Los Triunviros debían ejercer sus funciones de acuerdo a los reglamentos que habría de dictar la Junta que tomó el nombre de conservadora; los miembros del ejecutivo serían responsables de sus actos ante la Junta conservadora y era fácil prever que esa supeditación llevaba el germen del conflicto entre la Junta y los triunviros.
La Junta fue forzada a renunciar la noche del 22 de setiembre después de una aglomeración de gentes en la plaza, apoyadas por Ortiz de Ocampo, jefe militar de la ciudad.
Se hallaban Saavedra y Molina en Salta cuando llego la noticia del cambio de gobierno; los dos comisionados trataron de explicar la necesidad del mismo, desvaneciendo el cisma que se insinuaba.
Saavedra fue relevado de sus funciones de presidente de la Junta y su actitud fue de completa adhesión y subordinación; renunció al sueldo de que disfrutaba como presidente en mérito a las necesidades apremiantes de la patria.
En circular de la Junta, redactada por Funes, a los cabildos y juntas provinciales, se informa sobre el cambio de gobierno y se habla también de la necesidad del secreto, de la unidad y de la energía necesarias para salvar la patria de los peligros que la amenazaban, sosteniendo que una triste experiencia había mostrado que no es posible dar al gobierno ese carácter sin disminuir el número de gobernantes.
El 26 de agosto de 1811 Cornelio Saavedra partió de Buenos Aires para hacerse cargo del Ejército del Norte, esta acción fortaleció al ala morenistas de la junta, que convencieron al cabildo porteño de que se debía organizar un ejecutivo fuerte. Por eso formaron un nuevo gobierno de tres miembros llamado Trinunvirato, en la segunda semana del mes de octubre de 1811, estando en Salta a donde habían llegado el 30 de septiembre, Saavedra y el diputado Manuel F. Molina se enteraron que en Buenos Aires se había constituido un triunvirato ejecutivo en reemplazo de la Junta Grande cuyo presidente era Saavedra.
Desde el punto de vista político parece que se hubiera seguido en cierto modo la trayectoria de España; primero la Junta central de 35 miembros, luego su reducción al Consejo de regencia de 5 y finalmente de 3, es decir un triunvirato.
El Triunvirato es una respuesta al 5-6 de abril; pero surgió del voto restringido y representa social y económica a un sector, la llamada parte principal y más sana, contra el suburbio, las quintas y la campaña, siendo además, una reacción de la capital contra las provincias y sus juntas y cabildos provinciales y una reacción de los porteños contra los gobernantes forasteros; los triunviros y los secretarios, Bernardino Rivadavia y Vicente López y Planes, eran porteños, menos José Julián Pérez, que era de Tarja.
La institución del Triunvirato fue bien recibida, pero comenzó su distanciamiento de los sectores que lo habían propiciado cuando quiso llevar la máscara fernandina y monárquica a un extremo que chocaba con los sentimientos bien definidos ya de independencia; en política exterior fue casi una rectificación de los ideales de Mayo.
El 14 de octubre se mando celebrar una misa en conmemoración del aniversario del nacimiento de Fernando VII; el 20 del mismo mes se concertó el tratado de paz con Francisco Xavier de Ello, en el que no sólo se le da el tratamiento de virrey, sino que las partes contratantes afirman solemnemente que "no reconocen ni reconocerán jamás otro soberano que al señor don Fernando VII y sus legítimos sucesores y descendientes", y Buenos Aires se obliga a remitir a España socorros pecuniarios para ayudarle en la guerra y a enviar representantes a las Cortes peninsulares para explicar las causas que obligaron a suspender el nombramiento de diputados hasta la reunión del congreso general. El desastre de Huaqui y la situación de inseguridad en que se encontraba Buenos Aires movió al Triunvirato a ceder y a retroceder.
Fue también el mismo ejecutivo el que desaprobó y censuró a Belgrano en 1812, cuando enarboló la bandera azul y blanca en las barrancas de Rosario como emblema de las fuerzas patriotas, ordenándole usar la bandera realista que flameaba en la Fortaleza.
Eran hechos que no podían menos de disgustar a los patriotas morenistas, que pronto se vieron compelidos a extremar la resistencia y la conspiración.