A pedido del presidente del congreso se intento un arreglo con Buenos Aires para que se integre al Congreso para lo cual se decreto un armisticio con la provincia rebelde y se formo una comisión pero tambien se le dieron atribuciones a Urquiza para el uso de la fuerza.
El presidente del Congreso, en una exposición frondosa y elocuente, propuso que se designara una comisión parlamentaria para invitar al gobierno de Buenos Aires a que enviase sus diputados, y que fuese dotada de poderes como para salvar dificultades que pudiesen surgir. Exclamó enfáticamente:
"Pido en alta voz la paz con Buenos Aires; pido en alta voz la asociación con Buenos Aires; pido, en consecuencia, que se adopten hasta agotarse todos los medios pacíficos y dignos de la majestad del Congreso para obtener tamaños bienes".
Peña , Ferre y Zuviria fueron los integrantes enviados por el congreso a negociar la reincorporación de los delegados porteños, que finalmente no se produjo.
Pero el director provisional se había dirigido también al Congreso para informarle de los sucesos de Buenos Aires y de Entre Ríos.
El Congreso, después de debatir ampliamente el asunto, le autorizó para que "empleando todas las medidas que su prudencia y acendrado patriotismo le sugieran, haga cesar la guerra civil en la provincia de Buenos Aires, y obtenga el libre asentimiento de ésta al pacto nacional del 31 de mayo de 1852" (o sea el acuerdo de San Nicolás).
Obtenía de ese modo Urquiza facultades discrecionales para someter a los rebeldes, pero usó de ellas con mesura, aunque esta vez tenía tras sí el país, a través de los diputados de trece provincias que estaban consagrados a la tarea de realizar la unión nacional.
Urquiza reprimió su impulso personal y buscó la conciliación por el razonamiento y no por las armas y designó una comisión con amplios poderes para buscar la incorporación de la provincia rebelde.
Por la Confederación fueron designados Luis José de la Peña, Facundo Zuviría y Pedro Ferré; por el gobierno de Buenos Aires fueron nombrados Lorenzo Torres, ministro de gobierno, José María Paz, Dalmacio Vélez Sarsfield y Nicolás Anchorena.
Fue pactado un armisticio a comienzos de marzo de 1853 y las reuniones de los comisionados fueron amistosas y llegaron el 9 de marzo a la firma de un convenio ad referendum sobre estas bases:
Buenos Aires abonaría los gastos de las fuerzas sitiadoras; habría paz y olvido para todos, sin cargos ni persecuciones para nadie, conservando su grado todos los jefes y oficiales. La legislatura cesaría en sus funciones y se haría nueva elección, procediendo entonces a la designación del gobernador propietario; Buenos Aires concurriría al Congreso constituyente designando sus diputados conforme a sus propias leyes, en cuanto al número; el director provisional conservaría el carácter de encargado de las relaciones exteriores, sin contraer nuevos compromisos que comprometieran a la provincia sin acuerdo de su gobierno; el director devolvería los buques de guerra pertenecientes a la provincia y esta los pondría nuevamente a su disposición si lo requerían los servicios públicos; Buenos Aires reservaba el derecho de examinar y aceptar la Constitución, lo mismo que las demás provincias, gobernándose mientras tanto de acuerdo con sus instituciones locales.
La legislatura bonaerense aprobó esas bases, pero el general Urquiza las rechazó porque no podía aceptar la modificación del pacto de San Nicolás, cuyo reconocimiento le recomendaba el Congreso.
A raíz de ese rechazo, uno de los miembros de la comisión negociadora, Luis José de la Peña, ministro de relaciones exteriores, renunció a su cargo y se retiró a la vida privada.
En el curso de los debates en torno a diversas cuestiones se destacaron Juan María Gutiérrez, José B. Gorostiaga, Juan Francisco Seguí, Martín Zapata, Salustiano Zavalía, Delfín B. Huergo, José Benjamín Lavaysse, entre los liberales, lo mismo que Facundo Zuviría, Manuel Leiva, fray José Manuel Pérez, Pedro Zenteno, entre los que podrían calificarse en el sector conservador.
Salvador María del Carril llegó tarde, habló poco en el salón de sesiones, pero fue un factor resolutivo en los trabajos de las comisiones y en la redacción de los acuerdos. Pedro Ferré, veterano de la lucha contra Rosas desde el campo federal, guardó silencio en los debates, pero fue consultado a menudo a pesar de su carácter severo y dominante.