Con la fundación de Santa Fe y luego la de Buenos Aires, fue decreciendo la importancia de Asunción como matriz de poblamiento. Nueve ciudades habían surgido de aquel centro que fue "paraíso de Mahoma" para los conquistadores, desde los llanos de Guapay hasta el Río de la Plata. Buenos Aires, por su posición estratégica a la entrada natural del país, fue en lo sucesivo el foco de la vida colonial rioplatense.
Algunos de sus gobernantes ni siquiera pusieron los pies en Asunción. La ciudad matriz pasó a una condición muy secundaria y aislada desde entonces.
Finalmente, en vista de la gran extensión territorial de la gobernación, se decidió dividirla para su mejor administración.
El aislamiento de los conquistadores con respecto a sus vínculos con España, era uno de los tantos inconvenientes de la colonización.
Una carta para Buenos Aires escrita en Madrid iba generalmente, hasta fines del siglo XVIII, por La Habana, desde allí a Panamá, de Panamá a Lima; desde Lima llegaba a destino por el Cuzco y Potosí o por Santiago de Chile. De ese modo se tardaba un año y medio o dos en recibir la respuesta. Para aliviar esas demoras se creó en 1764, en el reinado de Carlos III, el correo marítimo como empresa del Estado; partía de La Coruña y llegaba a La Habana y a Montevideo, pero las contingencias de la política pusieron nuevas trabas a ese servicio, que hacia fines del siglo XVIII pasó a depender de la real armada y quedó interrumpido y fue suspendido al invadir a España los ejércitos napoleónicos.