Huerta. La vegetación xerófila también predomina en esta zona, pero en forma de bosque que presenta interrupciones de estepas de gramíneas duras.
El bosque de quebracho colorado es el más representativo del lugar, aunque también es importante la presencia de algarrobo, chañar, molle de beber, ancoche y bandera española. Entre los cactus sobresale por su tamaño el cardón, considerado como un cactus arborescente. Sus jugosos tallos son muy apetecidos por los herbívoros, a pesar de la protección que le brinda su gruesa capa externa y cubierta de agudas espinas. Aves y reptiles han desarrollado sorprendentes habilidades para llegar a su rica pulpa sin lastimarse. En el chaco árido, que incluye la parte más oriental de Valle Fértil hasta alcanzar algunas porciones de los bolsones, travesías y depresiones, la formación vegetal que lo caracteriza es el bosque achaparrado y xerófilo, con ejemplares de algarrobo y el quebracho blanco. Entre los arbustos crecen la marsana, abrojo y el guayacán, la lata, chaguar, cardón y la chiga.
El chaguar es una planta que no desarrolla hojas y realiza el proceso de fotosíntesis a través de sus tallos verdes. La fotosíntesis es el proceso que realizan los vegetales con clorofila por el cual transforman la energía lumínica en energía química; es decir generan sustancia orgánica a partir de la materia inorgánica que toman del ambiente y luego liberan oxígeno al medio. Además de su bella flor roja, el chaguar proporciona una fibra muy resistente que los pueblos originarios aprovechaban para realizar diversos tejidos.