Pellegrini designó entre sus ministros a hombres de reconocida reputación pública, provenientes de los centros partidarios más importantes del momento, tales fueron los casos del Partido Autonomista Nacional que dirigía Roca, de los cívicos dirigidos por Mitre, e inclusive un cierto núcleo de la Unión Cívica. El expresidente Julio Argentino Roca fue nombrado Ministro del Interior, era la persona más influyente en el gabinete, y logró evitar el triunfo de la revolución de Alem.
Se vio en Pellegrini un intérprete de las aspiraciones generales; su nombre fue vitoreado y aplaudido y llegó a creerse que su sola presencia bastaba para curar los gravísimos males del momento y para cicatrizar los del pasado. El gobierno en aquellas circunstancias era una pesada carga.
El propio Pellegrini habría dicho mientras lo vitoreaban en las calles de Buenos Aires: "Lo único que debo desear es que el edificio no se me venga encima mientras lo esté apuntalando; que si no, los entusiastas de hoy no encontrarán en él cascotes bastantes con que lapidarme".
Tuvo que arengar varias veces a la muchedumbre desde los balcones de su despacho y anunciar que haría de la honradez y del patriotismo las bases de su gobierno. Realmente ascendió a la primera magistratura en un clima de confianza y de adhesión que prometía un apoyo consistente.
Antes de asumir el cargo reunió en su domicilio a un grupo de banqueros y de hombres de fortuna, a los que explicó la situación crítica por que atravesaba el país y sobre la necesidad de disponer de ocho a diez millones de pesos para pagar en Londres el 15 de agosto el servicio de la deuda externa y la garantía de los ferrocarriles. Pidió un empréstito interno y sin publicidad; los asistentes a la reunión lo suscribieron en el acto por una suma apreciablemente mayor.
Con ese apoyo asumió la presidencia el 7 de agosto en medio de manifestaciones entusiastas de banqueros, bolsistas y de masas populares. Después de cuatro presidentes provincianos, aparecía uno porteño.
Al inaugurar las sesiones extraordinarias del Congreso el 17 de diciembre de 1890, recordó Pellegrini:
"Las circunstancias excepcionales en que asumí el mando de la República, traído por una solución constitucional operada en el seno del partido dominante y que reconoció como causa inmediata un movimiento revolucionario que había sacudido al país entero, imponían el deber de seguir una política inspirada por este doble origen, tratando de que las nuevas tendencias buscaran su desenvolvimiento pacífico en toda la nación, sin anarquía ni violencia y respetando la legalidad existente".
La asunción de Carlos Pellegrini provocó una gran algarabía en la ciudad, con la sola excepción de los partidarios de Alem había gente en la recientemente inaugurada Plaza de Mayo y hasta en los techos de la casa rosada , este era el primer presidente porteño desde Mitre y ademas el primer hijo de inmigrantes en acceder a tal cargo