En 1986 realizó en ese municipio el primer acto oficial de apoyo la firma del acuerdo con Chile sobre el canal de Beagle.
En 1987 Duhalde fue electo Diputado de la Nación y nominado luego por sus pares vicepresidente primero de la Cámara de Diputados. Como consecuencia de ejercer ese cargo no integró comisiones, salvo la de Drogadicción, que no existía hasta ese momento y cuya creación votó la Cámara a propuesta de Duhalde.
También por el hecho de ser vicepresidente de la Cámara de Diputados, Duhalde no firmó proyectos durante su mandato parlamentario, pero aquí hubo también una excepción: propuso la creación por ley del Consejo para la Moralización de las Actividades Estatales con el propósito de erradicar toda forma de corrupción.
Este proyecto de ley no llegó a ser sancionado por el Parlamento pero su autor pudo canalizar posteriormente esa iniciativa -cuando ya ejercía la Vicepresidencia de la Nación- mediante la creación de la Comisión para la Recuperación Etica de la Sociedad y el Estado, cuyas conclusiones fueron formuladas en Diciembre de 1990.
En 1989 triunfó la fórmula Menem-Duhalde en los comicios internos del justicialismo
-primeros que se realizaron con el voto directo de los afiliados a nivel presidencial- y luego se registró la victoria de aquella fórmula en la elección nacional, respaldada por el voto de la gran mayoría de los argentinos.
Desde la Vicepresidencia de la Nación impulsó la creación de la Secretaría de Programación y Coordinación para la Prevención de la Drogadicción y Lucha contra el Narcotráfico, organismo destinado a implementar las propuestas y las políticas que Duhalde venía sustentando desde hacía muchos años.
Triunfante en los comicios internos y en la elección general, Duhalde asumió la gobernación de Buenos Aires el 11 de Diciembre de 1991. "Seré el gobernador de todos los bonaerenses y no de una fracción, de un partido o de un frente. Como la recuperación de la Provincia no puede ser tarea de un sector, para mi queda suprimida desde hoy la vieja y equívoca antinomia oficialismo-oposición. La gran empresa de los bonaerenses debe ser la obra común del pueblo", dijo en su mensaje de asunción.
Durante su gestión impulsó el trabajo y la producción, creando las condiciones para que la provincia batiera records en materia de inversiones productivas y emprendió el mas vasto plan de obras públicas que tengan memoria los bonaerenses, cubriendo en muchos casos necesidades insatisfechas desde hacía medio siglo.
El gobernador Duhalde fue reelecto por decisión directa de sus comprovincianos. La Convención Constituyente de 1994 dispuso que el pueblo bonaerense se pronunciara por si o por no respecto de la habilitación de la candidatura para la reelección.
El 2 de Octubre de 1994 se realizó la consulta popular, que arrojó un amplio triunfo del sí: el 61,5 por ciento del electorado habilitó la reelección, consagrada luego en los comicios del 14 de mayo de 1995, donde triunfó la fórmula Duhalde- Romá con el 56,7 por ciento de los votos. Esa fórmula había sido previamente proclamada por el justicialismo, en forma unánime, sin lucha interna pues no hubo oponentes.
El 11 de Diciembre de ese año inició su nuevo mandato
Se presento en las elecciones presidencialesde 1999 junto con la fórmula Duhalde-Ortega, resultando vencido por la fórmula De LaRua, Alvarez, debido a la caida del gobierno de De La Rua fue propuesto por la asamblea legislativa el 2 de enero del 2002 para que finalize el gobierno en 2003.
Actualmente, Eduardo Duhalde encabeza el Movimiento Productivo Argentino, entidad de la que es miembro fundador junto con distintos referentes políticos y del sector productivo, entre ellos Raul Alfonsín, Guillermo Alchourón, Juan De Anchorena, Mario Llambias, Carlos Brown y Eduardo Buzzi.
En Junio de 2008, ante la creciente fragilidad institucional del gobierno de Cristina Kirchner, la figura de Eduardo Duhalde emergió en forma indirecta en los medios de comunicación como un referente del sector peronista no kirchnerista. No obstante, las manifiestas diferencias políticas del Dr. Duhalde con el matrimonio Kirchner, él desmintió publicamente dicho posicionamiento. La persistencia de los medios de comunicación en citar su nombre como un líder anti-kirchnerista ocasionó una dura reacción del piquetero, aliado de Néstor Kirchner, Luis D´Elía quién el 17 de Junio de 2008 lo sindicó como el cabecilla de una conspiración contra el gobierno de Cristina Kirchner; en la misma línea conspirativa, el piquetero nombró al Grupo Clarín y a los cuatro dirigentes ruralistas que encabezaron el paro agropecuario: Luciano Miguens, Eduardo Buzzi, Mario Llambías y Fernando Gioino. Esta aseveración de Luis D´Elia fue enérgicamente desmentida por el propio ex-presidente Kirchner.
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