En 1630 se produjo un alzamiento de los indios calchaquíes contra los malos tratos y los abusos de que eran objeto; asaltaron poblados españoles y mataron encomenderos.
El gobernador Felipe de Albornoz, a cargo del Tucumán desde 1627, mandó azotar y cortar el cabello a una delegación de caciques que se presentó a cumplimentarlo; el cacique Chelemin, padre de uno de los indios maltratados y ultrajados, sublevó a los calchaquíes. Albornoz procedió al castigo de los rebeldes y fundó un fuerte en el Valle Calchaquí, pero al retirarse fue arrasado enteramente por los indios; los aborígenes de Yocavil mataron al capitán y a 18 soldados del fuerte a quienes encontraron fuera del mismo. Volvió el gobernador a organizar otra expedición contra el alzamiento, pero éste se había propagado a otras regiones calchaquíes y a varias zonas de indios diaguitas, convirtiéndose en un movimiento general de los indios del noroeste. Murieron muchos españoles, con mujeres e hijos; fueron incendiadas estancias; se robó el ganado. Los españoles vencían en unos lugares y eran diezmados en otros.
Acudieron en ayuda del gobernador Albornoz refuerzos enviados por Charcas, Buenos Aires y el reino de Chile; la lucha con todo duró cinco años; en 1635 fue posible aplastar los últimos reductos rebeldes.
A la rebelión de los calchaquíes se sumaron los indios tonocotés, mansos, pues comprendieron que era preferible morir luchando por sus derechos a vivir sometidos y humillados y a perecer sin gloria en trabajos extenuantes.
Después de la campaña de sometimiento y de exterminio, pasaron unos años en relativa paz. El gobernador Albornoz fue acusado en el juicio de residencia de haber sacado una partida de mil mulas de Córdoba con destino a las provincias del Alto Perú para su exclusivo provecho; de haber nombrado tenientes generales a parientes suyos; de entregar a parientes y amigos encomiendas de indios sin autorización, etcétera.