El coronel Lagos tenía prestigio entre sus tropas y sus subordinados, no sólo por su pasado militar y sus proezas, sino por su posición política.
Hilario Lagos Fue enemigo del pronunciamiento del 11 de setiembre, había sido nombrado por el general Pinto jefe del departamento Sur de la campaña; interpretando que de ese modo se le quería incorporar al movimiento contra Urquiza, fue al despacho del gobernador, declinó el cargo y condenó el movimiento.
En consecuencia, fue desterrado con otros compañeros, pero la mediación del general Flores y de Irineo Portela le permitió regresar a Buenos Aires a fines de octubre.
Flores lo nombró comandante del departamento del Centro, la campaña no vio con simpatía la política porteña y Lagos se convirtió en intérprete y en símbolo de esa resistencia.
Cuando el general Paz quiso privarle de tropas y caballadas, ordenándole que las hiciese llegar a San Nicolás, donde él se encontraba, Lagos, con los regimientos de su mando penetró el 10 de diciembre de 1852 en la villa de Luján, donde se reunieron los vecinos de los alrededores.
Lagos los exhortó a tomar las armas para librar a Buenos Aires del gobernador Alsina y vincularse con las provincias hermanas y evitar la guerra de represalias que harían las probables invasiones del litoral. En respuesta a una nota conminatoria de Paz, respondió: "Me he puesto a la cabeza de las masas para echar abajo al doctor Alsina y pedir la paz y la unión con el resto de nuestras hermanas las provincias".
El coronel Lagos tenía prestigio entre sus tropas y sus subordinados, no sólo por su pasado militar y sus proezas, sino por su posición política.Hilario Lagos tenía en su haber hazañas de valor personal, como el combate cuerpo a cuerpo con el cacique Pitriolony en la isla de Choele-Choel en 1833; en Quebracho Herrad rompió el cuadro de la infantería unitaria que mandaba e coronel Pedro José Díaz, rindió a éste y le tendió la mano en señal de garantía para la vida; en Famaillá aceptó el reto del general Pedernera.
A Urquiza, a quien comunicó la noticia del movimiento iniciado, le decía:
"La Provincia de Buenos Aires está dispuesta a no empuñar las armas sino para defenderse de cualquiera agresión contra su soberanía y sus derechos: ella no espera tal agresión de las provincias hermanas y está pronta a entrar con ellas en una organización común".
Simultáneamente pedía al gobernador de Santa Fe, Domingo Crespo, que suspendiese toda hostilidad contra Buenos Aires y evitase todo derramamiento de sangre:
"Debo advertirle que al paso que toda la provincia desea la paz y la organización nacional, está firmemente resuelta a defender sus prerrogativas, su independencia e integridad como provincia de la Confederación. No hay quien le niegue esto, luego no hay ya motivo para pelear. La provincia concurrirá al Congreso nacional con sus diputados como las demás".
Se dirigió igualmente al gobernador Alsina y condenó las invasiones a Entre Ríos y la preparación de la invasión a Santa Fe, diciéndole que toda la provincia reprobaba esa política de guerra; que él sostenía con las armas el voto de la provincia de afianzar la paz y de concurrir a la organización nacional, apelando a su patriotismo para que renunciase al gobierno.
"El movimiento que he encabezado tiene por objeto hacer de todos los porteños un solo pueblo, y de todos los argentinos una sola nación. El banquete de la patria quedará abierto para todos; ni usted ni nadie quedará excluido de concurrir a él, cada uno en el puesto que corresponda a su mérito y a sus virtudes".
Tras un segundo intento de tomar la ciudad, el 6 de diciembre, Lagos puso oficialmente sitio a la ciudad. Ese mismo día, el gobernador Alsina presentó su renuncia, y fue reemplazado por el general Pinto. Varios dirigentes que habían colaborado en la caída de Alsina, como Lorenzo Torres, reconocieron la autoridad de Pinto y colaboraron en la defensa de la ciudad. El mismo Torres asumió el ministerio de gobierno a fines de diciembre.
Para apoyar sus demandas, marchó con su división y los regimientos de los coroneles González y Díaz sobre la capital, con la aprobación de las poblaciones del trayecto.
El 6 de diciembre, después de haber acampado en Palermo, penetró en la ciudad, ocupó el parque de artillería, tomó algunos cañones, armamento y municiones y regresó a su campamento. Fue ante ese peligro y esa amenaza cuando se movió el coronel Mitre y organizó a toda prisa la resistencia y la defensa de la ciudad.
Hilario Lagos tenía en su haber hazañas de valor personal, como el combate cuerpo a cuerpo con el cacique Pitriolony en la isla de Choele-Choel en 1833; en Quebracho Herrad rompió el cuadro de la infantería unitaria que mandaba e coronel Pedro José Díaz, rindió a éste y le tendió la mano en señal de garantía para la vida; en Famaillá aceptó el reto del general Pedernera.
Alsina resignó el mando supremo de la provincia siendo designado interinamente en su lugar el general Pinto.
Las fuerzas de la ciudad estaban bajo el mando de Ángel Pacheco, y eran unos 3.000 hombres; se organizó la defensa, formando cantones, abriendo fosos en las calles. La capital quedó sitiada por los gauchos de Lagos. Se produjeron combates en los que se puso de manifiesto la organización militar superior de los sitiados; un intento de arreglo el 23 de diciembre fracasó.
La capital contaba con numerosos barcos armados, grandes y pequeños, con los que aseguraba su salida al río de la Plata, pero la Confederación anuló poco a poco ese dominio, apresó los barcos porteños y estableció el sitio por agua. Los éxitos locales de los sitiados no decidían nada, pues la campaña bonaerense estaba casi completamente en favor de Lagos.
Pedro Rosas y Belgrano a fines de noviembre de ese año de 1852 estaba en Buenos Aires cuando estalló la rebelión de Lagos, que pronto dominó gran parte del interior de la provincia y puso sitio a la ciudad de Buenos Aires. En la capital se supo que había grupos en el sur de la provincia que aún seguían obedeciendo al gobierno porteño, pero no tenían cohesión ni podían establecer contacto con la capital. Por eso el gobernador Manuel Pinto envió a Rosas con unos pocos acompañantes al puerto del Tuyú. Apenas desembarcado, convocó a los indígenas para que cumplieran sus compromisos de un año antes, forzando bastante el sentido que debía habérsele dado. La noticia de la expedición de Rosas y Belgrano levantó los ánimos de los porteños, mientras que los federales se dedicaron a tratar de detenerlo antes de que reuniera demasiada gente a sus espaldas. Rosas reunió los grupos dispersos y marchó hasta Dolores, donde logró reunir unos 4500 hombres, entre ellos algo más de 1000 aborígenes. Pronto regresó hasta la costa del río Salado, a esperar una prometida expedición naval con armas y municiones, por lo que se instaló cerca de la desembocadura de este río. Pero los refuerzos y armas no llegaron nunca: los barcos en que debían ser transportados encallaron y naufragaron, y nadie avisó a Rosas y los suyos.
Hubo un intento de acción militar en favor de la ciudad sitiada en la zona de Azul y Tandil, encabezado por Pedro Rosas y Belgrano, que reunió unos 2.000 hombres, comprendidos 500 indios; tuvo un éxito inicial en el encuentro de Laguna de Lastra con fuerzas del coronel Juan Francisco Olmos, el 14 de enero de 1853, pero en el rincón de San Gregorio, en la boca del Salado, unos días después, Rosas y Belgrano fue alcanzado por el general Gregorio Paz, al frente de 2.500 hombres, y el desenlace fue una victoria aniquiladora de los sitiadores de la capital; Rosas y Belgrano cayó prisionero.
Buenos Aires quedó sitiada por tierra y por agua, pero no quiso ceder y en cambio aumentó su poder ofensivo; dispuso de unos .8.000 hombres para la defensa con 70 cañones, y el general José María Paz, el organizador de la defensa de Montevideo en 1842, entró en acción con su probada capacidad, como ministro de guerra, el 20 de marzo de 1853.
Fracasó una tentativa de conciliación y Urquiza se trasladó con fuerzas de su mando hasta San José de Flores, reforzando así el sitio de Lagos, que se subordinó al director provisional.
Por mediación de los ministros de Estados Unidos y de Inglaterra, se convino en que las tropas sitiadoras se someterían al gobierno de la plaza y serían desarmadas y Urquiza se retiraría de la provincia con sus divisiones por el río Paraná, en barcos extranjeros, operación que se cumplió el 24 de julio.
Lagos también abandonó el campo de su acción. Fue entonces cuando Urquiza decretó la libre navegación de los ríos interiores.
Bartolomé Mitre es herido en los potreros de Langdon, hoy parque Lezama durante el sitio de Buenos Aires
El levantamiento del sitio de Buenos Aires no fue sin embargo la paz ni la concordia; trece provincias pusieron en vigor la Constitución de Santa Fe y Buenos Aires mantuvo su segregación. Después del fracaso del sitio escribió Urquiza:
"Perdida la escuadra nacional, los mismos objetivos podrían haberse conseguido; pero de cierto, comprendí que para obtenerlos era preciso resolverse a sostener una guerra civil, tenaz y perseverante, de aquellas que valen una sentencia de muerte para los pueblos, o para una generación de sus habitantes. Debí desistir. .."
Frente a Martín García, en un combate entre la escuadra de la Confederación, al mando de John Halsead Coe, en cuyos buques se hallaban como capitanes los hermanos Cordero y Augusto Laserre, y cinco naves porteñas al mando del coronel Floriano Zurowsky, resultó derrotada la escuadrilla porteña, con la pérdida de dos barcos. Esa victoria dio a las naves de la Confederación el dominio del río de la Plata y las salidas de las tropas porteñas no daban ninguna decisión. En una de esas acciones, el 2 de junio, el coronel Mitre llegó a los potreros de Langdon, hoy avenida Montes de Oca, con dos batallones y tres escuadrones, y fue herido en la frente de un balazo que pudo ser mortal.
El almirante inglés John Halsted Coe, comandante de las naves d, guerra de la Confederación que vendió la escuadra a los porteños por 5.000 onzas de oro
En esa situación crítica, se produjo un acontecimiento decisivo como resultado de una nueva táctica de los sitiados: la de la compra de jefes adversarios para que se pasasen a sus filas con los elementos a sus órdenes; se ofrecieron fuertes sumas de dinero a los jefes del sitio terrestre, pero con muy escasos resultados; en cambio el jefe de la escuadra confederal, John Halstead Coe, vendió sus barcos a los porteños por 5.000 onzas de oro y otras cantidades menores a jefes extranjeros que le acompañaban; el 20 de junio Coe comunicó al gobierno sitiado que quedaba a sus órdenes.
Así quedó en manos de Buenos Aires nuevamente la comunicación por agua. El sitio por tierra, después del ejemplo del capitán Coe, también se debilitó; algunos jefes de tropas terrestres pasaron a los sitiados, como el coronel Laureano J. Díaz con más de 900 hombres. Y en los primeros días de julio, el general José María Flores desembarcó en Baradero procedente de Uruguay y se puso a reunir fuerzas para defenderse contra Urquiza; algunas fuerzas confederales se le reunieron y Lagos se encontró así comprometido, con un enemigo bien armado y conducido en la plaza sitiada, con defecciones en las filas de los sitiadores y la amenaza de Flores en el norte.