Al poco tiempo Vicente López renunció a su condición de secretario y lo mismo hizo José Julián Pérez, pretextando este último razones de salud, entonces Bernardino Rivadavia obtuvo un poder preponderante en el triunvirato desde el puesto de secretario
Rivadavia no tardó en convertirse en el alma del Triunvirato, que hubo de someterse a su laboriosidad y a su visión de las tareas del gobierno. Además, la enemistad temperamental de Chiclana y Paso lo convirtió en un eje de equilibrio en el seno del gobierno. Desde su puesto de secretario multiplicó los proyectos y echó las bases de toda una serie de realizaciones constructivas.
En el orden institucional y cultural continuó en verdad la obra de mayo y de Moreno; suprimió la Audiencia, institución virreinal, y la reemplazó por la Cámara de apelaciones; dictó normas para garantizar la libertad individual e hizo un llamado a la inmigración extranjera; por iniciativa suya se mandó escribir la historia filosófica de la revolución encargando de ella a Perdriel, obra que luego realizó el deán Funes; quiso inaugurar la Biblioteca Pública fundada por Moreno con toda pompa; prohibió la introducción de esclavos y estableció una junta protectora de la libertad de imprenta; concibió asimismo un centro de estudios para formar químicos, naturalistas, geómetras, militares, políticos, etc.; la crisis política y la penuria del erario no permitieron la materialización de ese proyecto.
Entre la Junta conservadora y el Triunvirato no podía mantenerse largo tiempo la armonía y pronto hubo conflicto abierto; el Cabildo de Buenos Aires y la Junta consultiva del pueblo se pusieron de parte del poder ejecutivo y se pronunciaron contra el Reglamento del 22 de octubre que había elaborado la Junta conservadora, en ausencia de los diputados de Buenos Aires. Propiamente en esa emergencia la junta popular se redujo a simple caja de resonancia o instrumento del Cabildo y del Triunvirato.
La Junta Grande lo tachó de «españolista» y lo deportó a Guardia del Salto. En 1811, después del golpe institucional que expulsó a los diputados del interior de las Provincias Unidas del Río de la Plata se instauró el Primer Triunvirato, de orientación centralista dirigido desde Buenos Aires. Rivadavia fue designado su secretario de Guerra iniciándose así en la vida pública. Adquirió preponderancia en las decisiones que se tomaron durante la represión con ajusticiamientos durante el desarrollo del Motín de las Trenzas, el fusilamiento de Martín de Álzaga y el Tratado Herrera-Rademaker.
Rivadavia hizo rechazar el Reglamento de la Junta conservadora, que supeditaba el Triunvirato a la misma, y presentó a su vez el 22 de septiembre un Estatuto provisional del Gobierno Superior de las. Provincias Unidas del Río de la Plata, a nombre de Fernando VII, compuesto por siete artículos, centralista y absorbente, siguiendo la línea de toda su vida. El Estatuto establecía por primera vez la amovilidad de los miembros del Triunvirato; como complemento del Estatuto se dio el decreto de la seguridad individual, y éste y el decreto de la libertad de imprenta dado con anterioridad se consideraron parte integrante del Estatuto.
La seguridad individual expresa la inviolabilidad de las personas, de su domicilio y de sus bienes, aunque en la práctica fue raramente respetada; su vulneración se hizo consuetudinaria.
El carácter autoritario de Rivadavia se manifestaba en cada uno de sus pasos y no toleraba la divergencia. Córdoba estuvo lenta, al parecer, en el reconocimiento del Triunvirato y sobre todo hizo algunos reparos al Estatuto dictado sin la intervención de su diputado. Calculando que el deán Funes podría estar complicado en esa actitud, decretó su cesantía.
El 6 de diciembre se produjo la sublevación del regimiento de patricios conocida como rebelión de las trenzas, por haberse ordenado que los soldados de ese cuerpo se cortasen las trenzas que usaban; las medidas represivas de Rivadavia fueron tales que los patricios tuvieron que rendirse y someterse y algunos de los promotores del movimiento fueron ejecutados. En ausencia de Saavedra había sido designado Belgrano coronel del regimiento e Ignacio Perdriel sargento mayor en el regimiento número 1.
La rebelión costó más de cincuenta muertos y heridos; Rondeau, llegado de Montevideo, recibió orden de reducir a los rebeldes. Fueron pasados por las armas once sargentos, cabos y soldados; hubo penas de prisión en Martín García; fueron disueltas dos compañías de granaderos y una de artillería; el regimiento cambió de número y uniforme; en lo sucesivo todos los regimientos debían ser considerados de patricios y ninguno de los cuerpos tendría una denominación particular.
Pretextando que los diputados de las provincias habían tenido algo que ver en la rebelión de los patricios para restablecerlos en el gobierno, decretó la salida de los diputados a sus puntos de origen el 16 de diciembre, dándoles un plazo para ello de 24 horas. El deán Funes fue detenido y procesado, proceso que se retardó desproporcionadamente.
Uno de los argumentos era la reunión del congreso:
"Sobre este principio y en el concepto de que, no pudiendo celebrarse el congreso hasta que las provincias unidas hayan recobrado su libertad con el auxilio de nuestras armas, es no sólo inútil, sino muy gravosa a los pueblos la existencia de sus diputados en esta capital" (circular a los diputados, 16 de diciembre de 1811 ) .
Alberto Palcos considera a Rivadavia como el ejecutor del pensamiento del Triunvitato Mayo.
"Desaparecido Moreno, su insigne primer ejecutor y el que señala rumbos duraderos a la flamante nacionalidad, Rivadavia toma en sus manos el estandarte de Mayo; se transforma en su lúcida conciencia. Desde el poder lo lleva más lejos de donde llegara antes. Concreta orgánicamente su pensamiento director en una bien coordinada serie de creaciones institucionales, capaces de plasmar la mentalidad y de consolidar los hábitos de la nueva era".
Entre las medidas del Triunvirato se cuentan: