La revolución no logró su cometido original, que era deponer al Partido Autonomista Nacional, proclamar a Alem como presidente provisional y llamar a elecciones, si fue un gran triunfo político para la Unión Cívica, ya que el presidente Miguel Juárez Celman se vio obligado a renunciar y en su lugar asumió el vicepresidente Carlos Pellegrini, mucho más moderado que el primero, además dio el puntapié inicial del declive del poder político del PAN, un proceso que de aquí en adelanta irá creciendo cada vez más.
Entre los que no se sintieron satisfechos con el rumbo político que tomó Pellegrini y el renacimiento de la influencia de Roca, partícipe en el origen de los males subvenidos, se destacaba Alem, retraído, que incubaba las lecciones de la revolución de julio. Ya el 12 de agosto escribe al presidente de la Unión Cívica de Mendoza, Agustín García:
"Aun cuando se haya derribado un presidente, la máquina opresora y corruptora del oficialismo ha quedado armada en las provincias y es la energía del pueblo la que debe desmontarla ahora pieza por pieza" y el mismo día, en una manifestación de sus adictos para solemnizar el triunfo dijo:
"Es necesario no olvidar que la parte principal de la acción corresponde al pueblo ... La revo-lución iba a estallar otra vez, iniciándose más grandiosa de lo que acaba de ser, pero la resolución del presidente la ha desarmado". luego añadió: "La obra de la Unión Cívica debe ser continuada con la misma actividad y energía del presente, porque el rayo de luz espiritual que el Creador ha impreso sobre nuestras frentes como nación nos impone sagrados y altos deberes en el concierto humano, siendo ésta nuestra tradición gloriosa; y si nuestros padres han contribuido con sus esfuerzos a la conquista del derecho y de la libertad en una gran parte del continente sudamericano, nosotros tenemos el derecho y el deber de enseriar y difundir ese derecho, perfeccionándonos de día en día, constituyendo una fuerza de enseñanza y de fe inspiradora para todos los pueblos, porque nuestra vida política debe ser un certamen de honor y de competencia; y cuando nos hayamos organizado bajo esos severos preceptos morales y hayamos ocupado el puesto que nos está señalado en la marcha del mundo, recién entonces podremos experimentar la dulce y retempladora melancolía que produce la conciencia del deber cumplido en su más alto concepto".
En las elecciones legislativas del 15 de marzo de 1891, Alem es electo senador nacional junto a Aristóbulo del Valle.
Se dijo que si Carlos Pellegrini se proponía elevar el nivel de las clases desvalidas, Alem tendía a disminuir el de las clases privilegiadas; el uno quería nivelar al pueblo por lo alto, el otro por lo bajo. En uno de sus discursos, Pellegrini aludió a algunos dirigentes de la Unión Cívica, que tenían cuentas turbias en los bancos; entonces Alem recogió la alusión, suscitándose una polémica personal en la que defiende su conducta y rebate acusaciones, y una respuesta despiadada de Pellegrini que no tuvo réplica, pero si en cambio un reto a duelo, que los padrinos y un tribunal de honor evitaron; el tribunal de honor fue integrado por José Evaristo Uriburu, Bartolomé Mitre, Julio A. Roca, Bernardo de Irigoyen y Leonardo Pereyra.
Carlos Pellegrini no había olvidado que el día en que se hizo cargo de la presidencia, Alem mandó enlutar los balcones de la sede de la Unión Cívica.
Leandro N. Alem se convirtió en el profeta y en el caudillo de un movimiento político-social regenerador y luchó desde entonces por impregnar con su mística al pueblo.