La situación política se volvía cada día más inestable, ante la evidente incapacidad del presidente; Sáenz Peña cambió varias veces todo su gabinete de ministros, buscando infructuosamente evitar las críticas periodísticas. La situación se propagó a las provincias interiores, en varias de las cuales los gobiernos fueron derrocados, con lo que la inestabilidad se acrecentó. Sáenz Peña, cada vez más desorientado, probó todas las alianzas posibles, y finalmente —ante la inminencia de una revolución radical— nombró Ministro del Interior a Aristóbulo del Valle. Éste lo convenció de desarmar las Guardias Nacionales, con el fin aparente de evitar nuevas revoluciones, pero pocos días más tarde estalló la revolución radical.
Desarmados los gobiernos de provincia, los revolucionarios —dirigidos por Hipólito Yrigoyen— lograron derrocar a varios de ellos, incluidos los de Buenos Aires y Santa Fe. Las indecisiones de Del Valle y los desacuerdos entre Alem y su sobrino Yrigoyen hicieron fracasar el movimiento, al ser vencidas sus tropas por el Ejército nacional. Pero la UCR había estado a punto de triunfar y había mostrado una capacidad de organización política inusual. Poco después moría repentinamente Del Valle, y seis meses más tarde se suicidaba Alem; la UCR pasó a estar controlada totalmente por Yrigoyen.
Al año siguiente, la UCR intentó participar en las elecciones; obtuvo el triunfo en la Provincia de Buenos Aires, aunque la alianza de roquistas y mitristas llevó al gobierno provincial a Guillermo Udaondo. En el interior, el gobierno triunfaba en todos lados gracias a un escandaloso fraude y la violencia sobre los radicales. Vencidos en las urnas, y sin perspectiva alguna de triunfar en elecciones amañadas por Roca y su círculo, los radicales se encerraron en una abstención electoral absoluta
Hipólito Yrigoyen, jefe revolucionario en 1893. Participó activamente en la Revolución de 1890 y en la de 1893. En esta última organizó, condujo y financió un ejército radical de 8.000 hombres. Fue uno de los fundadores, siguiendo a su tío y a Aristóbulo del Valle, tanto de la Unión Cívica como de la Unión Cívica Radical que serán dirigidas por Leandro Alem. A pesar del afecto que sentía por su tío, desconfiaba de sus condiciones para el liderazgo, lo que lo llevó a enfrentarse políticamente y a organizar la Unión Cívica Radical de la provincia de Buenos Aires como un partido político autónomo.
Lisandro de la Torre dirigio en Rosario el movimiento revolucionario de 1893, el y sus hombres armados con bombas y fusiles aportados por oficiales radicales de Zárate, tomaron la Jefatura de Policía y lograron que la ciudad cayera en manos de los rebeldes. La rebelión se extendió a Santa Fe, donde el lugarteniente de De la Torre, Mariano Candioti, al frente de unos 300 hombres tomó los principales edificios del gobierno provincial expulsando a tiros a los roquistas y asumiendo el 30 de julio de 1893 como gobernador de la provincia