Habiendo sido relegada la asamblea extraordinaria que se había anunciado, fue obligado el gobierno a encarar la reunión de la ordinaria, cuya convocatoria exigía la Logia por intermedio de sus voceros públicos.
El gobierno consultó al Cabildo, en vista de las dificultades que se presentaban, sobre la conveniencia de suspender la asamblea ordinaria, pero el Cabildo respondió que era de necesidad absoluta cumplir con lo dispuesto en el Estatuto y calmar la desconfianza y la inquietud reinantes en el pueblo. Se hizo la convocatoria, pues, para el 6 de octubre y se indicó al Cabildo para que procediera a la elección de diputados por la capital y para examinar los poderes de los representantes de las provincias.
Monteagudo, diputado por Mendoza, fue inhabilitado por el gobierno y pasó oficio al Cabildo para que nombrase un suplente; Monteagudo iba a pesar con su elocuencia arrolladora en la asamblea y denunciaría seguramente procedimientos y expondría criterios que el poder ejecutivo consideraba de antemano peligrosos. El Cabildo, sorprendido por la exigencia, pidió explicaciones; se quiso difamar al tribuno marcando su personalidad como invalidada por una corriente de sangre africana. La acusación dio motivo a un violento altercado epistolar entre Monteagudo y Pueyrredón, siendo señalado éste como causante de su separación de la asamblea.
En 1812 fundó el periódico Mártir o Libre, en donde acentuaba la necesidad de una inmediata proclamación de la independencia. Intentaría reflotar la Sociedad Patriótica, y con los que habían sido sus miembros se unió a la Logia Lautaro, fundada por José de San Martín y Carlos María de Alvear. Apoyó la revolución de octubre de 1812, que depuso al Primer Triunvirato y colocó en su lugar al Segundo Triunvirato, dominado por la logia.
Fueron calificados los poderes en acuerdo el 19 de octubre: a Monteagudo y Juan Luis de Aguirre, diputado por Córdoba, se les declaró impedidos.
Se reconoció la ausencia de los representantes por Corrientes, La Rioja y Tucumán y se aprobaron los poderes de Laprida, por San Juan; Ángel Mariano Ella, por Concepción, Gualeguay y Gualeguaychú; Victorio García de Zaiga, por la Banda Oriental; José Alberto Calcena y Echeverría, por Santiago del Estero; Alejo Castex, por Catamarca; Agustín Donado, por San Luis, en sustitución de Rodríguez Peña; fray José Mariano Arteaga y Francisco Belgrano, por Salta; Pedro Vidal, por Jujuy; Julián Leyva, que se excusó de actuar por razones de salud, por Córdoba. Por la capital resultaron electos: José Miguel Díaz Vélez, Pedro Medrano, Vicente Anastasio Echeverría y Manuel Obligado. Para representar a los pueblos de las provincias, fueron electos: Diego E. Zavaleta, por Tucumán; Ramón Brizuela, por La Rioja; José Antonio Villanueva, por Mendoza; Juan Andrés Aguirre y Dámaso Xigena, por Córdoba, y Francisco Acosta, por Corrientes.
La asamblea se reunió casi silenciosamente, sin saber a qué atenerse, insegura; el gobierno había extremado la intervención en su composición, como en la del mes de abril. Fue elegido Pedro Medrano para sustituir a Sarratea como vocal del Triunvirato; la renuncia de Chiclana fue aceptada y se nombró a Manuel Obligado para completar su período. Chorroarín y Gervasio A. Posadas suplieron a ambos diputados por Buenos Aires.