Luis Sáenz Peña no decretó por sí solo ninguna intervención en las provincias, en el curso de su breve y agitado período de gobierno; siempre fue el Congreso el que decidió al respecto y el poder ejecutivo no hizo sino cumplir las leyes sancionadas.
En casi todas ellas, en las de Buenos Aires, Santa Fe, Corrientes, San Luis y Catamarca, donde los gobiernos fueron derribados por revueltas populares, siendo ministro del interior Manuel Quintana, las autoridades depuestas no fueron repuestas, sino que se organizaron los poderes públicos, haciendo elegir nuevas autoridades en esas provincias y empleando la influencia oficial para evitar el triunfo de los revolucionarios y de los derrocados.
Tres días antes del cambio presidencial se había hecho cargo de la gobernación de Santiago del Estero el doctor Absalón Rojas y una revuelta puso fin a su gestión y a la de los legisladores.
Asumió el gobierno una junta integrada por los cívicos García y Taboada y por Gelasio Lagar y Jenaro Martínez, que simpatizaban con los modernistas, los rebeldes estaban encabezados por Manuel Gorostiaga, dirigente de la oposición. Rojas y el vicegobernador fueron detenidos y obligados a dimitir; sus renuncias fueron admitidas por los legisladores, conducidos por la fuerza a la legislatura; los que resistieron fueron dejados salir del recinto previa renuncia. Pero Rojas había comunicado telegráficamente al presidente Sáenz Peña la situación de violencia, declarando nulo cualquier acto a que se le obligase. Los antecedentes fueron pasados al Congreso, que aprobó la intervención; Eduardo Costa fue comisionado para cumplirla y el jefe de las tropas fue el general Amaro L. Arias.
El interventor se instaló en Santiago el 29 de octubre, puso en libertad a Rojas y demás detenidos. El recinto de la legislatura fue clausurado por haberse reunido sin autorización del comisionado federal. Costa denunció los antecedentes de la provincia; Absalón Rojas había obtenido en 1886 la gobernación y su pariente Máximo Ruiz una banca en el Senado nacional; en 1889 Ruiz y Rojas permutaron los cargos, y en 1892, nuevamente Rojas en el gobierno de la provincia, era posible que Ruiz volviese al Senado y ese, paso del gobierno de mano en mano, recordaba los tiempos pasados de la tiranía, en los que Juan Felipe Ibarrá legó el poder a Rosas en 1848 por una cláusula de su testamento. Fueron convocados los comicios de diputados el 25 de diciembre y resultaron muy concurridos; la lucha se entabló entre la facción revolucionaria, Unión provincial, y los autono-mistas nacionales que seguían a Rojas. Triunfó la Unión provincial en todos los departamentos y en la capital. El 31 del mismo mes se instaló la legislatura y al día siguiente, el 19 de enero de 1893, el comisionado federal entregó el mando al nuevo mandatario, Gelasio Lagar.
Ese resultado motivó la dimisión de Manuel Quintana. El diploma senatorial de Rojas, elegido por la legislatura santiagueria en sesión fuera del recinto oficial, fue aprobado por 14 votos contra 4, el 23 de mayo.
Absalón Rojas fue electo elegido gobernador en 1892,y asumió el 7 de octubre, acompañado como vice por Pedro Barraza, pero no alcanzó a hacer ninguna obra de utilidad, ya que una revolución estallada el 19 de octubre lo derrocó, al precio de varios muertos y heridos. Fue suplantado por una Junta de Gobierno presidida por Pedro García. Todos los miembros del gobierno, incluido el gobernador Taboada, fueron arrestados y obligados a firmar sus renuncias. Rojas envió un telegrama solicitando la intervención federal de la provincia, pero los sediciosos controlaron el telégrafo y evitaron que el gobierno nacional reaccionara con rapidez. No obstante, apenas supo de la revolución, y pocos días después de asumir su cargo el presidente Luis Sáenz Peña, el Congreso Nacional sancionó la intervención federal. Los revolucionarios fueron derrotados en dos combates en la capital, y los pueblos del interior se negaron a reconocer al gobierno revolucionario. No obstante, Rojas no fue repuesto en su cargo, y el interventor Eduardo Costa llamó a nuevas elecciones.
La de Corrientes no fue propiamente una intervención, sino mis bien una mediación. Gobernaba aquella provincia Antonio I. Ruiz, miembro del partido autonomista, con el apoyo de una fracción liberal. Ese conglomerado se disgregó al asumir Sáenz Peña la presidencia: una fracción fiel al roquismo y la otra inclinada al modernismo. La situación hizo crisis con el levantamiento de todo el sur de la provincia acaudillado por el senador nacional Juan Esteban Martínez; el gobierno se mantuvo firme y puso las milicias bajo la dirección de otro representante del Senado, Juan Ramón Vidal. Las fracciones en disidencia sumaban millares de hombres y se disponían a culminar la disputa con la decisión de las armas. El poder ejecutivo nacional despachó como mediadores a Marco Avellaneda y al general J. Ignacio Garmendia. Pero en telegrama al senador Martínez advertía Sáenz Peña: "Si la voz de la razón y de la prudencia no bastasen al lleno de sus sanos y elevados propósitos, debe declarar y declara que está dispuesto a ejercer en toda su amplitud las grandes atribuciones que la Constitución le confiere para el sostenimiento del orden en todo el territorio de la República, y que pondrá en acción los elementos a su alcance en tal sentido".
Avellaneda y Garmendia reunieron en Empedrado el S de enero a los jefes beligerantes y a los dos días de negociaciones, se llegó al fracaso. Sáenz Peña cumplió entonces su amenaza y ordenó a Marco Avellaneda, como comisario nacional, que desarmase a ambos bandos. Al presentarse con tal investidura, Avellaneda logró el desarme y tanto los gubernistas como los revolucionarios disolvieron los núcleos armados y las autoridades quedaron en pie.
Bermejo, descontento con la solución dada en Corrientes, anunció que no podía aceptar la cartera del interior; Wenceslao Escalante, miembro del partido autonomista nacional, asumió el cargo.
Las demás intervenciones fueron determinadas directa o indirectamente por la revolución radical de agosto de 1893.
La intervención a Corrientes, resuelta el 24 de agosto, fue confiada a Leopoldo Basavilbaso, con amplios poderes para la renovación de las autoridades; convocadas las elecciones, resultó triunfante el candidato a gobernador Valentín Virasoro, que asumió el mando el 25 de diciembre de 1893.
Valentín Virasoro formó parte del proyecto de Aristóbulo del Valle, ministro de Luis Sáenz Peña, para someter a la égida del Partido Autonomista Nacional las provincias gobernadas por la oposición; ocupó durante algún tiempo el Ministerio de Relaciones Exteriores. En 1893 la situación provincial se encarnizó, con el conflicto entre los partidarios del autonomismo y los liberales mitristas, y aprovechando la insurrección fomentada por la Unión Cívica Radical en varias provincias.
El 10 de agosto se decidió por el Congreso la intervención a la provincia de Buenos Aires, donde el movimiento radical se había extendido y triunfado. Fue designado interventor Eduardo Olivera, que renunció a los pocos días y fue reemplazado por Lucio V. López, el cual cumplió hasta el fin su cometido, reorganizó todos los poderes e hizo entrega del mando a Guillermo Udaondo, triunfante en los comicios el 19 de mayo de 1894. José Nicolás Matienzo evocó así ese periodo: "Las elecciones de La Plata se efectuaban entonces en el atrio de la iglesia de San Ponciano, agrupándose allí una docena de mesas, a razón de una por cada quinientos sufragantes inscriptos. El partido que se hallaba en minoría promovía discusiones maliciosas que entorpecían la elección, pues, como se votaba por turno, no podía entrar en el atrio un nuevo grupo de votantes hasta que hubieran salido los enviados para todas las mesas en el turno anterior. En vista de esta situación y aproximándose las elecciones nacionales, fuimos encargados por el partido radical para procurar una subdivisión del comicio, dos vecinos de La Plata que éramos amigos personales del interventor. Expusimos el caso al doctor López y él nos contestó: «Comprendo que los radicales tienen razón, pero si yo se la diera, el ministro del interior no me lo perdonaría jamás». El resultado fue que más de mil ciudadanos estuvimos todo el día de la elección esperando turno para votar y no lo conseguimos, lo que también nos pasó pocas semanas después en las elecciones de miembros de la legislatura y electores de gobernador".
Aristóbulo del Valle organizó con Hipólito Yrigoyen la Revolución de 1893 en la que, debido a su cargo de Ministro de Guerra, le tocó desempeñar un papel crucial. El plan de Aristóbulo del Valle era, ante el levantamiento en armas de la Unión Cívica Radical, decretar la intervención de la provincia de Buenos Aires para garantizar elecciones libres, condiciones en las que era por demás conocido que triunfaría la UCR. El plan falló debido a la resistencia del Congreso a aprobar la intervención. Mariano Demaría fue ministro de Hacienda del presidente Luis Sáenz Peña, y se contó en el grupo de hombres que rodearon a Aristóbulo del Valle, quien lo nombro también en su efímero gobierno. Del Valle ejerció una notable influencia sobre la personalidad de Mariano Demaría, y le dispenso una gran estima.
La intervención federal a la provincia de Buenos Aires tuvo antecedentes y derivaciones que importa reseñar. Cuando el poder ejecutivo envió al Congreso el pedido hecho por Guillermo Doll, encargado del gobierno en la provincia, se pensó en el candidato para cumplir la misión en el caso de que la intervención fuese resuelta por las Cámaras, y ese candidato era Carlos Tejedor, que se mostró dispuesto a aceptar el cargo. Carlos Pellegrini sirvió en ese caso de mediador y el presidente Sáenz Peña se mostró decidido en favor de su designación. El jefe del gabinete, Aristóbulo del Valle, que había sostenido en el Senado calurosamente la idea de la intervención, hallándose en La Plata hizo saber su disconformidad con la medida a tomar, y cuando las Cámaras resolvieron intervenir la provincia en armas, pidió para sí mismo el nombramiento de interventor, a lo cual se opuso el presidente, y no "porque no tuviese confianza en los procederes que su entonces ministro de la guerra utilizaría como interventor de la provincia de Buenos Aires". La negativa presidencial a acceder al pedido de del Valle, condujo a la renuncia de éste y de los ministros Mariano Demaría y Enrique S. Quintana, es decir, a la dimisión del gabinete en pleno y a la formación del nuevo gobierno encabezado por Manuel Quintana.
Lindor Quiroga fue electo nuevamente gobernador por segunda vez en la provincia de San Luis y asumio el gobierno el 8 de enero de 1893 , durante este segundo gobierno presenció el enfrentamiento casi continuo entre los cívicos y los autonomistas; cambió repetidamente su gabinete de ministros y sus colaboradores, de modo que alcanzó solamente a administrar una crisis política casi continua. Organizó un Consejo Provincial de Higiene, se erigió un Panteón para los restos del coronel Pringles, cuyo monumento en la plaza central de la capital provincial inauguró, ubicando a este militar como máximo prócer de la provincia. La inestabilidad política llegó a su máximo en un conflicto con el Superior Tribunal de Justicia. Quiroga pretendió saldarlo destituyendo por decreto a todos sus miembros, lo que llevó a una intervención federal de la provincia el 6 de noviembre de 1896, poco antes del finalizar su mandato como gobernador.
El 19 de agosto fue sancionada por el Congreso la intervención a las provincias de Santa Fe y San Luis, dos provincias en las que habían sido derrocadas las autoridades por la revolución radical. Fue designado interventor para la primera el doctor Baldomero Llerena y jefe militar el general Francisco B. Bosch, y para la segunda el doctor Daniel J. Donovan y jefe militar el general Lorenzo Winter. Llerena y Donovan renunciaron pronto y entonces Sáenz Peña designó para Santa Fe al doctor José V. Zapata y para San Luis al general José Miguel Arredondo. Convocadas las elecciones en Santa Fe para el 11 de febrero de 1894, resultó electo gobernador Luciano Leiva, que había sido ministro de Cafferata; se hizo cargo del gobierno el 18 del mismo mes. En San Luis fue elegido gobernador Lindor L. Quiroga.
La intervención a Catamarca, sancionada el 11 de agosto para organizar los poderes legislativo y judicial solamente, fue confiada al doctor Francisco L. García. El interventor aseguró la libertad electoral y la pureza del escrutinio, y el partido radical tuvo un diputado más que el partido contrario. Cuando el ministro Quintana conoció el resultado, ordenó rehacer el escrutinio en una de las mesas del departamento de Andalgalá y el resultado fue que en lugar de un diputado más, el partido radical tuvo un diputado menos. El interventor renunció inmediatamente y en su lugar fue designado Joaquín Granel, que instaló el 28 de enero la legislatura y el 15 del mes siguiente dio por cumplida su misión.
La última intervención durante el gobierno de Sáenz Peña fue la de Tucumán, confiada a Domingo T. Pérez, senador nacional por Jujuy, con instrucciones para proceder a la formación de un nuevo colegio electoral para designar gobernador; resultó electo Benjamín F. Aráoz en comicios de los que desertaron los liberales y se hizo cargo del mando el 20 de febrero de 1894.
Benjamín Aráoz tras la revolución de 1893, fue candidato a gobernador por el partido El Provincial y, pese a las divisiones políticas de la época, fue elegido por el Colegio Electoral por unanimidad, jurando en el Cabildo el 20 de febrero de 1894. Con motivo del centenario del nacimiento del general tucumano Gregorio Aráoz de Lamadrid, el gobernador resolvió editar sus Memorias y traer sus restos a la provincia. El 28 de noviembre de 1895, finalizados los desfiles, discursos y la celebración religiosa, y cuando previo al almuerzo en el cabildo iba a iniciar su discurso, se desplomó muerto ante la consternación general tenia 39 años en ese momento