Las provincias acataron el Triunvirato, nueva forma de gobierno, en razón de los momentos críticos porque atravesaba el país, pero hicieron objeciones al procedimiento y a su constitución sin representación de las provincias; los salteños propusieron que dos de los triunviros fuesen reemplazados por los diputados de Córdoba y Salta. Pero Rivadavia no quiso admitir reparos a lo hecho y tomó medidas para eliminar toda oposición y todo pedido de reformas.
Luego del desastre Huaqui Juan Martín de Pueyrredón, había sido designado general en jefe del ejército para que tratase de reorganizarlo en Salta, hizo en sus comunicados al Triunvirato y a Chiclana observaciones que reflejan un estado de ánimo propio del ambiente en que le tocaba actuar en aquellos momentos:
"Nuestros pueblos —decía— no están en estado de admitir principios de liberalidad en sus gobiernos sin grave riesgo de su seguridad. Es preciso que teman si han de obedecer, han nacido bajo un amo tirano y una libertad repentina y absoluta causará sin duda su prostitución". . .
Mostraba su decepción ante las exigencias y el comportamiento de las juntas provinciales, que entorpecían la acción necesaria y desmoralizaban la autoridad. Hacía partícipe al gobierno del triste estado de las tropas, escasas, sin armamento, sin disciplina; hacía falta un nuevo molde de organización.
Las tropas desmoralizadas del norte gestaron una conspiración, que Pueyrredón tuvo que reprimir aplicando la pena capital a siete individuos.
Se hizo una investigación sobre las causas del desastre de Huaqui, y Pueyrredón, desde Jujuy, el 18 de noviembre, explica la desgracia militar por haber admitido a un, grupo de oficiales sin honor, "inútiles y viciosos, que al paso que son una carga ruinosa al Estado, deshonran su divisa y hacen odiosa su presencia en los pueblos y destruyen mortalmente el crédito de la más justa de las obras por lo delicado o tosco de los instrumentos que las labran". . . Promete separar del ejército a los que no merezcan ocupar un puesto en él; y creó una academia militar, persuadido de la imposibilidad de tener buenos soldados sin instruir . a los cabos y sargentos.
Sus observaciones críticas muestran el estado de descomposición en que se encontraban las tropas y las exageraciones del espíritu localista, que justificaban en cierto modo la idea de un gobierno fuerte, inflexible, de rigor.
El Triunvirato, que conocía la actitud reticente del Cabildo y de la Junta provincial de Salta, autorizó a Pueyrredón a introducir las reformar institucionales que creyese convenientes, pero Pueyrredón respondió que estos cambios o esas reformas "no deben salir de un campamento militar, pues sería proporcionar un remedio de peores consecuencias que el mal".
Rivadavia no vaciló y suprimió en nombre del Triunvirato las juntas provinciales.
Córdoba había hecho objeciones al procedimiento para establecer el Triunvirato, pero acordó sú acatamiento; únicamente pidió que se le permitiera no prestar juramento a un Estatuto que se había dictado sin consultar su voto. Además se interesó por la liberación de su diputado Gregorio Funes, cuyo arresto había dispuesto Rivadavia.
El Triunvirato amonestó al Cabildo y a la Junta de Córdoba por haber retardado el envío de noticias sobre su actitud ante el nuevo poder ejecutivo. Sin embargo procedieron con corrección y el deán Funes fue sincero cuando dijo a las autoridades del Triunvirato: "Nadie más obsecuente que yo a las autoridades constituidas". Pero en lo relativo al juramento del Estatuto rivadaviano, que concentraba todo el poder en el Triunvirato, asesorado por una asamblea compuesta por el Cabildo de la capital, no Podía hacerlo sin reservas; para cumplir ese requisito, el Cabildo cordobés quería conocer la opinión del pueblo de su jurisdicción. Pero si el gobierno reiteraba la orden, obedecería inmediatamente.
Córdoba reclamaba humildemente el derecho de las provincias a ser oídas; sostenía en ocasión- del Estatuto la misma posición de Gorriti en representación de Jujuy; la Junta provisional mantuvo la misma actitud del Cabildo.
El claustro de la universidad de Córdoba destacó una comisión para pedir al gobierno la libertad del deán Funes; la componían Bernardino Millán y dos alumnos; Rivadavia ordenó que la comisión regresase de inmediato a Córdoba por "no ser regular pierdan el tiempo que deben emplear en la carrera de sus estudios".
Con la afirmación del principio de autoridad, Rivadavia sembraba la semilla de la hostilidad de las Provincias, por un lado, y la oposición de los que entendí la obra revolucionaria de otro modo y con otras directivas.
El Cabildo señaló en un documento sus quejas: "querer dirigirlo todo, el empeñarse en saber y mandarlo todo, es un manantial de desórdenes no menos funesto que el omitirlo y despreciarlo todo".