Se firmó en mayo de 1893 un protocolo adicional y aclaratorio del tratado de límites de 1881. Tenía por objeto zanjar las dificultades con que tropezaban los peritos para el desempeño de su cometido. El conflicto adquirió mayor gravedad en la presidencia de Uriburu, y tan sólo quedaron resueltas las dificultades en la segunda presidencia de Roca.
El viejo pleito de límites con Chile tuvo alternativas reflejadas en la exposición del presidente.
Sáenz Peña en mayo de 1893 al Congreso:
"Creo de mi deber informaros que, tratándose de este asunto de trascendencia internacional, juzgué conveniente, antes de enviar al nuevo ministro a Chile, reunir un consejo de distinguidos ciudadanos, de los que han dirigido la política exterior del país, para imponerles el estado de este asunto y oir sus opiniones, antes de expedir las instrucciones correspondientes a nuestro ministro, y dentro de esas opiniones inspiradas todas en la mayor cordialidad de la República de Chile y la conveniencia recíproca de allanar las dificultades para la demarcación de límites, se expidieron las instrucciones res-pectivas. Nuestro plenipotenciario en Chile comunicó con fecha 14 de marzo un proyecto de acuerdo entre los peritos argentinos y chilenos, con intervención de sus respectivos ministros, y después de tomado en consideración por el P. E. creímos que la importancia del asunto y el deseo de proceder con el mayor acierto nos indicaban la oportunidad de oir nuevamente las opiniones autorizadas de los ya mencionados ciudadanos, y fueron todas favorables a los términos del arreglo, con alguna modificación. Ha continuado la negociación cambiándose diversas propuestas para evitar dificultades ulteriores, creyendo el gobierno argentino de su deber hacer constar que ha encontrado en el gabinete de la República de Chile las mejores disposiciones correspondidas por nuestro gobierno, proponiéndose mutuamente soluciones diversas, hasta que felizmente hemos llegado al término final de la negociación del modo más satisfactorio para ambas repúblicas, y el acuerdo que se ha celebrado será sometido a la brevedad posible a la aprobación del Congreso".