El 25 de febrero de 1830 se libró la batalla de Oncativo o Laguna Larga, donde Paz derrotó nuevamente a Quiroga; éste había situado sus fuerzas en un bosquecillo dentro de un círculo formado por cien carretas. Paz logró desbandar la caballería del riojano y su infantería se rindió a los unitarios.
Luego de la derrota de Oncativo Juan Facundo Quiroga huyó durante la noche rumbo a Buenos Aires. Entre los prisioneros que fueron capturados figuraba José Félix Aldao, «el fraile Aldao», quien fue conducido a Córdoba y paseado en un burro como escarnio.
Quiroga fue recibido por Rosas en Buenos Aires, en marzo de 1830, con todos los honores. Se instaló en una casa con su familia, y colocó a sus hijos en los mejores colegios. Dice Iriarte en sus Memorias que se «paseaba por las calles a altas horas de la noche solo y desarmado, con una chaqueta y un poncho que le cubría las espaldas. Su mirada era torva, feroz y penetrante. Era un hombre singular: tenía rasgos en que se descubría el germen de un gran genio, pero el del mal».
Quiroga había acumulado una inmensa fortuna que derrochaba a manos llenas en su pasión dominante, el juego de naipes o el de billar. En el Café de Bari (Catalanes) o en el aristocrático Café de la Victoria, el público se aglomeraba para verlo jugar a los naipes con el coronel Olazábal, a quien le ganó muchos miles de pesos en esas reuniones. Se dedicó a especulaciones de bolsa y de cambio, y frecuentaba los escritorios de corredores y cambistas con este objeto. Había comprado títulos de los fondos públicos y esto había inspirado confianza en su opositores. Él mismo, en carta dirigida a Rosas en el mes de enero del año 1832, expresa su concepción política: «...yo no soy federal, soy unitario por convencimiento, pero sí con la diferencia de que mi opinión es muy humilde y que yo respeto demasiado la de los pueblos constantemente pronunciada por el sistema de gobierno federal...».
La llegada de Quiroga a la capital porteña coincidió con la de otro importante protagonista de la política de la época, el enviado por Corrientes, Pedro Ferré, para organizar la unión del litoral contra la amenaza del general Paz.
En abril de 1830, las negociaciones entre Rosas y Ferré culminaron al resolverse el envío de diputados por parte de las provincias interesadas —Buenos Aires, Santa Fe y Corrientes— para la firma de un tratado definitivo. También se enviaron a Córdoba emisarios para explicar la formación y el sentido de la alianza. Paz desconfió de estas tentativas y sus intentos de negociar con López y Ferré fracasaron por la influencia que Rosas ejerció sobre López.