La pausa en la lucha contra el nuevo gobierno duró poco los radicales habían quedado muy mal por las tretas hechas por Pellegrini el año anterior y Luis Sáenz Peña lo sabía.
En su mensaje de mayo de 1893 al Congreso, el presidente hacía esta descripción del estado de cosas:
"A pesar de terminada la lucha electoral y a pesar de las reiteradas indicaciones solicitando el concurso de todos los partidos para la nueva administración, se ha conservado una agrupación política en actitud de protesta contra todo el orden constitucional existente, desconociendo públicamente la legalidad de las autoridades constituidas. Esa agrupación ha hecho declaraciones públicas en ese sentido y ha estado iniciando trabajos subversivos, produciendo una intranquilidad constante con sus amenazas reiteradas, y el gobierno, guiado por un alto espíritu de tolerancia, ha estado soportando estas inquietudes, esperando que su proceder recto y honrado desarme esas malas pasiones y descansando con la seguridad de que si, desgraciadamente, se pretendiese perturbar el orden público, los elementos sociales y conservadores de la república y la acción propia del gobierno son suficientes para hacer respetar las autoridades que la Nación se ha dado".
Naturalmente, se refería a la Unión Cívica Radical y a Leandro N. Alem, que mantenían una permanente hostilidad contra el gobierno nacional, por eso en una modificación del gabinete principios de Julio incluyo algunos radicales en el gobierno como forma de conciliación con la gente de Alem .
El 8 de julio de 1893 ingresaron en el gobierno representantes de la oposición, aunque no hayan sido designados directamente por la Unión Cívica Radical. Lucio V. López se hizo cargo del ministerio del interior; Valentín Virasoro, de relaciones exteriores; Mariano Demaría, de hacienda; Enrique S. Quintana, de justicia e instrucción pública; Aristóbulo del Valle, de guerra y marina.
Varios revolucionarios del 90 ocuparon altos cargos: el contraalmirante Solier en la jefatura del estado mayor de la armada, el comandante Montaña en la jefatura de policía; pero Alem rehusó el apoyo de su partido, que se le había solicitado.
La personalidad de Aristóbulo del Valle asumió de hecho la dirección de los asuntos políticos de la Nación, sin renunciar a los específicos de la cartera a su cargo.
Aristóbulo del Valle fue convocado a desempeñar el Ministerio de Guerra con funciones extraordinarias cercanas a un Primer Ministro, con el fin de dar sustento a un gobierno débil. En esas circunstancias Aristóbulo del Valle organizó con Hipólito Yrigoyen la Revolución de 1893 en la que, debido a su cargo de Ministro de Guerra, le tocó desempeñar un papel crucial. El plan de Aristóbulo del Valle era, ante el levantamiento en armas de la Unión Cívica Radical, decretar la intervención de la provincia de Buenos Aires para garantizar elecciones libres, condiciones en las que era por demás conocido que triunfaría la UCR. El plan falló debido a la resistencia del Congreso a aprobar la intervención. Aristóbulo del Valle pudo entonces, debido a su posición en el gobierno, dar un golpe de estado y definir favorablemente el curso de la revolución, como le pedía Leandro Alem. Pero sus fuertes convicciones legales lo llevaron a rechazar esa opción, aún a costa de un nuevo fracaso de la revolución.