Una reunión convocada para el 24 de setiembre del mismo año, a fin de proclamar candidatos a gobernador de la provincia, fue suspendida por haber estallado la revolución. El 17 de diciembre las tropas leales vencedoras, con Adolfo Alsina y Luis María Campos al frente, desfilaron desde Palermo a la barranca de Retiro. Tuvo luego el mando del primer batallón del regimiento número 2 de guardias nacionales de la capital, del cual fue relevado por haber manifestado en actos públicos opiniones contrarias a la política conciliatoria del gobierno de Avellaneda. Pero entretanto se había graduado de abogado en enero de 1875 con una tesis sobre La condición jurídica del expósito, y se dedicó a su profesión en el bufete de su padre, sin abandonar su vocación política.
Militaba en el partido autonomista, con Pellegrini, Leandro N. Alem, Aristóbulo del Valle, Miguel Cané, Lucio Vicente López y otros; combatiente en la prensa, en El Nacional, y en los atrios electorales; en 1876 fue electo diputado a la legislatura de Buenos Aires, afiliado a la fracción que sostenía la candidatura de Aristóbulo del Valle; en 1877 fue designado presidente de la Cámara de diputados, mientras su padre presidía el Senado. Renunció al año siguiente a sus funciones y se alejó un tiempo de la vida parlamentaria a raíz de una votación que entrañaba una desautorización. Dijo en la renuncia. "El reglamento me prohíbe protestar en este recinto contra las decisiones de la mayoría. Pero si me está vedado protestar de tales actos, me será permitido repudiar toda solidaridad con el poder público que los sanciona".
Roque Saenz Peña peleo en la batalla de La Verde contra Bartolmé Mitre durante la Revolución de 1874 defendió a las autoridades de la nación como Capitán del Regimiento N° 2, bajo el mando de Luis María Campos, una vez vencida la revolución, fue ascendido a Segundo Comandante de Guardias Nacionales, pero solicitó ser relevado de las filas. Opositor a Bartolomé Mitre, militó en el Partido Autonomista encabezado por Adolfo Alsina y en 1876 fue elegido para una banca de Diputado en la Legislatura de la Provincia de Buenos Aires. Llegó a desempeñar la presidencia del cuerpo a los 26 años, siendo así uno de los presidentes más jóvenes de la Cámara. En 1877 fundó el Partido Republicano, junto a Leandro Alem, Aristóbulo del Valle, Hipólito Yrigoyen, Lucio Vicente López, Pedro Goyena, José Manuel Estrada y Francisco Uriburu.
Entre Chile, Perú y Bolivia se produjo la guerra en 1879 y Sáenz Peña ofreció sus sevicios al Perú, para defender su concepción de la justicia y del derecho. Al llegar a Lima definió en un acto público la razón de su adhesión:
"Yo no he venido, señores, envuelto en la capa del aventurero, preguntando dónde hay un ejército para brindarle mi espada; no exalta mi entusiasmo la seducción de una aventura, ni agita mi alma la sed de sangre y anarquía. No; yo he dejado mi patria para batirme a la sombra de la bandera peruana, cediendo a ideas más altas y a convicciones más profundas de mi espíritu; no a las imposiciones espontáneas del sentimiento americano. Dadme un puesto en las filas de vuestro ejército, sea cualquiera, soldado raso si lo pensáis así"...
El gobierno peruano lo incorporó a su ejército con el grado de teniente coronel, que era el que ostentaba en su país desde 1875.
Destinado al ejército del sur, asistió a las batallas de San Francisco y Tarapacá, y fue uno de los defensores de Arica, donde cayó herido y fue hecho prisionero al lado de Bolognesi. Manuel I. Espinosa eleva el parte de la acción del morro de Arica por la muerte del coronel Francisco Bolognesi y el capitán de navío Juan G. Moore. Decía en él:
"En estas circunstancias ... se vieron subir por la falda del morro dos batallones nuestros que venían desde las baterías del norte, los cuales, fatigados por la larga marcha que hacían al trote y por la pendiente de la subida y flanqueados por los fuegos enemigos, no pudieron llegar oportunamente a la cima del cerro, a pesar del empeño que ponían, instados por sus valientes jefes que hacían esfuerzos inauditos para conseguirlo, logrando sólo hacer subir cada uno de ellos medio batallón; mandados, el de Iquique por el teniente coronel Roque Sáenz Peña, y el de Tarapacá por el teniente coronel Ramón Zavala, en esta situación llegamos a la batería, el coronel don Francisco Bolognesi, coronel Alfonso Ugarte, teniente coronel don Roque Sáenz Peña, que venía herido, el sargento mayor don Armando Blondel y otros que no recuerdo ... A la vez que tenían lugar estos acontecimientos, las tropas enemigas disparaban sus armas sobre nosotros y encontrándonos reunidos los señores coronel Bolognesi, capitán de navío Moore, teniente coronel Sáenz Peña, teniente coronel Latorre, el que suscribe y algunos oficiales, vi-nieron aquéllos sobre nosotros y a pesar de haberse suspendido los fuegos por nuestra parte, nos hicieron descargas, de las cuales resultaron muertos el señor comandante general, coronel Francisco Bolognesi, y comandante de esta batería, capitán de navío Juan G. Moore, habiendo salvado los demás por la presencia de oficiales que nos hicieron prisioneros".
La herida le había interesado a Sáenz Peña el húmero, desgarrando el músculo del brazo derecho. Uno de los pocos sobrevivientes de la defensa del morro de Arica, como jefe del batallón Iquique, tuvo que asumir el comando a la muerte del jefe de la octava división al terminar la jornada sangrienta.
Miguel Cané, en misión en el Pacífico, escribe el 21 de diciembre de 1879 desde Iquique: "Los últimos días pasados en Chile fueron de angustia para mí, porque ignoraba la suerte de Sáenz Perla después del combate de Tarapacá. Hoy, tranquilo un tanto a ese respecto, ando rondando en las costas del Pacífico, buscando los medios de visitar a Arica, plaza bloqueada y dentro de la que espero encontrar a Roque". Y el 22 del mismo mes, en carta a otro corresponsal, informa: "Al fin estoy en Arica, tendido en una cama junto a Roque, a quien he encontrado gordo, sano y habiéndose batido como un león en Tarapacá . Roque está lleno de espíritu".
Herido y prisionero en el lugar de la acción, pudo ser salvado de la soldadesca por el capitán Silva Arriegui y por un comandante Supper, que llegó en momento oportuno con una carta de Sarratea. Se le envió a Valparaíso y luego a Santiago, donde permaneció tres meses en la prisión de San Bernardo.
Mediaciones diplomáticas lograron su liberación y al regresar a Buenos Aires, donde su acción en la guerra del Pacífico le había granjeado gran popularidad, el ministro de relaciones exteriores, Bernardo de Irigoyen, le encomendó en 1881 la subsecretaría del departamento y se desempeñó en esas funciones hasta que las dejó para realizar un viaje a Europa, desde febrero a marzo de 1881. En enero de 1882 aparece La Opinión, diario del cual es redactor; en junio de 1883 partió de nuevo para Europa y volvió en diciembre.
Fundó con Carlos Pellegrini, Delfín Gallo, Lucio Vicente López y Paul Groussac el diario Sud América, en mayo de 1885, que se opuso a la candidatura presidencial de Dardo Rocha, y a la candidatura de Carlos D'Amico a la gobernación de la provincia. Apoyaba a Juárez Celman.
El último cartucho. Óleo del pintor peruano Juan Lepiani, que representa el último instante de vida del coronel Bolognesi, quien, revólver en mano, cumplió su promesa de pelear «hasta quemar el último cartucho». A su lado yace muerto el capitán de navío Juan Guillermo More.
Juárez Celman nombró a Sáenz Peña en 1887 ministro plenipotenciario en el Uruguay, en reemplazo de Benjamín Victorica, y en 1888, juntamente con el doctor Manuel Quintana, fue delegado al Congreso Sudamericano de Derecho Internacional Privado, que se realizó en la capital uruguaya y se inauguró el 25 de agosto y asistieron delegaciones de Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Paraguay, Perú y Uruguay y en donde en 1889 se firmaron ocho tratados, sobre marcas de comercio y de fábrica, patentes de invención, derecho penal, extradición y asilo; sobre derecho civil, sobre derecho procesal, sobre propiedad literaria y artística y sobre ejercicio de profesiones liberales. Advirtió oportunamente los alcances de la reunión:
"Vamos a discutir con arreglo a los principios de la filosofía y del derecho, no las normas internas, que son inconmovibles para nosotros y que sólo pueden derogarse por el mismo poder que las dictó, sino la ley aplicable a los conflictos ocurrentes por el concurso de las jurisdicciones; en otros términos, vamos a tratar de la aplicabilidad internacional de las leyes y de la competencia de los tribunales con potestad de juzgamiento; no tampoco en el orden interno de todas las naciones, sino en tanto que ellas pongan en contacto dos colectividades políticas, para evitar que de este rozamiento de las jurisdicciones y de las soberanías puedan nacer nuevos conflictos o quieran perpetuarse los existentes"...
Presidió la comisión de derecho penal y fue elegido vicepresidente del congreso. Informó brillantemente por la comisión sobre proyectos de legislación que comprendían asuntos de jurisdicción, expulsión, derecho de asilo, extradición.
Los dos delegados, capaces de representar dignamente al país por su saber y por su elocuencia, Roque Sáenz Peña y Manuel Quintana, fueron enviados al Primer Congreso Panamericano que se realizó en Washington desde el 2 de octubre de 1889 al 19 de abril de 1890, convocado por los Estados Unidos en plena euforia expansionista, con el propósito de establecer tarifas aduaneras de privilegio y concertar ventajosos tratados de comercio.
Se propuso como programa de la reunión la adopción de recomendaciones sobre conservación de la paz y fomento de la prosperidad de los Estados americanos; la formación de una unión aduanera americana; el establecimiento de comunicaciones terrestres y regulares entre los Estados americanos; la adopción de un sistema uniforme de disposiciones aduaneras, de pesas y medidas, y de leyes que protegiesen los derechos de patentes de invención, marcas de fábrica y propiedad literaria; la adopción de una moneda común de plata; un convenio para recomendar a los gobiernos un plan definitivo de arbitraje; la construcción de un ferrocarril panamericano, etc. Fue ese congreso el origen de la Unión Panamericana.
Sáenz Peña pronunció el 15 de marzo de 1890 un extenso discurso como miembro de la comisión encargada de estudiar el pensamiento de la unión aduanera entre las naciones de América. Destacó el predominio del intercambio comercial con Europa y la parte exigua que correspondía en él a los Estados Unidos, tanto en las importaciones como en las exportaciones. La comisión estudió los tres temperamentos que cabían: la unión aduanera, el libre cambio intercontinental y los tratados de reciprocidad. El primero, según él y según la comisión, tenía todos los contornos de una aventura peligrosa, cuyos resultados escapaban a la previsión humana y justificó los recelos al respecto con una rica acumulación de cifras y de argumentos. Se inclinó más bien, con ciertas condiciones, por el libre cambio intercontinental y por los tratados de reciprocidad, que recomienda a las naciones a quienes convengan. Terminó su exposición con estas palabras:
"Yo pienso que la ley sociológica encamina los pueblos al gobierno representativo, como la economía contemporánea dirige las sociedades a la libertad de los cambios; el siglo XIX nos ha dado posesión de nuestros derechos políticos, confirmando los que trajo nuestra hermana mayor después de luchas dignas de su soberanía; que el siglo de América, como ha dado en llamarse al siglo xx, contemple nuestros cambios francos con todos los pueblos de la Tierra, atestiguando el duelo noble del trabajo libre en el que se ha dicho con razón que Dios mide el terreno, iguala las armas y reparte la luz. ¡Sea la América para la humanidad!"
En la conferencia se adoptó un dictamen recomendando a los gobiernos la subvención a una o más líneas de navegación a vapor entre los puertos de los Estados Unidos y los del Brasil y Río de la Plata.
Sobre su proposición de 1890 en Washington, volvió en su discurso de 1905 en ocasión de su nombramiento de teniente general del ejército del Perú, acto que dio motivo a que fuese agasajado en Buenos Aires:
"Audacia dominadora de James Blaine, sin duda más intenso que Roosevelt, aunque con menos fortuna en el cariño de su pueblo, quiso hacer de la América un mercado y de las soberanías un tributo. El pensamiento, económico en su forma, era político en su fondo, porque nos incomunicaba con la Europa y creaba la beligerancia corgercial que agito grandemente la literatura bajo la pluma y el ministerio de Gladstone".
Miguel Cané, en el prólogo a escritos y discursos sobre derecho público americano de Sáenz Peña, recogidos en 1905, escribió: ",Quién ha olvidado la honda sensación producida por aquel discurso fundamental del doctor Sáenz Peña (en Washington), en el que condensó, con singular energía y para felicidad de expansión, el ideal generoso del pueblo que representaba junto con el doctor Quintana? En mi concepto, el éxito extraordinario de ese trabajo robusto y oportuno se debió, entre nosotros, a que en él, por primera vez quizá, desde los tiempos en que Alberdi diseñaba con mirada profunda las líneas generales del porvenir argentino, se dio forma, más que literaria, jurídica, por su precisión, a las ideas que la prédica de Alberdi y Sarmiento, el desenvolvimiento y la visión instintiva de las condiciones de nuestra grandeza futura habían hecho germinar en el alma argentina".
El tema de los Estados Unidos en Sur América, la doctrina de Monroe y su evolución han sido objeto de un amplio estudio objetivo de su parte en otra ocasión.
Ministro de Juárez Celman. Poco antes de la crisis que obligó a Juárez Celman a renunciar a la presidencia, hallándose todavía en los Estados Unidos, se le ofreció la cartera de relaciones exteriores en una renovación ministerial, como una tentativa para responder a exigencias perentorias de la opinión. Sáenz Peña, que era amigo de Juárez Celman, aceptó el cargo y se puso inmediatamente en viaje a Buenos Aires, a donde llegó en junio de 1890. Se incorporó al gabinete el 30 de junio, pero la situación del presidente era insostenible ya. Tuvo, pues, una actuación ministerial efímera y la dio por terminada en los primeros días de agosto. Apenas estalló la revolución del 26 de julio, se trasladó a Rosario, para asumir el mando de las fuerzas nacionales y contener los desbordes posibles de la revolución, como jefe de las fuerzas del interior de la república y con atribuciones del presidente.
En la campaña presidencial de 1891, a consecuencia de la renuncia de Mitre a una candidatura de conciliación, de la ruptura del acuerdo, de la escisión de la Unión Cívica y del alejamiento de Roca, surgió el llamado movimiento modernista, que auspició la candidatura de Roque Sáenz Peña, que contaba con el electorado del partido provincial de Buenos Aires, con núcleos del antiguo partido autonomista que había encabezado Juárez Celman, y con algunas situaciones oficiales de provincias. La juventud porteña simpatizaba con el candidato, lo mismo que los elementos independientes y apolíticos. El 31 de diciembre se reunieron numerosos jóvenes para constituir en Buenos Aires, en los salones altos del café París, un centro nacional de la juventud, y propiciar esa candidatura. En El Nacional del 2 de enero se lee: "Necesitamos un hombre de más carácter que lrigoyen, menos viejo que Mitre y menos resistido que Roca. El doctor Roque Sáenz Peña reúne estas condiciones"...
Numerosos comités seccionales habían sido instalados y en La Plata la candidatura fue completada con la del senador Manuel D. Pizarro para el segundo término de la fórmula. Se preparaba una ruidosa proclamación en Córdoba cuando Roca, Mitre y Pellegrini dieron por restablecido el acuerdo y buscaron un candidato común, que fue el doctor Luis Sáenz Peña.
Esa circunstancia de hallarse padre e hijo en lucha electoral sostenidos por fuerzas políticas distintas, cambió para Roque Sáenz Peña la situación, pues no quiso enfrentar a su padre y declinó la propia candidatura. El 20 de febrero se dirigió a la convención del partido provincial bonaerense:
"Lamento que circunstancias ajenas a mi voluntad, pero no extrañas a mi corazón, me impidan aceptar el alto honor que se me ha discernido. La candidatura de mi señor padre iniciada en estos momentos por fuerzas de opinión que la prestigian, me ha decidido a declinar la que en igualdad de condiciones levantaban con mi nombre mis conciudadanos, y al renunciarla indeclinablemente no entiendo cumplir acto político, sino deber moral".
Como su padre vacilase todavía en admitir el ofrecimiento de los partidos del acuerdo, le escribió una carta pública:
"Si alguna indecisión nubla su espíritu para afrontar la situación que el país le exige, quiero que sea mi firma la primera en solicitar sus sacrificios en bien de la Nación, y de los principios de gobierno que nos son comunes".
Y como suponía que la candidatura de su padre seria sometida al voto público al margen de los partidos de la conciliación, le decía: "Yo pienso que la supresión de la lucha en la renovación de los poderes es una quimera' generosa, error sincero que ha dado ya sus frutos de disolución como en otra hora los diera de anarquía; concepción perniciosa porque elimina resortes gubernamentales, porque enerva la acción de los partidos mutilando su capacidad política y porque ataca la función del sufragio que es la esencia de la soberanía"... Se refería luego a su partido, que era grande y digno de gobernar a la Nación: "Si hay otro más poderoso y popular, ésa es la fuerza que debe dirigirnos; pero no hay sino un medio: es el sufragio; suprimido, queda sustituida la soberanía por un poder bipersonal, poder inaceptable para 4 millones de argentinos"
Se advierte en 1892 al que veinte años más tarde sería el abanderado del sufragio libre desde la primera magistratura. Miguel Cané habló de su respeto casi supersticioso de la opinión pública. "Para él —agregaba— el derecho de un pueblo o el de un hombre es igualmente respetable".
Luis Sáenz Peña era un destacado dirigente católico que había sido nombrado como juez de la Suprema Cortes en 1890 , no pertenecía a ningún partido al momento de ser ungido como un presidente de transición, tras un acuerdo entre el roquismo y el mitrismo que impidió la participación electoral de la flamante U.C.R..
En 1892 la legislatura de Buenos Aires lo eligió senador nacional, pero habiendo llegado su padre a la presidencia comprendió que no podía ser ni opositor ni partidario de la política del presidente y se eliminó de la escena pública, dedicándose a tareas rurales y a su profesión de abogado; asoció a su bufete a Carlos Pellegrini y Federico Pinedo, y lo convirtió en uno de los más acreditados de la capital. En su calidad de abogado defendió a Bialet Massé en escritos magistrales contra acusaciones malévolas en torno a la construcción del dique San Roque.
Al producirse la guerra entre España y Estados Unidos, en 1898, hizo campaña en favor de España y dio una conferencia en el teatro Victoria que determinó la realización de diversos actos populares de adhesión a la madre patria.
Combatió el autoritarismo y el personalismo, y abogo por la limpieza del sufragio y la mejora de los hábitos políticos. En un discurso en el teatro Victoria, el 31 de octubre de 1903, decía:
"El Congreso se integra bajo las órdenes que imparte el presidente a los gobernadores de provincias, y un cuerpo constituido por tales medios, no es popular, no es autónomo, no es constitucional. No hay dos poderes, es un solo personaje que se mueve en un centralismo avasallador y exasperante".
En 1905 fue invitado por el gobierno peruano a visitar el país y se le confirió en esa ocasión el ascenso a general de brigada del ejército de aquel país y se le dio el mando superior de las fuerzas militares que presenciaron la inauguración del monumento a Bolognesi.
Sáenz Peña fue aclamado en Lima durante su permanencia allí y contribuyó a la confraternización argentino-peruana, con sus discursos magníficos de emoción y de recuerdo. Habló en lenguaje elevado en la asamblea de los centros obreros, donde se declaró modesto peón de la justicia y de la ley general del trabajo.
Presentó un proyecto de salarios, trabajo y transportes al Instituto Internacional Agrícola de Roma con miras a los emigrantes, en 1908.
La inauguración, programada inicialmente para el día 4 de noviembre (natalicio del héroe de Arica), se postergó para el día 6, en medio de la impaciencia de los ciudadanos, que se volcaron masivamente en las avenidas que desembocaban a la plaza. A la ceremonia asistió uno de los sobrevivientes de la defensa de Arica, el argentino Roque Sáenz Peña, con rango de general del ejército peruano, quien para el desfile militar, recibió el mando de la línea
Reapareció en la política activa en 1906, cuando, juntamente con Pellegrini, formó el partido de coalición que disputó al partido autonomista nacional —el roquismo — las elecciones de marzo de aquel año, en las que resultó electo diputado nacional por la capital junto con Carlos Pellegrini, Luis María Drago y otras personalidades.
Pero no ocupó la banca, porque el gobierno le encomendó una misión diplomática en España, coincidente con las bodas de Alfonso XIII, y poco después fue designado ministro plenipotenciario en aquel país, cargo que pasó luego a desempeñar en Italia.
A fines de 1907 el gobierno lo designó presidente de la delegación que, integrada por Luis María Drago y Carlos Rodríguez Larreta, participó en la segunda conferencia de la paz de La Haya. En esa conferencia se aprobó con reservas de El Salvador, Guatemala y la Argentina, la proposición Porter, que da una nueva interpretación a la doctrina Drago:
"Las potencias contratantes convienen en no recurrir a la fuerza armada para el cobro de deudas contractuales reclamadas al gobierno de un país por el gobierno de otro país, como debidas a sus nacionales. Sin embargo, esta estipulación no podrá ser aplicada cuando el Estado deudor rechaza o deja sin respuesta un ofrecimiento de arbitraje, o en caso de aceptación, hace imposible el establecimiento de un compromiso, o después del arbitraje deja de conformarse a la sentencia pronunciada".
Al discutirse la instalación de una corte permanente de arbitraje, Sáenz Peña propuso que el coeficiente representativo de los Estados estuviese en acuerdo con la importancia de su comercio exterior. Por entonces la Argentina ocupaba el quinto lugar entre los países exportadores.
Después de la conferencia, Sáenz Peña regresó a sus funciones diplomáticas en Roma y defendió por entonces la idea de instalar en Roma una academia de bellas artes sostenida por Argentina, Brasil y Chile.
Pasaron varios años para que se promoviera un homenaje a Bolognesi y se puso en marcha la construcción de una plaza y un monumento. Se invitó a los sobrevivientes de la guerra para su inauguración, entre ellos a Sáenz Peña. Su llegada al puerto del Callao en 1905 fue multitudinaria. La ciudad entera salió a recibirlo con cariño como una muestra de agradecimiento. El día central de las celebraciones había preparado un emotivo discurso, pero el mismo no pudo ser pronunciado